Thành công của việc nghiên cứu và sử dụng ngô lai trong những năm qua được coi là cuộc cách mạng trong nghề trồng ngô ở Việt Nam. Thành công này đã thay đổi một cách sâu sắc diện mạo nghề trồng ngô của nước ta vốn đã yếu kém nhiều năm. Ở Việt Nam, năm 1993 ngô lai mới bắt đầu được đưa vào sản xuất, một sự bắt đầu muộn hơn so với các nước trong khu vực, nhưng bước tiếp sau thì lại rất vững vàng với tốc độ phát triển rất nhanh, với nhiều giống ngô lai mới phục vụ sản xuất.
Những kết quả này đã tạo ra điều kiện rất cơ bản để sản xuất ngô ở nước ta tăng năng suất và nâng cao sản lượng. Mặc dù đã có sự thay đổi lớn nhưng nghiên cứu, phát triển giống ngô ở nước ta vẫn còn một số tồn tại nhất định:
- Nguồn vật liệu tạo giống nghèo nàn, nguồn nhập nội chủ yếu ở các nước tiên tiến vùng ôn đới không phù hợp với điều kiện sinh thái Việt Nam nên không ứng dụng được trực tiếp mà đòi hỏi thời gian dài và đầu tư lớn để chọn lọc.
- Bộ giống ngô có thời gian sinh trưởng ngắn, phù hợp với điều kiện sinh thái mỗi vùng, chịu hạn và chịu các điều kiện bất thuận khác như đất xấu, kháng sâu bệnh,… ở nước ta còn hạn chế.
- Lực lượng cán bộ nghiên cứu chọn tạo giống ngô, đặc biệt là lực lượng chuyên gia giỏi và tâm huyết còn rất thiếu.
- Thiếu hệ thống thông tin giữa các cơ quan quản lý, các cơ sở nghiên cứu và các cơ sở sản xuất kinh doanh từ trung ương đến địa phương, do đó khả năng liên kết, chia sẻ thông tin, điều phối hoạt động giữa các cơ quan, đơn vị trong ngành còn hạn chế.
- Giá hạt giống lai cao (gấp 10 lần giống thụ phấn tự do) nhưng hiệu quả chưa tương xứng nên nhiều giống mới chưa được nông dân chấp nhận.
- Các nghiên cứu về kỹ thuật canh tác như khoảng cách, mật độ, phân bón, thời vụ, phòng trừ sâu bệnh và cỏ dại, bảo quản sau thu hoạch chưa được quan tâm đúng mức như với công tác chọn tạo giống, chưa đáp ứng được đòi hỏi của giống mới, vì vậy năng suất thực tế thấp hơn nhiều so với tiềm năng của giống (Phan Xuân Hào, 2008) [15].
- Các sản phẩm chế biến từ ngô còn đơn điệu, chưa có các nghiên cứu đầy đủ về cách bảo quản chế biến ngô trong điều kiện Việt Nam.
- Công nghệ sau thu hoạch chưa được nghiên cứu và chú ý đúng mức, cho nên dẫn đến tổn thất lớn, hàng năm tổn thất sau thu hoạch đối với ngô là 13 - 15%.
- Phần lớn diện tích trồng ngô tập trung ở các tỉnh Trung du và miền núi phía Bắc, đây là vùng đất nhạy cảm, ngô được trồng trên đất có độ dốc
cao, hiện tượng rửa trôi lớp đất bề mặt là rất lớn, suy thoái dinh dưỡng đất ngày càng nhanh qua nhiều năm canh tác ngô.
- Hầu hết các vùng trồng ngô ở Việt Nam đều gặp điều kiện thời tiết bất thuận như hạn hán, mưa lũ dẫn đến năng suất thấp.
- Trình độ hiểu biết khoa học kỹ thuật của nông dân còn thấp và không đồng đều giữa các vùng trồng ngô, điều kiện kinh tế khó khăn, thiếu vốn đầu tư cho sản xuất. Việc đưa các tiến bộ kỹ thuật vào sản xuất gặp rất nhiều hạn chế.
- Phần lớn địa bàn sản xuất ngô xa, diện tích sản xuất ngô manh mún nên hiệu quả sản xuất bị giảm do tăng chi phí vận chuyển, tăng chi phí lao động (khó thực hiện cơ giới hóa sản xuất).
- Chưa gắn kết giữa sản xuất và tổ chức tiêu thụ của các doanh nghiệp, nhất là doanh nghiệp chế biến thức ăn chăn nuôi.