S2 phõn b5 theo hai ph ,ng th6c c/a hà ml 8ng G+C

Một phần của tài liệu Ebook cytochrome p450 phần 2 PGS TS nguyễn thị ngọc dao (Trang 43 - 47)

- Cỏc sqc t# Cỏc phõn t S b e o v !

5.1.4.S2 phõn b5 theo hai ph ,ng th6c c/a hà ml 8ng G+C

NH NG GEN Cyt-P450 VÀ S BIU HIN C A CHÚNG

5.1.4.S2 phõn b5 theo hai ph ,ng th6c c/a hà ml 8ng G+C

T�ng c�ng hàm l��ng G+C �genom ��ng v�t cú vỳ là kho�ng 42% và khụng thay ��i m�t cỏch �ỏng k� gi�a cỏc ch� th�. Tuy nhiờn, thành ph�n cỏc base trong m�t genom dao ��ng khỏ l�n. Bernadi và cs th�y r�ng m�i genom ��ng v�t cú vỳ ���c t�o thành b�i nhi�u �o�n v�i s� thu�n nh�t cú tớnh n�i b�, nh�ng hàm l��ng G+C thỡ �a d�ng��i v�i nhaụ Bernadi g�i nh�ng �o�n dài nh�v�y (l�n hơn 300 kb) c�a DNA v�i s� t�ơng t� v� thành ph�n base là “isochores”. Nh�ng nghiờn c�u ti�p theo �ó làm rừ ���c m�t s�liờn quan m�t thi�t gi�a c�u trỳc isochorer và nh�ng ki�u t�p h�p c�a NST. Nh�ng isochorer nghốo G+C ���c sơ ��húa m�t cỏch cú tớnh t�n su�t trờn vựng G-band (b�t màu Giemsa ��m), �o�n gen này sao chộp mu�n và ch�a m�t ớt cỏc gen t�ơng ��i��c hi�u t�ch�c. M�t khỏc, nh�ng isochores giàu G+C th��ng g�n v�i R-band (b�t màu nh�t v�i Giemsa), �o�n gen này s� sao chộp s�m hơn. Hàm l��ng G+C c�a cỏc gen Cyt-P450 (B�ng 5.2) th� hi�n s� bi�n ��i cú th�

nh�n th�y ���c. VD: cỏc gen CYP11B và CYP21A cú hàm l��ng G+C > 60% trong khi gen CYP2C cú hàm l��ng G+C t�ơng ��i

Ch ng V. Nh�ng gen Cyt-P450 và s�bi�u hi�n c�a chỳng 123 th�p vào kho�ng 40%. Tuy nhiờn hàm l��ng G+C c�a gen ng��i, th�và bũ cao hơn m�t cỏch ch�c ch�n so v�i nh�ng gen t�ơng �ng

�loài g�m nh�m.

Hai ki�u s�p x�p ��c tr�ng c�a cỏc gen Cyt-P450 ���c minh h�a t�t nh�t khi chỳng ta xem xột nh�ng v�trớ codon th�3 ��i v�i nh�ng loài ��ng v�t cú vỳ: loài g�m nh�m và nh�ng��ng v�t khỏc. Ng��i ta th�y r�ng s� s�p x�p cỏc base �v� trớ codon th� 3 cú s�

liờn quan và ch�a��ng nhi�u thụng tin hơn là s�s�p x�p cỏc base �

toàn b� cỏc gen S� phõn b� cỏc thành ph�n c�a v�trớ codon th�3

��i v�i 52 gen Cyt-P450 �loài g�m nh�m và 52 gen � ��ng v�t cú vỳ khỏc ���c ch�ra trong hỡnh 5.2A và 5.2B, m�t cỏch t�ơng �ng.

S�phõn b� � loài g�m nh�m �trong di�n h�p hơn m�t chỳt và xờ d�ch kho�ng 9% v�phớa cú hàm l��ng G+C th�p hơn khi so sỏnh v�i s�phõn b� �cỏc loài khụng ph�i là g�m nh�m. Tuy nhiờn, hỡnh d�ng c�a hai ki�u phõn b� là t�ơng t� nhau và là hai ki�u rừ r�t (bimodal).Cú m�t kho�ng tr�ng rừ � g�n trung tõm c�a m�i ki�u phõn b� cú giỏ tr� kho�ng trờn 5%. Lo�i gen Cyt-P450 khụng ph�i loài g�m nh�m cú hàm l��ng G+C � codon th� 3 trong kho�ng 50,2% - 56 % và t�ơng t� nh� v�y, khụng cú gen Cyt-P450 ��ng v�t cú vỳ nào khỏc cú m�t hàm l��ng G+C � codon th� 3 trong kho�ng 59,5% - 66,8%.

B ng 5.2. Nh�ng c�u trỳc cơb�n c�a cỏc gen CYP � ��ng v�t cú vỳ

Cỏc loài Gen Exon Kớch th c [G + C%]+2

Ngư�i CYP1A1 7 5984 51.2 Chu�t nh�t CYP1A1 7 6045 48 Chu�t cyp1a1 7 6215 47.8 Chuụt ��ng CYP1A1 7 6393 48.4 Ngư�i CYP1A2 7 7.8k 51.5 Chu�t nh�t CYP1A2 7 6929 48.9 Chu�t cyp1a2 7 6716 48.8 Chu�t��ng CYP1A2 7 6954 48.8

Nguy�n Th�Ng�c Dao 124 Chuụt nh�t CYP2A1 9 12835 43.4 Chu�t nh�t CYP2A2 9 ~23k 43.1 Chu�t nh�t CYP2A3 9 8067 47.8 Chu�t cyp2a4 9 ~8k 47.9 Chu�t cyp2a5 9 ~8k 48 Chu�t nh�t CYP2B1 9 ~23k 49.4 Chu�t nh�t CYP2B2 9 ~14k 50 Th� CYP2C2 9 ~20k 38.8 Th� CYP2C3 9 >25k 37.2 Th� CYP2C5 9 >20k 43.1 Chu�t nh�t CYP2C11 9 ~35 42 Chu�t nh�t CYP2C12 9 >35 37.6 Chu�t nh�t CYP2D2 9 4036 51.2 Chu�t nh�t CYP2D3 9 4371 52.3 Chu�t nh�t CYP2D4 9 4678 54.1 Chu�t nh�t CYP2D5 9 4567 53.7 Ngư�i CYP2D6 9 4378 62.7 Chu�t cyp2d9 9 4.8k 51.4 Chu�t cyp2d10 9 4286 51.2 Chu�t cyp2d11 9 4945 50.1 Ngư�i CYP2E1 9 11413 52.3 Chu�t nh�t CYP2E1 9 10374 45 Th� CYP2E1 9 ~10.4k 54.2

Ch ng V. Nh�ng gen Cyt-P450 và s�bi�u hi�n c�a chỳng 125 Th� CYP2E2 9 ~9.0k 55 Chu�t nh�t CYP2G1 9 ~11k 49.5 Chu�t nh�t CYP3A2 13 ~25k Chu�t nh�t CYP4A1 13 14144 43.9 Chu�t nh�t CYP4A2 12 10576 42.7 Ngư�i CYP4B1 11 ~20k Chu�t nh�t CYP7A 6 ~12k 40.4 Ngư�i CYP11A 9 >20k 56.9 Chu�t nh�t CYP11A 9 50.6 Bũ CYP11B 9 62.9 Ngư�i CYP11B1 9 ~4.8k 61 Ngư�i CYP11B2 9 ~5.3k 60.1 Bũ CYP17A 8 ~6.8k Ngư�i CYP17A 8 6659 52.2 Ngư�i CYP19A 10 >70k 41.1 Bũ CYP21A 10 3457 60.8 Ngư�i CYP21A2 10 ~3230 61.8 Chu�t Cyp21a1 10 ~3060 57.9

S�phõn b�c�a nh�ng gen CYP khỏc nhau thành hai ki�u (giàu G+C và nghốo G+C) ph�n l�n là khụng ng�u nhiờn. T�t c�cỏc gen CYP2C, 3A và 7A c�a loài g�m nh�m và khụng g�m nh�m ���c x�p lo�i vào ki�u nghốo G+C. Ng��c l�i, t�t c� cỏc gen CYP ��ng v�t cú vỳ thu�c CYP1, CYP2 tr� 2C, 4, 11, 17, 21 và 27 là ���c x�p vào ki�u giàu G+C. Ch�cú m�t ngo�i l�duy nh�t trong s�phõn lo�i cỏc gen CYP c�a loài g�m nh�m hay khụng g�m nh�m là: Gen CYP 19A (aromatase) � ng��i cú 54% G+C � nh�ng v� trớ codon th�3, vỡ v�y gen này ���c x�p vào ki�u nghốo G+C (hỡnh 2B) trong

Nguy�n Th�Ng�c Dao

126

khi �ú gen CYP19A c�a chu�t (64% G+C �v�trớ codon th�3) ���c x�p vào ki�u giàu G+C ( H5.2A). CYP1A2 (90.9%) ���c quan sỏt m�t cỏch ��c bi�t � cỏc gen housekeeping. B�i vỡ nh�ng gen này c�ng nh� nh�ng gen khỏc �ó ���c bi�u hi�n m�t cỏch ��c hi�u t�

ch�c và �ỏp �ng v�i ch�t c�m �ng (inducers), m�i liờn quan núi chung gi�a cỏc gen ch� th� (housekeeping) và bỳi gen giàu G+C khụng ỏp d�ng ���c cho cỏc gen Cyt-P450.

M�t cõu h�i��t ra là li�u nh�ng gen thu�c lo�i giàu ho�c nghốo G+C cú ���c b�n��húa m�t cỏch t�ơng �ng trong vựng R-band và G-band hay khụng. Nh�ng nghiờn c�u s�d�ng ph�ơng phỏp sơ ��

húa chi ti�t nh�là lai hu�nh quang In situ và b�n ��lai phúng x�

trong m�i liờn k�t v�i b�n��NST l�p ra m�t cỏch cơh�c và nh�ng clones cú th� t� YAC cú th� gi�i quy�t ���c cõu h�i này trong t�ơng lai g�n.

Một phần của tài liệu Ebook cytochrome p450 phần 2 PGS TS nguyễn thị ngọc dao (Trang 43 - 47)