Bên cạnh những kết quả đã đạt được, vẫn còn một số tồn tại cần tiếp tục giải quyết như: vốn thực hiện tăng qua các năm nhưng chậm nên khoảng cách giữa vốn đăng ký và vốn thực hiện ngày càng giãn ra; đầu tư nước ngoài trong lĩnh vực nông, lâm, ngư, nghiệp còn thấp; đầu tư từ những nước phát triển có thế mạnh về công nghệ như Hoa Kỳ, một số quốc gia thuộc EU tăng chậm; việc cung cấp nguyên liệu, phụ tùng của các doanh nghiệp trong nước cho các doanh nghiệp nước ngoài còn chậm... Nguyên nhân của những hạn chế trên có thể kể đến như sau:
Thứ nhất, nhận thức ở các cấp các ngành của chúng ta còn chưa thống nhất về quan điểm thu hút đầu tư nước ngoài, độ mở đối với đầu tư nước ngoài, lựa chọn và cho phép các hình thức đầu tư, phát triển các khu công nghiệp, khu kinh tế… Điều đó dẫn đến lúng túng trong hoạch định chính sách, lập và tổ chức thực hiện qui hoạch trong điều hành, tác động tiêu cực đến hoạt động đầu tư. Số vốn đăng ký tăng mạnh trong các năm không có nghĩa là môi trường đầu tư đã hoàn thiện. Trong năm 2005, chúng ta đã thu hút được gần 6,3 tỷ USD vốn đăng ký (kể cả các dự án đang hoạt động tăng vốn), tăng 50% so với năm 2004, trong các năm sau vẫn tiếp tục tăng. Song số dự án bị rút giấy phép năm 2005 là 1,27 tỷ USD. Như vậy, số vốn thất bại chiếm tỷ lệ 20%. Con số này nói lên môi trường đầu tư kinh doanh còn tiềm ẩn không ít yếu tố rủi ro.
Thứ hai, hệ thống pháp luật chưa đồng bộ, thiếu cụ thể và khó có thể dự đoán trước được. Luật Đầu tư và Luật doanh nghiệp thống nhất được Quốc hội thông qua cuối năm 2005 ghi nhận các doanh nghiệp đầu tư kinh doanh tại Việt Nam không phân biệt trong nước hay ngoài nước đều có quyền bình đẳng gia nhập thị trường, hoạt động trong thị trường và rút khỏi thị trường. Tuy nhiên, việc xây dựng pháp luật về kinh tế thị trường chưa đồng bộ. Thị trường tài chính, thị trường bất động sản, thị trường khoa học công nghệ phát triển chậm, chưa đáp ứng được nhu cầu phát triển đầu tư nước ngoài. Trong cam kết WTO chúng ta chấp nhận bị coi là nền kinh tế phi thị trường trong 12 năm (không muộn hơn ngày 31 tháng 12 năm 2018), chứng tỏ việc hình thành nền kinh tế thị trường còn khó khăn, phức tạp, cần có thời gian mới thực hiện được.
Tuy đã có nhiều cố gắng nhưng trong hệ thống pháp luật của ta vẫn khó có thể dự đoán được. Thí dụ Luật Đầu tư 2005 và Nghị định 108 của Chính Phủ qui định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật này đề cập đến lĩnh vực đầu tư có điều kiện. Nhưng cả hai văn bản này mới chỉ dừng lại ở danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện, chưa công bố được điều kiện đầu tư cụ thể của từng lĩnh vực đầu tư có điều kiện. Trong Nghị định không qui định khi nào thì điều kiện đầu tư cụ thể được các cơ quan chức năng ban hành. Chừng nào chưa có qui định về vấn đề này thì lĩnh vực đầu tư có điều kiện vẫn còn là qui định thiếu cụ thể và khó có thể đoán trước được, gây khó khăn cho các nhà đầu tư cũng như các cơ quan quản lý nhà nước.
Thứ ba, chất lượng nguồn nhân lực thấp và chậm được cải thiện cũng gây cản trở trong việc thu hút đầu tư nước ngoài. Trong thời gian qua, mặc dù chúng ta đã có nhiều biện pháp nâng cao chất lượng nguồn nhân lực như: Nhà nước đầu tư nhiều hơn cho giáo dục, y tế; thực hiện xã hội hoá một số lĩnh vực dịch vụ công, đẩy mạnh xoá đói, giảm nghèo… và đã thu hút được kết quả bước đầu nhưng so với yêu cầu của sự phát triển thì chất lượng nguồn nhân lực chậm được cải thiện.
Tỷ lệ mù chữ của lực lượng lao động cả nước là 4%.; tỷ lệ lao động đã qua đào tạo cả nước là 24%. Theo điều tra mới đây của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, tại hơn 6 vạn doanh nghiệp trong nước tại hơn 36 tỉnh thành trong cả nước cho thấy 34,3% lãnh đạo doanh nghiệp có trình độ học vấn dưới bậc trung học phổ thông. Số chủ doanh nghiệp có trình độ học vấn thạc sĩ trở lên rất khiêm tốn 2,99%. Trình độ học vấn của các lãnh đạo doanh nghiệp trong các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài có khá hơn doanh nghiệp trong nước nhưng mức độ không lớn do lãnh đạo trong các doanh nghiệp này chủ yếu là những người đang nắm quyền lãnh đạo trong các doanh nghiệp là bên Việt Nam trong liên doanh chuyển qua (chủ yếu là doanh nghiệp nhà nước). Năng lực và kỹ năng quản lý của đội ngũ cán bộ này chưa chuyên nghiệp và chủ yếu dựa vào kinh nghiệm cá nhân. Khi phải gánh vác công việc mới mẻ, phải đối mặt với những nhà kinh doanh lọc lõi, một bộ phận chưa phát huy được vai trò bảo vệ quyền lời của Nhà nước, của đối tác Việt Nam và của người lao động.