Việc xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế ở một số Chi cục thuế chưa được chú trọng, còn mang tính hình thức, chủ yếu phụ thuộc vào kinh nghiệm của cán bộ đảm nhiệm công tác xây dựng kế hoạch. Do trình độ cán bộ, công chức còn nhiều hạn chế, mới tiếp cận với phương pháp thanh tra, kiểm tra thuếdựa trên cơ sở phân tích rủi ro. Đặc biệt là phân tích rủi ro NNT trước và sau thanh tra, kiểm tra thuếnên vẫn còn thiếu kinh nghiệm, đồng thời do trình độ của cán bộ, công chức không đồng đều nên việc lập kế hoạch thanh tra chưa thực sự sát đúng với khả năng thực hiện của CQT.
Trong thời gian qua, Mặc dù Ngành thuế đã thực hiện áp dụng công nghệ thông tin vào hầu hết các chức năng quản lý và các quy trình nghiệp vụ và đã đem lại những hiệu quả tích cực cho công tác quản lý thuế; Nhưng so với yêu cầu hiện nay nhằm hỗ trợ cho công tác quản lý thuế theo phương pháp quản lý rủi ro thì hệ thống công nghệ thông tin về người nộp thuế chưa đồng bộ, đầy đủ, chính xác và kịp thời để hỗ trợ cho
việc thu thập thông tin NNT. Hiện nay, hệ thống ứng dụng và hạ tầng kỹ thuật giữa Chi cục thuế và Cục thuế có sự khác biệt,dẫn đến sự thiếu đồng bộ trong ứng dụng công nghệ thông tin và xây dựng cơ sở dữ liệu trong toàn ngành, nên hệ thống cơ sở dữ liệu NNT chưa được tập trung toàn bộ, tại cấp Chi cục vẫn còn phân tán
Dữ liệu thông tin khai thác từ các ứng dụng còn thiếu và chưa đáp ứng được yêu cầu khai thác, sử dụng; Chất lượng dữ liệu các ứng dụng vẫn còn thiếu và chưa được đầy đủ, chính xác và chưa có bộ phận giám sát chất lượng nguồn dữ liệu. Thông tin
nhiều DN không được cập nhật đầy đủ vào Hệ thống dữ liệu của Ngành thuế; Chỉ tính tại Văn phòng Cục thuế năm 2013 có 375 DN nhập thiếu Tờ khai thuế GTGT, chiếm
khoảng 31,73% NNT đang hoạt động Văn phòng Cục thuế quản lý; Có 165 DN nhập thiếu Tờ khai quyết toán thuế TNDN, chiếm khoảng 16,58% NNT đang hoạt động Văn phòng Cục thuế quản lý; Có 387 DN nhập thiếu Bảng cân đối kế toán, chiếm khoảng 32,74% NNT đang hoạt động Văn phòng Cục thuế quản lý; Có 388 DN nhập thiếu Báo cáo kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh, chiếm khoảng 32,83% NNT đang hoạt động Văn phòng Cục thuế quản lý... Đó chưa kể đến số DN nhập thiếu thông tin tại các Chi cục thuế.Do đó, các vấn đề rủi ro sẽ không thể được phát hiện đầy đủ chính xác và xử lý kịp thời.
Việc thường xuyên nâng cấp, cập nhật, chuyển đổi dữ liệu trong các ứng dụng khiến cho dữ liệu thông tin có những sai lệch nhất định và ảnh hưởng đến việc khai thác, sử dụng dữ liệu. Mức độ đáp ứng của thông tin còn hạn chế.
Việc phân tích rủi ro trong thanh tra, kiểm tra thuế mới chỉ dừng lại ở một số bước đánh giá cơ bản, chưa chi tiết. Khi đánh giá tiêu chí quy mô và tốc độ phát triển của ngành và các doanh nghiệp cùng ngành: thiếu các chỉ tiêu bình quân chung của từng ngành, trên từng địa phương và khu vực, hoặc có một số chỉ tiêu để đánh giá, so sánh nhưng các chỉtiêu này chưa đầy đủvà chính xác, do đó thiếu cơ sởđể so sánh khi chấm điểm rủi ro NNT đểđưa vào kế hoạch thanh tra.
Chưa có sự phối kết hợp trong công tác thu thập thông tin từ các Cơ quan chức năng khác còn hạn chế, chưa có kế hoạch triển khai kết nối, trao đổi thông tin tự động giữa các Cơ quan chức năng liên quan như: Sở kế hoạch và đầu tư, Cục Hải quan, Công
an, Ngân hàng...
Vì vậy, Công tác lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế chất lượng chưa cao, còn nhiều doanh nghiệp mức độ rủi ro thấp vẫn đưa vào kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế. Dẫn đến hiệu lực hiệu quả công tác thanh tra, kiểm tra thuế còn hạn chế.