Căn cứ vào các tiêu chí lựa chọn khi tiến hành thanh tra, kiểm tra thuế và mục tiêu của thanh tra, kiểm trathuế, có thể phân loại như sau:
- Dựa vào tính kế hoạch của thanh tra, kiểm tra thuế: Nếu xét theo tính kế hoạch, có thể phân thanh tra, kiểm trathuế thành hai loại: thanh tra, kiểm tra theo kế hoạch và thanh tra, kiểm trađột xuất.
Thanh tra, kiểm tra theo kế hoạch đã được được phê duyệt: căn cứ vào nguồn lực hiện có, tình hình chấp hành pháp luật thuế trên địa bàn và mục tiêu quản lý thuế, CQT xây dựng kếhoạch thanh tra, kiểm tra và trình các cấp có thẩm quyền phê duyệt và tổ chức thực hiện theo kế hoạch thanh tra, kiểm tra đã được phê duyệt. Loại hình
thanh tra, kiểm tra này có ưu điểm là việc thanh tra, kiểm tra được lập kế hoạch từ trước trên cơ sở phân tích rủi ro NNT nên được chuẩn bị chu đáo từ khâu phân tích thông tin đến khâu thanh tra, kiểm trathực tế.
Thanh tra, kiểm trađột xuất được tiến hành khi: CQT phát hiện NNT có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế, theo yêu cầu của cơ quan quản lý cấp trên,cơ quan chức năng có thẩm quyền giao. Thanh tra, kiểm tra đột xuất giúp CQT kịp thời phát hiện ra bằng chứng vi phạm pháp luật của NNT, giúp CQT nắm được lập tức tình trạng sản xuất kinh doanh, việc tuân thủ pháp luật thuế của NNT có thường xuyên, tự giác không.
- Theo quy mô và phạm vi tiến hành thanh tra, kiểm tra: Theo tiêu chí này, thanh tra, kiểm tra thuế được chia thành hai loại là thanh tra, kiểm tra toàn diện và
thanh tra, kiểm tratheo chuyên đề.
Thanh tra, kiểm tra toàn diện: là loại hình thanh tra, kiểm tra tổng hợp, toàn diện tình hình tuân thủ pháp luật thuế của DN mà DN đó có nghĩa vụ thực hiện và ngành thuế có trách nhiệm quản lý. Thanh tra, kiểm tra toàn diện là hình thức thanh
tra, kiểm tra được tiến hành một cách đồng bộ đối với tất cả các sắc thuế: TNDN, GTGT, TTĐB và các loại thuế khác trong kỳ kê khai thuế. Thanh tra, kiểm tra toàn
diện thường chỉ được thực hiện đối với một hoặc hai kỳ kê khai thuế thuế gần nhất trừ trường hợp phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu không tuân thủ có giá trị trọng yếu. Các cán bộ thanh tra, kiểm tra cần áp dụng kỹ thuật chọn mẫu và mức độ công việc
thanh tra, kiểm tra và số các kỳ tài chính cần thanh tra, kiểm tra sẽ được mở rộng khi các phát hiện của Đoàn thanh tra, kiểm tra yêu cầu phải mở rộng phạm vi thanh tra,
kiểm tra. Cơ quan thuế cần dự tính nguồn nhân lực cũng như chi phí để thực hiện
thanh tra, kiểm tratoàn diện trong quá trình lập kế hoạch thanh tra, kiểm trahàng năm.
Do phạm vi cuộc thanh tra, kiểm trarộng và việc thanh tra, kiểm tranhiều kỳ tính thuế
nên loại hình này thường áp dụng cho công tác thanh tra thuế là chính.
Thanh tra, kiểm tratheo chuyên đề: giới hạn phạm vi thanh tra, kiểm tra ở một sắc thuế, một hoặc một số kỳ tính thuế, hoặc theo một số chuyên đề chuyên sâu hoặc một khía cạnhhoạt động sản xuất kinh doanh nhất định, giá cả sản phẩm hoặc một tài khoản nhất định. Loại hình thanh tra, kiểm tra này thường được bắt nguồn từ đề xuất của bộ phận kiểm soát hồ sơ khai thuế, hoặc do CQT cấp trên chỉ đạo, hoặc theo yêu
cầu của cơ quan chức năng. Thanh tra, kiểm tra theo chuyên đề không bao gồm các phép thử hay các bước tuần tự thanh tra, kiểm tra cần thiết cho phép công chức làm
công tác thanh tra, kiểm tra đánh giá được tổng thể mức độ tuân thủ hay không tuân thủ pháp luật thuế của NNT được thanh tra, kiểm tra. Thanh tra, kiểm tra theo chuyên
đề tốn ít nguồn lực hơn thanh tra, kiểm tra toàn diện, giúp CQT tìm ra các gian lận, sai sót, chống thất thu thuế theo từng lĩnh vực chuyên sâu, chuyên ngành,...nhằm tăng tính tuân thủ của NNT trong các ngành, lĩnh vực thanh tra, kiểm tra theo chuyên đề. Tuy nhiên kết quả thanh tra, kiểm trasẽ không cho thấy được bức tranh toàn cảnh về tình hình tuân thủ khai nộp thuế của NNT do phạm vi thanh tra, kiểm tra bị hạn chế, chỉ kiểm tra một khía cạnh, lĩnh vực hay một yếu tố.
- Theo địa điểm tiến hành thanh tra, kiểm tra thuế: Theo tiêu chí này, thanh tra,
kiểm trathuế được chia thành hai loại là thanh tra, kiểm tra tại CQT và thanh tra, kiểm
tra tại cơ sở NNT:
Thanh tra, kiểm tratại trụ sở CQT có địa điểm tiến hành tại trụ sở CQT. Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế được thực hiện thường xuyên đối với các hồ sơ thuế nhằm đánh giá tính đầy đủ, chính xác của các thông tin, chứng từ trong hồ sơ thuế, sự tuân
thủ pháp luật thuế của người nộp thuế. Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế là việc so sánh, đối chiếu các nguồn thông tin kê khai của người nộp thuế, phân tích so sánh thông tin
về người nộp thuế qua các kỳ với nhau và với các biến động của ngành để xác định mức độ ổn định và tuân thủ của người nộp thuế. Theo hình thức thanh tra, kiểm tra này, mà CQT không đến làm việc trực tiếp tại cơ sở NNT mà tiến hành các bước kiểm tra tình hình tuân thủ pháp luật của NNT ngay tại trụ sở CQT, dựa trên những dữ liệu, thông tin và hồ sơ hiện có của mình về NNT trên hệ thống để kiểm tra tính đúng, sai trong việc thực thi luật thuế về các nội dung: sự khớp đúng của hồ sơ khai thuế; tính đầy đủ của hồ sơ; sự sai sót trong tính toán số thuế phải nộp….Quá trình thanh tra, kiểm traCQT có thể thông báo yêu cầu NNT lên làm việc tại trụ sở CQT để đối chiếu số liệu, sổ sách và giải trình những chênh lệch, nghi vấn của CQT. Kết thúc thanh tra,
kiểm traCQT yêu cầu NNT phải chỉnh sửa, hoàn thiện hồ sơ cho đúng quy định. Thanh tra, kiểm tratại cơ sở NNT: Đây là hình thức thanh tra, kiểm tra mà CQT
kiểm tra, xem xét, rà soát lại toàn bộ chứng từ, hồ sơ có liên quan đến tình hình tuân thủ pháp luật của NNT tại cơ sở của NNT mà CQT nghi ngờ có những rủi ro về thuế lớn, có dấu hiệu gian lận, trốn thuế cần phải thu thập những bằng chứng thực tế, xác đáng để kết luận. Khi thanh tra, kiểm tratại cơ sở NNT, công chức làm công tác thanh
tra kiểm tra các tài liệu không có ở CQT mà chỉ có ở doanh nghiệp để xác minh, đối chiếu hồ sơ, chứng từ nhằm tìm ra bằng chứng thanh tra, kiểm tra trao đổi với NNT, quan sát, đánh giá, yêu cầu cung cấp thông tin...
Thực hiện việc thanh tra, kiểm tra tại cơ sở NNT cho CQT bằng chứng xác thực, kết luận thanh tra, kiểm tra khách quan hơn; Cuộc thanh tra, kiểm trađược tiến hành đầy đủ, toàn diện và thu thập được những chứng cứ xác đáng. Hình thức này cho
phép công chức làm công tác thanh tra, kiểm tra tiếp cận trực tiếp với tài sản, máy móc, tài liệu sổ sách chứng từ, quỹ tiền mặt thực tế… tại doanh nghiệp, có thể quan sát, thẩm định, ra biên bản trực tiếp. Tuy nhiên, thanh tra, kiểm tra tại cơ sở NNT tốn kém thời gian, nhân lực và vật lực cho CQT.