Phòng thanh tra tiến hành thực hiện lập kế hoạch thanh tra thuế và đề xuất, tham mưu cho Lãnh đạo Cục kế hoạch kiểm tra hàng năm cho các Phòng kiểm tra và các Chi cục thuế dựa trên các căn cứ sau:
Căn cứ vào kết quả xếp loại thông tin rủi ro của NNT, căn cứ vào các thông tin thu thập từ các đơn vị bên ngoài về mức độ vi phạm của NNT, căn cứ vào việc đánh giá dữ liệu trong quá trình rà soát.
Căn cứ vào nguồn lực cán bộ thanh tra và cán bộ kiểm tra của các đơn vị lựa chọn số lượng các doanh nghiệp có mức độ rủi ro cao để thực hiện xây dựng kế hoạch
thanh tra, kiểm tra hàng năm.
Căn cứ vào chương trình trọng điểm thanh tra, kiểm tra hàng năm, lựa chọn doanh nghiệp đưa vào kế hoạch thanh tra, kiểm tratheo ngành, quy mô doanh nghiệp, địa bàn hoạt động sản xuất kinh doanh
Căn cứ vào lựa chọn từ danh sách doanh nghiệp có thời gian hoạt động dưới 12 tháng, danh sách các doanh nghiệp có tăng, giảm đột biến; từ danh sách các doanh nghiệp có độ rủi ro cao thu thập từ các nguồn thông tin bên ngoài và từ lựa chọn ngẫu nhiên trong phạm vi các doanh nghiệp không có đủ dữ liệu để đánh giá rủi ro.
Việc lựa chọn doanh nghiệp vào kế hoạch thanh tra, kiểm tra theo nguyên tắc lựa chọn điểm rủi ro từ cao xuống thấp theo từng loại quy mô.
Sau khi đã hoàn thành việc lựa chọn doanh nghiệp vào kế hoạch thanh tra.
Phòng thanh tra tiếp tục sử dụng kết quả đánh giá rủi ro để lựa chọn doanh nghiệp vào kế hoạch kiểm tra cũng theo nguyên tắc lựa chọn tiếp các doanh nghiệp có rủi ro cao vào danh sách kiểm tra theo nguyên tắc lựa chọn điểm rủi ro từ cao xuống thấp theo
từng loại quy môđể lựa chọn doanh nghiệp vào kế hoạch kiểm tra cho các phòng kiểm tra và các Chi cục thuế trực thuộc trình Lãnh đạo Cục thuế phê duyệt.