Quản lý rủi ro trong hoạt động thanh tra, kiểm tra thuế thường được tiến hành theo trình tự các bước sau:
- Trước hết sử dụng các phương pháp phân tích để phát hiện và nhận dạng rủi ro từ báo cáo tài chính của doanh nghiệp:
+ Phân tích theo chiều ngang: là phân tích diễn biến của từng chỉ tiêu (theo số tuyệt đối hoặc theo tỷ lệ) trong bản cân đối kế toán, báo cáo thu nhập qua một số năm (thường là từ 3 đến 5 năm). Sự phân tích này cho thấy xu hướng biến đổi của từng chỉ tiêu qua các năm. Từ đó phát hiện những bất hợp lý hoặc những bất thường trong từng chỉ tiêu liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp có nguy cơ xảy ra rủi ro về thuế.
+ Phân tích theo chiều dọc: là sự phân tích diễn biến của mỗi chỉ tiêu trong bản cân đối kế toán bằng tỷ lệ % trên tổng tài sản và diễn biến của mỗi chỉ tiêu trong báo cáo thu nhập bằng tỷ lệ % trên doanh thu. Phân tích theo chiều dọc có thể sử dụng cho một năm (biểu hiện quan hệ cơ cấu giữa các chỉ tiêu trong năm), có thể sử dụng cho một giai đoạn nhiều năm (biểu hiện xu hướng chuyển dịch cơ cấu giữa các chỉ tiêu qua các năm). Qua phân tích xu hướng biến đổi cơ cấu trong nhiều năm có thể xác định
được các thay đổi căn bản trong xu thế, các bất hợp lý trong cơ cấu, trong từng chỉ tiêu liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp có nguy cơ xảy ra rủi ro về thuế.
+ Phân tích tỷ suất là phân tích mối quan hệ giữa hai hoặc nhiều mục trong báo cáo tài chính. Tỷ suất tài chính thường được phản ánh bằng tỷ lệ phần trăm hoặc số lần. Tỷ suất thường rất có ích khi so sánh chính người nộp thuế này qua các thời kỳ khác nhau hoặc so sánh cùng thời kỳ với các người nộp thuế khác hoặc số liệu chuẩn của ngành. Các tỷ suất thường được áp dụng: Các hệ số thanh khoản (đo lường khả năng đáp ứng các nghĩa vụ ngắn hạn của công ty); Các tỷ suất sinh lời (đo lường khả năng quản lý trong kiểm soát chi phí và thu lợi nhuận đối với các nguồn lực dành cho kinh doanh); Các tỷ suất đòn bẩy (đo lường mức độ bảo hộ của việc cung cấp nguồn tài chính dài hạn và cũng là công cụ trợ giúp cho việc đánh giá khả năng của công ty trong việc huy động các khoản vay nợ bổ sung và năng lực trả nợ kịp thời của công
ty);Các tỷ suất hiệu quả (cung cấp thông tin về khả năng quản lý trong kiểm soát chi phí và thu lợi nhuận từ các nguồn lực dành cho kinh doanh); các tỷ suất về thuế (cung cấp thông tin về tình hình chấp hành nghĩa vụ nộp thuế của doanh nghiệp).
Ngoài ra còn sử dụng phương pháp phân tích đồ thị (đồ thị hình sin, đồ thị hình khối, đồ thị hình tròn) để phân tích sự biến đổi của các chỉ tiêu theo số tuyệt đối và số tương đối và sự biến đổi của cơ cấu theo tỷ lệ. Từ đó nhận dạng các rủi ro về thuế có khả năng xảy ra.
- Thứ hai là xếp hạng rủi ro: Sau khi phân tích và nhận dạng rủi ro, tiến hành xếp hạng rủi ro tổng thể và rủi ro từng hồ sơ doanhnghiệp:
+ Rủi ro tổng thể được xếp hạng theo nhóm gồm: Nhóm có rủi ro cao là các doanh nghiệp có một số chỉ tiêu phân tích biến đổi bất thường, hoặc lỗ kinh doanh và lỗ chuyển nhượng tài sản cao, hoặc tỷ trọng giao dịch giữa các bên liên kết cao, giá trị giao dịch lớn, đột biến, nhất là giao dịch quốc tế, hoặc có nhiều lần thay đổi về cơ cấu tổ chức...Nhóm có rủi ro trung bình là các doanh nghiệp có một số chỉ tiêu phân tích bất hợp lý nhưng không có sự biến đổi lớn, hoặc số lỗ chuyển sang kỳ sau không lớn,
hoặc các giao dịch giữa các bên liên kết có giá trị không cao, hoặc doanh nghiệp được mua lại, sát nhập... Nhóm có rủi ro thấp là những doanh nghiệp không có sự biến động bất thường từ các chỉ tiêu phân tích, hoặc các giao dịch giữa các bên liên kết có giá trị thấp, hoặc số lỗ chuyển sang kỳ sau ít...
+ Rủi ro theo từng hồ sơ: Xếp hạng từng hồ sơ doanh nghiệp với những vi phạm rủi ro cụ thể, chi tiết theo mức độ rủi ro, loại rủi ro và tính chất rủi ro làm cơ sở cho việc kiểm tra ban đầu các rủi ro phát hiện.
- Thứ ba kiểm tra rủi ro: Các doanh nghiệp được xếp vào các nhóm rủi ro đều phải tiến hành kiểm tra chi tiết các rủi ro đã phát hiện tại cơ quan thuế (kiểm tra tại bàn) trên cơ sở thu thập, phân tích thông tin để đánh giá tính xác thực và mức độ của
các rủi ro. Đặc biệt các doanh nghiệp đã được xếp loại vào đối tượng có độ rủi ro cao phải được tiến hành kiểm tra ở mức độ chi tiết, cụ thể hơn các rủi ro đã phát hiện qua bước phân tích. Thanh tra, kiểm tra phải tiến hành thu thập các thông tin, tài liệu liên
quan trực tiếp đến rủi ro phát hiện như: các hợp đồng, các chứng từ giao dịch, các thông tin về bảo hiểm xã hội, về giao dịch ngân hàng và các tổ chức tín dụng, về xuất nhập khẩu...Từ đó kiểm tra xác định mức độ của từng rủi ro và định lượng từng rủi ro
để tiến hành các phương án xử lý trên cơ sở nguồn lực sẵn có.
- Thứ tư lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra rủi ro tại doanh nghiệp: Các doanh nghiệp đã xác định được các rủi ro và định lượng được mức độ rủi ro cao hoặc trung bình đều phải đưa vào kế hoạch thanh tra, kiểm tra. Các nhóm phân tích tiếp tục tiến hành phân tích đánh giá tính xác thực và mức độ của các rủi ro đối với các doanh nghiệp đã lập kế hoạch trên cơ sở các thông tin tài liệu thu thập được từ bên ngoài hoặc trực tiếp làm việc với doanh nghiệp tại cơ quan thuế (kiểm tra tại bàn). Đối với các doanh nghiệp không giải trình được các nghi vấn trên thì tiến hành thanh tra, kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp [10.tr12].