Một là, từ khi đổi mới kinh tế năm 1986 và hội nhập khu vực ASEAN
năm 1996, đến gia nhập WTO năm 2007, tăng trưởng GDP nông nghiệp chủ yếu dựa vào khai thác nguồn lực tài nguyên thiên nhiên. Diện tích đất trồng trọt và diện tích mặt nước nuôi trồng thủy sản tăng nhanh, đặc biệt diện tích gieo trồng những mặt hàng nông lâm thủy sản có lợi thế cạnh tranh tăng mạnh như:
lúa gạo, cà phê, cao su, hồ tiêu, thủy sản. Tuy nhiên, sau WTO tốc độ tăng trưởng và hiệu quả sản xuất nông nghiệp có xu hướng giảm dần; kim ngạch xuất khẩu tăng chủ yếu do tăng lượng còn giá bấp bênh thiếu ổn định, xuất khẩu nông sản chủ yếu nông sản thô và sơ chế. Đồng thời phát triển nông nghiệp trong giai đoạn vừa qua như một kỳ tích cũng để lại nhiều hậu quả về môi trường sinh thái và xã hội như: khai thác quá mức đất rừng tự nhiên kể cả rừng ngập mặn để phát triển nông nghiệp; phát triển nông nghiệp thiếu ổn định, hiện tượng trồng và chặt phá diễn ra với nhiều loại cây trồng; vùng sản xuất lúa gạo xuất khẩu góp phần đảm an ninh lương thực toàn cầu thì đời sống của nông dân vẫn chưa được cải thiện nhiều.
Hai là, chuyển dịch cơ cấu nội bộ ngành nông nghiệp và cả nội bộ (nông
nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản) vẫn còn chậm, chưa bền vững, vẫn trong vòng luẩn quẩn trồng chặt, chặt trồng. Hoặc một nghịch lý là, năm 2013 Việt Nam đã thu về 2,95 tỷ USD xuất khẩu gạo, nhưng nhập khẩu thức ăn gia súc và nguyên liệu 3 tỷ USD; hiện tiêu thụ khoảng 12,5 triệu tấn thức ăn chăn nuôi, nhưng phải nhập tới 9 triệu tấn nguyên liệu (chiếm 72%); 6 tháng đầu năm 2014 đã nhập khẩu 2,33 triệu tấn ngô, kim ngạch khoảng 600 triệu USD. [70]
Đời sống nông dân vẫn còn nghèo, khoảng cách giàu nghèo giữa thành thị và nông thôn, đặc biệt khoảng cách về mức sống giữa miền xuôi và miền ngược; giữa nông dân vùng trồng lúa và vùng trồng cây công nghiệp, thủy sản cũng đang doãng ra… Trước thực trạng này, Thủ tướng Chính phủ đã ra quyết định số 899/QĐ-TTg ngày 10/6/2013, phê duyệt Đề án tái cơ cấu ngành nông
nghiệp theo hướng nâng cao giá trị gia tăng và phát triển bền vững. [61].
Ba là, sau WTO, khoa học và công nghệ được áp dụng nhiều hơn trong
nông nghiệp, chủ yếu là giống cây con, nhưng chất lượng giống còn thấp, quy trình công nghệ cao, công nghệ sạch, công nghệ vi sinh, công nghệ trồng hoa rau trong nhà kính, công nghệ chăn nuôi bò sữa hiện đại… chủ yếu triển khai ở
doanh nghiệp FDI, doanh nghiệp lớn và một số ngành hàng mà chưa nhân rộng trong toàn ngành, cũng như sản xuất nông hộ và trang trại. Đồng thời khoa học công nghệ triển khai trong nông nghiệp chưa đồng bộ, chủ yếu tập trung ở khâu sản xuất nông nghiệp còn bảo quản, chế biến và tiêu thụ chưa áp dụng nhiều, nên tổn thất sau thu hoạch còn khá lớn.
Bốn là, sau khi gia nhập WTO, TTH, CMH và liên kết, liên doanh sản
xuất có được cải thiện, số nông hộ và số trang trại sản xuất có quy mô lớn có tăng nhưng tăng chậm; CMH sâu như trồng cùng loại giống, cùng mùa vụ đã hình thành mô hình cánh đồng mẫu lớn ở An Giang nhưng chưa nhân rộng được. Liên doanh, liên kết đã xuất hiện ở một số ngành hàng, nhưng rất lỏng lẻo và rất dễ bị phá vỡ bất kỳ lúc nào; chưa hình thành mạng sản xuất, chuỗi cung ứng và chuỗi giá trị ngành hàng nên tình trạng tranh mua, tranh bán, được mùa rớt giá vẫn là chuyện hàng ngày của nông nghiệp. Chính liên doanh, liên kết và chuỗi cung ứng hàng nông sản lỏng lẻo, cộng với tâm lý tiểu nông và sản xuất nhỏ, đã tạo điều kiện cho các thương nhân Trung Quốc làm rối loạn thị trường nông sản nội địa. Tóm lại, tình trạng sản xuất của ngành nông nghiệp vẫn còn manh mún, phân tán, nhất là vùng ĐBSH, vùng Miền núi và Trung du Bắc bộ và duyên hải miền Trung; nền nông nghiệp chủ yếu dựa vào sản xuất nhỏ, công nghệ lạc hậu, chất lượng sản phẩm và tỷ suất hàng hóa rất thấp đang là trở ngại trong phát triển nông nghiệp sau WTO.
Năm là, nhiều mặt hàng nông, lâm, thủy hải sản của Việt Nam thực sự
có lợi thế so sánh và lợi thế cạnh tranh; nhưng năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp thấp về: năng lực tài chính, công nghệ, nguồn nhân lực; năng lực cạnh tranh của ngành hàng thấp do thiếu phân công, hợp tác, liên doanh, liên kết đã không hỗ trợ nâng cao năng lực cạnh tranh của hàng nông sản mà còn làm giảm năng lực cạnh tranh của nó. Năng lực cạnh tranh của ngành nông nghiệp và năng lực cạnh tranh quốc gia yếu nên không trợ để nâng cao năng lực cạnh
tranh của doanh nghiệp, của ngành hàng và của hàng nông sản; thể hiện khi gia nhập WTO, Việt Nam cam kết nền kinh tế “phi thị trường” trong vòng 12 năm kể từ khi gia nhập (kết thúc năm 2018); vì vậy mà nhiều nước liên tục áp dụng AD, SCM và SG một cách phi lý để áp thuế bổ sung cao làm triệt tiêu năng lực cạnh tranh của hàng nông lâm thủy hải sản. Điển hình như mặt hàng tôm và cá tra ở thị trường Mỹ đã nhiều lần bị áp thuế bổ sung cao từ khi gia nhập WTO. Gần đây, theo một lãnh đạo Hội Nghề cá, “lý giải về việc tôm Việt Nam đã từng được “minh oan” trong POR7, vị này cho biết thực chất thị trường Mỹ lúc đó “đói” tôm nên chúng ta được áp thuế suất bằng 0%. Hiện nay, sản phẩm tôm ở thị trường này dồi dào trở lại nên Mỹ muốn ngăn cản nguồn nhập khẩu cạnh tranh với hàng tôm nội địa”. [71]
Sáu là, hệ thống hạ tầng phục vụ cho phát triển nông nghiệp tuy được
đầu tư cao hơn kể từ khi gia nhập WTO, nhưng chưa đồng bộ và chưa đáp ứng được phát triển nông nghiệp trong giai đoạn tới.