Khi THQCT trong giai đoạn điều tra các vụ án hình sự thì VKS có nhiệm vụ, quyền hạn quy định tại Điều 112 BLTTHS năm 2003, tuỳ từng trường hợp mà VKS thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn tự mình khởi tố vụ án hình sự, khởi tố bị can hoặc
yêu cầu CQĐT khởi tố hoặc thay đổi quyết định khởi tố vụ án hình sự, khởi tố bị can theo quy định của BLTTHS. Việc khởi tố vụ án hình sự do CQĐT thực hiện là chủ yếu, đối với việc khởi tố bị can thì VKS chỉ trực tiếp khởi tố bị can trong trường hợp sau khi nhận hồ sơ vụ án và kết luận điều tra mà VKS phát hiện có người khác đã thực hiện hành vi phạm tội trong vụ án nhưng chưa bị khởi tố, trong các trường hợp khác, việc khởi tố bị can do CQĐT thực hiện và VKS có trách nhiệm phê chuẩn việc khởi tố. Khi THQCT trong giai đoạn điều tra các vụ án hình sự VKS chủ yếu yêu cầu CQĐT khởi tố vụ án, khởi tố bị can hoặc thay đổi quyết định khởi tố vụ án hình sự, khởi tố bị can.
Theo qui định tại Điều 113 BLTTHS năm 2003: Khi tiến hành hoạt động kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong giai đoạn điều tra, VKS có những nhiệm vụ và quyền hạn: Kiểm sát việc khởi tố, kiểm sát các hoạt động điều tra và việc lập hồ sơ vụ án của CQĐT; Kiểm sát việc tuân theo pháp luật của người tham gia tố tụng, áp dụng các biện pháp mà BLTTHS quy định để loại trừ việc vi phạm pháp luật của các cơ quan hoặc cá nhân này; Yêu cầu CQĐT khắc phục các vi phạm pháp luật trong hoạt động điều tra; yêu cầu CQĐT cung cấp tài liệu cần thiết về vi phạm pháp luật của Điều tra viên; yêu cầu Thủ trưởng CQĐT xử lý nghiêm minh Điều tra viên đã vi phạm pháp luật trong khi tiến hành điều tra.
Như vậy, chỉ qua các Điều 112 và Điều 113 của BLTTHS năm 2003 đã cho thấy, trong hoạt động THQCT và kiểm sát điều tra, VKS giữ vai trò chính, vai trò chủ đạo. Mặc dù, CQĐT trực tiếp tiến hành các hoạt động điều tra là chủ yếu (trừ những trường hợp cần thiết mà VKS trực tiếp tiến hành một số hoạt động điều tra) nhưng xét về tổng thể và đến cùng, VKS chính là cơ quan có vai trò chủ đạo và quyết định, chịu trách nhiệm về toàn bộ quá trình THQCT và kiểm sát điều tra.
Một trong những nhiệm vụ, quyền hạn quan trọng của VKS khi THQCT trong giai đoạn điều tra là đề ra yêu cầu điều tra và yêu cầu CQĐT tiến hành hoạt động điều tra. Để bảo đảm hoạt động điều tra có kết quả thì VKS với vai trò là cơ quan được giao nhiệm vụ THQCT phải đề ra yêu cầu điều tra ngay từ khi có quyết định khởi tố vụ án và trong từng giai đoạn của quá trình điều tra, KSV được phân
công THQCT và kiểm sát điều tra phải bám sát việc điều tra vụ án của CQĐT để kịp thời đề ra các yêu cầu điều tra một cách cụ thể, toàn diện nhằm bảo đảm việc giải quyết vụ án đúng người, đúng tội, đúng pháp luật. Trong một số trường hợp cần thiết, để thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của mình khi THQCT trong giai đoạn điều tra, VKS có thể trực tiếp tiến hành một số hoạt động điều tra theo quy định của BLTTHS như: Triệu tập và hỏi cung bị can; triệu tập và lấy lời khai người làm chứng; tiến hành đối chất; thực nghiệm điều tra…để củng cố chứng cứ và các tình tiết khác nhằm đánh giá một cách khách quan, toàn diện vụ án.
Để bảo đảm việc giải quyết vụ án được khách quan, chính xác, bảo đảm sự vô tư của những người tiến hành tố tụng, đồng thời để thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của VKS THQCT trong giai đoạn điều tra tội phạm, khi phát hiện Điều tra viên được phân công giải quyết vụ án hình sự thuộc trường hợp phải thay đổi theo qui định tại Điều 44 BLTTHS 2003 thì VKS căn cứ Điều 43 BLTTHS năm 2003 phải kịp thời yêu cầu Thủ trưởng CQĐT thay đổi Điều tra viên. Trong trường hợp xét thấy hành vi của Điều tra viên có dấu hiệu tội phạm thì yêu cầu CQĐT có thẩm quyền xem xét để khởi tố về hình sự.
Khi THQCT trong giai đoạn điều tra, VKS có quyền quyết định áp dụng, thay đổi hoặc huỷ bỏ các biện pháp ngăn chặn như bắt, tạm giữ, tạm giam, cấm đi khỏi nới cư trú, bảo lĩnh, đặt tiền hoặc tài sản có giá trị để bảo đảm. Đối với những biện pháp tố tụng, hành vi tố tụng mà BLTTHS quy định phải có sự phê chuẩn của VKS như: Phê chuẩn lệnh bắt khẩn cấp; phê chuẩn quyết định tạm giữ; phê chuẩn quyết định khởi tố bị can; phê chuẩn lệnh bắt bị can để tạm giam; phê chuẩn lệnh tạm giam…thì VKS có trách nhiệm xem xét, quyết định việc phê chuẩn hoặc không phê chuẩn. Mọi trường hợp từ chối phê chuẩn của VKS đều phải nêu rõ lý do của việc không phê chuẩn.
Như đã phân tích và khẳng định vai trò quan trọng của VKS trong giai đoạn điều tra ở những nội dung trên, khởi tố bị can là một trong những hoạt động TTHS ở giai đoạn điều tra nên nó cũng là đối tượng chịu tác động của VKS trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của mình. Vì hoạt động THQCT và kiểm sát việc
tuân theo pháp luật trong việc điều tra các vụ án hình sự bắt đầu từ khi phát hiện có dấu hiệu tội phạm xảy ra đến khi kết thúc điều tra, VKS ra quyết định truy tố hoặc đình chỉ vụ án theo quy định của pháp luật nên khởi tố bị can cũng thuộc phạm vi của công tác THQCT và kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong việc điều tra các vụ án hình sự. Do đó, khởi tố bị can cũng bao gồm hai nội dung thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của VKS đó là THQCT và kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong việc khởi tố bị can. Vậy, trong hoạt động THQCT và kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong việc khởi tố bị can, lúc nào VKS THQCT và khi nào là kiểm sát việc tuân theo pháp luật?
Trong khởi tố bị can, VKS THQCT khi VKS khởi tố bị can và khi phê chuẩn quyết định khởi tố bị can của CQĐT và một số cơ quan khác có thẩm quyền. Việc VKS khởi tố bị can, mặc dù trong trường hợp nhất định là: “Sau khi nhận hồ sơ và kết luận điều tra mà VKS phát hiện có người khác đã thực hiện hành vi phạm tội trong vụ án chưa bị khởi tố thì VKS ra quyết định khởi tố bị can…” (khoản 5 Điều 126 BLTTHS
năm 2003) thể hiện quyền năng độc lập của VKS trong việc khởi tố bị can. Nói như
vậy vì, đối với CQĐT, trong thời hạn 24 giờ, kể từ khi ra quyết định khởi tố bị can, CQĐT phải gửi quyết định khởi tố và tài liệu liên quan đến việc khởi tố bị can đó cho VKS cùng cấp để xét phê chuẩn việc khởi tố (khoản 4 Điều 126 BLTTHS năm 2003). Việc khởi tố bị can của CQĐT còn phải cần đến một hoạt động nữa đó là “phê chuẩn” của VKS để khi đó quyết định khởi tố bị can phát huy hiệu lực đầy đủ.
Vẫn trong việc khởi tố bị can, VKS còn THQCT khi mà VKS thực hiện quyền yêu cầu CQĐT ra quyết định khởi tố bị can trong trường hợp nếu có căn cứ xác định còn có người khác thực hiện hành vi phạm tội chưa bị khởi tố.
Một hoạt động nữa thể hiện chức năng THQCT của VKS trong việc khởi tố bị can đó là hoạt động trực tiếp tiến hành một số hoạt động điều tra như: hỏi cung bị can, lấy lời khai của người làm chứng… để làm căn cứ phê chuẩn quyết định khởi tố bị can, quyết định thay đổi hoặc bổ sung quyết định khởi tố bị can. Khi đó, VKS trực tiếp tham gia với quyền năng độc lập được BLTTHS quy định để củng cố căn
cứ phê chuẩn quyết định khởi tố bị can, quyết định thay đổi hoặc bổ sung quyết định khởi tố bị can.
Trong khởi tố bị can, VKS kiểm sát việc tuân theo pháp luật khi VKS thực hiện quyền nhằm phát hiện vi phạm pháp luật của CQĐT và một số cơ quan khác có quyền khởi tố bị can. Những quyền này đảm bảo cho VKS nắm được vi phạm, xác định nguyên nhân và điều kiện dẫn đến vi phạm, trên cơ sở đó đưa ra các biện pháp để khắc phục vi phạm nhằm đảm bảo cho pháp luật được chấp hành nghiêm chỉnh. Các quyền yêu cầu, kiến nghị khắc phục, xử lý vi phạm của các chủ thể đó cũng chính là nội dung thuộc về chức năng của VKS trong việc khởi tố bị can.
Từ đó, có thể nói rằng, THQCT và kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong một hoạt động khởi tố bị can là hai chức năng độc lập nhưng có quan hệ mật thiết với nhau, THQCT có thể là tiền đề để kiểm sát việc tuân theo pháp luật và ngược lại.
Sau khi việc điều tra kết thúc, CQĐT ra bản kết luận điều tra đề nghị truy tố hoặc quyết định đình chỉ điều tra thì nhiệm vụ, quyền hạn quan trọng của VKS trong giai đoạn này mà không cơ quan nào khác có thể thay thế được là quyết định việc có truy tố bị can ra trước Toà án để xét xử hay không. Qua nghiên cứu hồ sơ vụ án, nếu xét thấy có đủ căn cứ để truy tố bị can thì VKS thực hiện việc truy tố bị can ra trước Toà án bằng bản cáo trạng. Trong những trường hợp quy định tại Điều 168 BLTTHS thì VKS ra quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung. Trong những trường hợp quy định tại Điều 169 BLTTHS thì VKS ra quyết định đình chỉ hoặc tạm đình chỉ vụ án.