Cơ cấu tổ chức bộ máy và công tác chỉ đạo điều hành chống hàng giả có vai trò quan trọng và ảnh hưởng không nhỏ đến hiệu quả công tác đấu tranh chống hàng giả. Hiện nay, trong cơ cấu tổ chức của Đội Quản lý Thị trường thị xã Từ Sơn chưa có phòng chức năng phụ trách riêng biệt về nghiệp vụ quản lý thị trường và thanh kiểm tra nội bộ mà kết hợp trong phòng Nghiệp vụ - Tổng hợp. Theo đó bộ phận phụ trách về công tác đấu tranh chống hàng giả cũng chưa được hình thành rõ ràng. Do vậy, để nâng cao hiệu quả công tác đấu tranh phòng chống hàng giả thì về cơ cấu tổ chức cần triển khai thành lập Đội chuyên trách chống hàng giả với nguồn nhân lực bao gồm: Công chức của phòng Nghiệp vụ- Tổng hợp (từ 02 đến 03 người) và công chức ở các Đội QLTT trực thuộc (mỗi Đội QLTT trực thuộc tùy vào điều kiện nhân lực phải có ít nhất từ 1 đến 2 người là thành viên của Đội chống hàng giả của Chi cục). Đội chống hàng giả có chức năng, nhiệm vụ sau: Nghiên cứu chuyên sâu các quy định của pháp luật về hàng giả, điều tra trinh sát,thu thập thông tin để xây dựng cơ sở dữ liệu về hàng giả làm cơ sở cho công tác kiểm tra, kiểm soát xử lý vi phạm, phối hợp với các cơ quan thông tin đại chúng tổ chức tuyên truyền về hàng giả, xây dựng các chuyên đề kiểm tra, xử lý về hàng giả theo sự chỉ đạo của chi cục.
Độị chống hàng giả hoạt động độc lập về chuyên môn nghiệp vụ nhưng không tách rời cơ cấu tổ chức, các thành viên trong đội chống hàng giả chỉ tập trung định kỳ theo chương trình kế hoạch hoạt động của đội, ngoài thời gian đó thì các thành viên vẫn đảm nhận các công việc theo sự phân công của lãnh đạo đơn vị.