Người ta gọi khả năng kết hợp ựặc hiệu của kháng nguyên với kháng thể ựặc hiệu tương ứng là tắnh ựặc hiệu của kháng nguyên.
Trong trường hợp ựáp ứng miễn dịch dịch thể thì kháng nguyên kết hợp với globulin miễn dịch, hay còn gọi là kháng thể dịch thể; còn trong trường hợp ựáp ứng miễn dịch qua trung gian tế bào thì kháng nguyên kết hợp với những receptor xuất hiện ngay trên bề mặt những tế bào lympho T hay gọi là kháng thể tế bào.
Kháng nguyên nào thì kháng thể nấy, kháng nguyên gắn với kháng thể như chìa khóa ăn vào ổ khóa, như âm bản với dương bản.
Tắnh ựặc hiệu của kháng nguyên không phải do toàn bộ cấu trúc của cả phân tử kháng nguyên quyết ựịnh mà do Ộnhóm quyết ựịnhỢ (epitope) của kháng nguyên quyết ựịnh, ựó là những ựoạn nhỏ hoặc một bộ phận nhỏ nằm trên bề mặt phân tử kháng nguyên quyết ựịnh. Nhóm quyết ựịnh kháng nguyên không những quyết ựịnh tắnh ựặc hiệu sinh kháng thể tương ứng, mà còn là vị trắ ựể kháng thể ựó, hoặc lympho bào mẫn cảm có thể gắn với kháng nguyên một cách ựặc hiệu.
Nếu kháng nguyên chỉ có một nhóm quyết ựịnh thì sẽ kắch thắch cơ thể sinh ra một loại kháng thể tương ứng và kháng nguyên ựó chỉ kết hợp ựặc hiệu và duy nhất với loại kháng thể ựó mà thôi; còn nếu kháng nguyên có nhiều nhóm quyết ựịnh thì sẽ có nhiều kháng thể tương ứng ựược sinh ra, nhưng nhóm quyết ựịnh nào thì kết hợp ựặc hiệu với kháng thể tương ứng của nhóm ựó mà thôi. Có bao nhiêu nhóm quyết ựịnh kháng nguyên thì có bấy nhiêu loại kháng thể và kết hợp ựặc hiệu ựộc lập với nhau.
Tổng số nhóm quyết ựịnh trong một kháng nguyên gọi là hóa trị của kháng nguyên ựó. Hóa trị kháng nguyên biểu thị số lượng kháng thể mà kháng nguyên có khả năng kết hợp ựược, kháng nguyên có thể có hai hay nhiều hóa trị.
Tắnh ựặc hiệu của kháng nguyên là rất nghiêm ngặt, tuy nhiên trong thực tế, hai kháng nguyên có thể có phản ứng chéo với nhau, như vậy giữa hai kháng nguyên này phải có một hoặc nhiều nhóm quyết ựịnh giống nhau hoặc gần giống nhau.
Do ựó, về mặt sinh học phân tử, có thể nói:
Tắnh ựặc hiệu của kháng nguyên - kháng thể là do sự tương ựồng về cấu trúc hóa học, giữa một phân tử kháng thể với một nhóm quyết ựịnh kháng nguyên, mỗi một nhóm quyết ựịnh kháng nguyên chỉ có thể kết hợp với một phân tử kháng thể duy nhất, nhưng mỗi một phân tử kháng nguyên thì có thể kết hợp với vài loại kháng thể, nếu ựó là phân tử kháng nguyên ựa giá (có nhiều nhóm quyết ựịnh kháng nguyên trên bề mặt).