Kết cấu là một phơng diện quan trọng bậc nhất của tiểu thuyết, là "vấn đề sống còn của một tác phẩm", là "kết quả của nhận thức thẩm mỹ" của tác giả. Nói nghệ thuật kết cấu là nói đến "sự sắp xếp các nhân vật, các tình tiết cho có đầu, có đuôi,có trớc, có sau có manh mối ngọn ngành, nói tóm lại đặt thành truyện hiển nhiên nh truyện thật"[80,13].
Kế thừa truyền thống một cách sáng tạo, tiếp thu những lối kết cấu mới trong văn học hiện đại Lê Lựu đã tạo cho mình một cách kết cấu tác phẩm riêng và ở tác phẩm nào ngời đọc cũng thấy đợc cái "duyên" của Lê Lựu. Khách quan mà nói, về hình thức nghệ thuật Lê Lựu cha có những đột phá táo bạo nhng bằng cách nào đó nhà văn đã tạo đợc giá trị riêng cho tác phẩm của mình. "Khi cầm cuốn sách lên, chỉ lật qua vài dòng là đã bị nó cuốn hút, nó đánh bùa ngãi. Ngời ta có thể quên văn mà nhớ tới chuyện đời. Và chuyện đời diễn ra trong cái cốt truyện cũng chẳng có gì li kì, nhân vật cũng không rắc rối, chỉ có một tuyến, không có địch cũng chẳng có nhân vật phản diện. Tất cả đều là những ngời tốt, những ngời trung thành tận tụy, có lý tởng cao cả, muốn mang lại hạnh phúc thật sự cho mọi ngời. Nhng kết quả thì ngợc lại. Việc thiện lại thành ác. Ngời ta làm khổ ngời khác bằng chính lòng tốt của mình"[32,89]. Có thể thấy Thời xa vắng là tác phẩm đựơc viết theo thi pháp truyền thống: có mở đầu-diễn biến-kết thúc. "Cốt truyện với những biến cố và tình huống trở thành cái khung chi phối phần lớn tính cách nhân vật" trong tác
phẩm. Kết cấu cốt truyện của Thời xa vắng có sự giao thoa giữa cốt truyện sự kiện và cốt truyện tâm lí. "Đó là cốt truyện chân phơng không có nhân vật phản diện, tất cả đều là ngời tốt, nhng mâu thuẫn, va chạm lại nảy sinh từ "thiện ý, lòng tốt" của con ngời".
Có thể thấy nhà văn đã sử lý mối liên hệ giữa tuyến sự kiện và nhân vật một cách tài tình, tổ chức các yếu tố một cách sinh động, miêu tả tỉnh tại, đối thọai giữa các nhân vật, độc thoại nội tâm, th từ, nhật ký hay những lời bình luận phụ đề đựơc xếp đặt một cách công phu.
Nhà văn có thể sáng tạo hàng chục, hàng trăm kiểu kết cấu khác nhau trên nguyên tắc "phải làm sao cho t tởng chủ đề thấm sâu đến từng bộ phận của tác phẩm và phải góp phần tích cực nhất vào việc xây dựng hệ thống tính cách nhân vật "[10,226]. Điều này chỉ tài năng, trình độ nghề nghiệp cha đủ mà đòi hỏi cả sự khổ công trong lao động nghệ thuật. Và Lê Lựu đã thực sự thành công trên phơng diện này.
Hầu hết tác phẩm của ông đợc xây dựng trên cơ sở kết cấu tâm lý, chủ yếu xoay quanh sự phát triển của tâm lý nhân vật. Cấu trúc trong tiểu thuyết Lê Lựu nh là "ánh phản" của cấu trúc lịch sử -tâm hồn. Lịch sử đợc nhìn nhận qua tâm hồn con ngời, qua số phận nhân vật. Nhà văn cũng đã thừa nhận "tiểu thuyết của tôi là tiểu thuyết tính cách-số phận". Chính vì vậy cốt truyện trong tác phẩm của Lê Lựu thờng chủ yếu xoay quanh một vấn đề, một nhân vật.
ở Thời xa vắng là câu chuyện của anh Cu Sài, ở Sóng ở đáy sông câu chuyện lại tập trung xoay quanh sự phát triển của tính cách nhân vật Núi, ở
Chuyện làng Cuội những biến cố, những sự kiện diễn ra ở làng Cuội đều liên quan đến cuộc đời bà Đất... Nhà văn đã chọn cho mình cách tổ chức, kết cấu tác phẩm trở về với truyền thống, trong khi các nhà văn cùng thời với ông nh Ma Văn Kháng, Nguyễn Trí Huân, Khuất Quang Thụy, Nguyễn Bình Phơng, Bảo Ninh, Chu Lai, Nguyễn Việt Hà... lại cố gắng đi tìm lối kết cấu mới với cốt truyện lỏng lẻo, co giãn, kết cấu lắp ghép, phân mảnh.
Lối kết thúc có hậu vẫn tìm đợc tiếng nói riêng trong tác phẩm của ông. Nhà văn biết cách sắp xếp các biến cố, sự kiện xung quanh cốt truyện tình- một vùng đất quen thuộc nhng vẫn luôn có những vỉa tầng đầy hấp dẫn. Đọc tác phẩm của ông dẫu dài vẫn không gây cảm giác lủng củng, chắp vá, không gây cảm giác nhàm chán. Đó chính là nét riêng độc đáo của nhà văn trên con đờng chiếm lĩnh nghệ thuật.