Cũng cần nói thêm rằng, dù đất nƣớc lâm vào cuộc khủng hoảng chính trị kéo dài nhƣng đây là thời kỳ kinh tế Đại Việt vẫn có những phát triển, đặc biệt là kinh tế thủ công nghiệp và ngoại thƣơng. Cụ thể là sự phát triển của làng nghề tiểu thủ công nghiệp, cùng với đó là sự xuất hiện của một số đô thị lớn, góp phần tạo nên sự hƣng khởi của kinh tế hàng hóa ở cả Đàng Trong và Đàng Ngoài. Hiện tƣợng lịch sử thú vị này đƣợc khắc họa khá sinh động trong ghi chép của các thƣơng nhân, các nhà du hành và truyền giáo phƣơng Tây đến Đại Việt thế kỷ XVII nhƣ: Alexandre de Rhodes, Jean Baptiste Tavernier, Samuel Baron, William Dampier…Ở Đàng Ngoài có các đô thị: Thăng Long (trung tâm chính trị, thƣơng mại quan trọng của Đàng Ngoài), Phố Hiến (trung tâm luân chuyển buôn bán, nổi tiếng với câu ví: “Thứ nhất Kinh kỳ, thứ nhì Phố Hiến”). Ở Đàng Trong, sự xuất hiện của một số thƣơng cảng nhƣ Hội An, Thanh Hà, Nƣớc Mặn, Đà Nẵng…trở thành những cảng thị sầm uất, đô hội, thu hút thƣơng nhân trong và ngoài nƣớc đến buôn bán.
Sự hƣng khởi của các đô thị, kéo theo đó là sự phát triển mạnh của kinh tế hàng hóa ở cả Đàng Trong và Đàng Ngoài là hiện tƣợng lịch sử đặc biệt chƣa từng xảy ra trƣớc đó và cũng không lặp lại sau này. Nếu nhìn nhận dƣới góc độ tác nhân, những yếu tố mới nảy sinh nhƣ sự phát triển của hoạt động ngoại thƣơng đã góp phần hình thành các đô thị nhƣng mặt khác, đô thị hƣng khởi có tác dụng kích thích nền kinh tế hàng hóa phát triển, trong đó các mặt hàng thƣơng mại ngày càng phong phú, đa dạng về chủng loại, cùng với đó chất lƣợng hàng hóa cũng đƣợc đòi hỏi ngày càng cao trong giao thƣơng nội địa và với nƣớc ngoài [38, 23]. Chƣa bao giờ nền kinh tế hải thƣơng lại có quan hệ rộng mở, đa dạng và phát triển hƣng thịnh nhƣ thế kỷ XVI-XVII. Hầu hết các cƣờng quốc kinh tế lúc bấy giờ, cả châu Á và châu Âu đều đến và thiết lập quan hệ trao đổi buôn bán [11, 39-40].
Bên cạnh khía cạnh kinh tế, cuộc nội chiến Trịnh-Nguyễn kéo dài nửa thế kỷ đồng thời để lại những hệ quả về mặt quân sự. Nhu cầu về vũ khí lại càng đƣợc đẩy lên cao khi chính quyền Đàng Trong nhận thức đƣợc các điều kiện về dân cƣ ít hơn, diện tích bé hơn và là một quốc gia non trẻ và chỉ bằng một phần của họ Trịnh ở