Từ các vị trí ven biển Đàng Trong, các giáo sĩ đã vào vùng đất Đàng Trong để truyền giáo. Đó là các cảng thị nhƣ Hội An, Đà Nẵng, Thanh Hà, Nƣớc Mặn…và đã có đƣợc những thành công bƣớc đầu với các cha Bozumi, Alexandre de Rhodes…Song, theo những ghi chép thì cho đến năm 1600, không có một sự cố gắng nào để hƣớng đến mục đích truyền giáo ở Việt Nam, việc truyền bá Thiên Chúa giáo ra khỏi vùng đất châu Âu gặp phải sự chống đối quyết liệt của các tôn giáo bản xứ. “Song, nhìn thấy viễn cảnh ở Việt Nam, họ đã quay lại, khi Nguyễn Hoàng phải từ bỏ hy vọng giành lại quyền hành ở phía Bắc. Tiếp đó, ngƣời Bồ thành lập hội truyền giáo ở Quảng Nam năm 1615…” [105, 50].
Có thể nói, từ khi chính thức truyền giáo ở Việt Nam năm 1615 đến khi hai giám mục đầu tiên của tòa thành đƣợc bổ nhiệm đến Việt Nam làm chủ, chăn hai giáo phận Đàng Trong và Đàng Ngoài năm 1659, giáo đoàn Việt Nam đã vững mạnh [9, 9]. Các giáo sĩ đến truyền giáo ở Việt Nam giai đoạn này chủ yếu là thuộc Dòng Tên. Tuy nhiên, đây cũng là lúc Đàng Trong thực hiện chính sách cấm đạo, nguyên nhân dẫn tới chính sách này là do các giáo sĩ và thƣơng nhân Bồ có mối quan hệ khá chặt chẽ với Đàng Ngoài. Từ khi Nguyễn Phúc Lan (cq: 1635-1648) và Nguyễn Phúc Tần (cq: 1648-1687) đã liên tục cho thực hiện chính sách cấm đạo. Tuy nhiên, từ năm 1640 đến năm 1645 vẫn còn cha Alexandre de Rhodes thƣờng xuyên ra vào Đàng Trong tới 4 lần và là ngƣời có vai trò quan trọng nhất trong quá trình truyền giáo ở Đại Việt.2 Trong giai đoạn 1640-1645, ông trở lại truyền giáo ở Đàng Trong. Cho đến cuối năm 1645, ông bị trục xuất vĩnh viễn khỏi Việt Nam. Sau đó ông trở về châu Âu và đến Roma năm 1649 để vận động cho sự thành lập Hội thừa sai Paris (MEP-Mission Étrangere de Paris) nhằm thay thế cho công việc
2 Alexandre de Rhodes (1591-1660) tên tiếng Việt là Đắc Lộ, sinh ra tại Avignon nƣớc Pháp, gia nhập Dòng Tên năm 19 tuổi. Sau khi bày tỏ muốn đƣợc chuyên tâm vào công việc của các giáo đoàn ở châu Á, ông từ