Từ năm 1996, Ngân hàng thƣơng mại Đầu tƣ và Phát triển Việt Nam đƣợc tổ chức theo mô hình Tổng công ty Nhà nƣớc, có Hội đồng quản trị, Ban Tổng giám đốc điều hành và các phòng ban chức năng tại Hội sở chính. Các phòng ban này thực hiện chức năng tham mƣu giúp Hội đồng quản trị và Tổng giám đốc trong việc quản lý và điều hành mọi hoạt động của ngân hàng.
Giai đoạn 2004 - 2005 Ngân hàng thƣơng mại Đầu tƣ và Phát triển Việt Nam tiếp tục thực hiện cơ cấu lại mô hình tổ chức, quản lý của hệ thống theo 4 khối chức năng theo Đề án cơ cấu lại ngân hàng (mô hình TA1) và phù hợp với yêu cầu triển khai dự án hiện đại hóa ngân hàng: Khối ngân hàng, khối các công ty hạch toán độc lập, Khối các đơn vị sự nghiệp, Khối các đơn vị liên doanh. Đồng thời trong năm 2004 cùng với việc cơ cấu lại mô hình tổ chức của hội sở chính, ngân hàng đã thành lập Hội đồng quản lý rủi ro trực thuộc Hội đồng quản trị, 4 Hội đồng trực thuộc Tổng giám đốc: Hội đồng quản lý tài sản nợ - tài sản có, Hội đồng tín dụng, Hội đồng xử lý rủi ro, Hội đồng khoa học.
Từ năm 2008, thực hiện nội dung Đề án Hỗ trợ kỹ thuật do Ngân hàng thế giới (WB) tài trợ nhằm chuyển đổi mô hình tổ chức hoạt động giai đoạn 2007 – 2010, Ngân hàng thƣơng mại Đầu tƣ và Phát triển Việt Nam đã thực hiện cơ cấu lại toàn
diện, sâu sắc trên tất cả các mặt hoạt động của khối ngân hàng. Từ tháng 9/2008, Ngân hàng thƣơng mại Đầu tƣ và Phát triển Việt Nam đã chính thức vận hành mô hình tổ chức mới tại Trụ sở chính và từ tháng 10/2008 bắt đầu triển khai tại chi nhánh (mô hình TA2). Theo đó, Trụ sở chính đƣợc phân tách theo 7 khối chức năng: Khối ngân hàng bán buôn; Khối ngân hàng bán lẻ và mạng lƣới; Khối vốn và kinh doanh vốn; Khối quản lý rủi ro; Khối tác nghiệp; Khối Tài chính kế toán và Khối hỗ trợ. Tại chi nhánh đƣợc sắp xếp thành 5 khối: Khối quản lý khách hàng; Khối quản lý rủi ro; Khối tác nghiệp; Khối quản lý nội bộ và Khối trực thuộc. Mô hình tổ chức mới đƣợc vận hành tốt là nền tảng quan trọng để Ngân hàng thƣơng mại Đầu tƣ và Phát triển Việt Nam tiến tới trở thành một ngân hàng bán lẻ hiện đại.
Ngày 28 tháng 12 năm 2011, Ngân hàng thƣơng mại Đầu tƣ và Phát triển Việt Nam đã thực hiện thành công việc chào bán cổ phiếu lần đầu ra công chúng trên Sở giao dịch Chứng khoán Hà Nội (HNX). Từ 4/2013, Ngân hàng thƣơng mại Đầu tƣ và Phát triển Việt Nam chuyển sang hình thức ngân hàng thƣơng mại cổ phần. Giá trị vốn điều lệ sau IPO và bán cổ phần ƣu đãi cho ngƣời lao động là 23.011.705 triệu đồng, trong đó Nhà nƣớc nắm giữ cổ phần chi phối 95,76%, ngƣời lao động nắm giữ 0,56%, cổ đông khác nắm giữ 3,68%
Là một ngân hàng kinh doanh đa năng, hiện nay BIDV có hệ thống tổ chức khá rộng lớn với mạng lƣới ngân hàng. Ngân hàng đã phát triển mạng lƣới truyền thống và hiện đại rộng khắp, phủ kín 63 tỉnh thành phố trong cả nƣớc, nâng tổng số điểm mạng lƣới của Ngân hàng đến ngày 31 tháng 12 năm 2014 lên một trăm ba sáu (127) chi nhánh và sở giao dịch, năm trăm chín lăm (595) phòng giao dịch, mƣời sáu (16) quỹ tiết kiệm, và là một trong ba (03) ngân hàng thƣơng mại có mạng lƣới rộng nhất Việt Nam. Ngoài ra BIDV có quan hệ ngân hàng đại lý với hơn 1.670 ngân hàng và chi nhánh ngân hàng tại 122 quốc gia và vùng lãnh thổ trên thế giới.
Thực hiện chính sách đối ngoại của Đảng và Nhà nƣớc, BIDV là ngân hàng tiên phong trong việc xúc tiến đầu tƣ khu vực. Hiện nay BIDV có hiện diện thƣơng mại và liên doanh tại 4 Quốc gia là Cộng hòa Séc, Myanmar, Lào và Campuchia.
Ngoài hoạt động chính là kinh doanh tài chính ngân hàng thƣơng mại, BIDV thực hiện kinh doanh các lĩnh vực khác tại 06 Công ty con ( lĩnh vực chứng khoán, bảo hiểm, đầu tƣ, quản lý nợ và khai thác tài sản với tỉ lệ sở hữu của BIDV trên 82%), 02 Công ty liên kết ( tỉ lệ sở hữu trên 25%, các lĩnh vực cho thuê máy bay, phát triển đƣờng cao tốc), 05 Công ty liên doanh ( tỉ lệ sở hữu trên 50%, các lĩnh ngân hàng, quản lý quỹ, vận hành và quản lý khối văn phòng làm việc).
Tổng số cán bộ công nhân viên của BIDV là 19.130 ngƣời. Trong đó có trình độ đại học trở lên chiếm 87,44%, trình độ cao đẳng chiếm 2,73% và 9,83% có bằng trung cấp.