Với tình hình cho vay trên, thì tình hình thu nợ của ngân hàng cũng biến động không ổn định, doanh số thu nợ đạt cao nhất là vào năm 2012, giảm ở năm 2013. Trong giai đoạn này, song song với việc giảm lãi suất cho vay, Chi nhánh tập trung vào nhiệm vụ nâng chất lượng tín dụng trên cơ sở thẩm định hồ sơ cho vay chặt chẽ hơn và đồng hành cùng khách hàng doanh nghiệp để đảm bảo vốn được đưa vào sản suất và sử dụng hiệu quả, bên cạnh việc nỗ lực huy động vốn để đáp ứng nhu cầu thanh khoản, Chi nhánh ngân hàng chú trọng khống chế nợ xấu ở mức quy định và các khoản nợ xấu đều được đảm bảo bằng tài sản thế chấp, cho nên công tác thu hồi nợ cũng như doanh số thu nợ đã tăng 58.888 triệu đồng vào năm 2012, tăng nhanh hơn tốc độ tăng của cho vay.
Bước sang năm 2013, doanh số thu sụt giảm nhanh hơn tốc độ giảm của cho vay, giảm xấp xỉ 12% so với cùng kỳ năm trước. Nguyên nhân chủ yếu là một phần từ phía ngân hàng, tuy có nhiều biện pháp để thắt chặt và kiểm soát lượng vốn tín dụng, song nhìn chung ngân hàng kiểm soát việc sử dụng vốn khách hàng còn lõng lẻo, công tác thẩm định hồ sơ vay vốn khách hàng chưa
quan trọng hơn là thành phần vay vốn để tiêu dùng. Chưa có một quy trình tách biệt đối với từng loại khách hàng với những nhu cầu vay khác nhau, khiến công tác thu hồi nợ cũng như hiệu quả sử dụng đồng vốn kém đi. Một nguyên nhân khác làm cho doanh số trong năm giảm là do ảnh hưởng từ phía kinh tế, sự khôi phục chậm chạp của kinh tế trong cả nước, cũng như trên địa bàn Cần Thơ và Quận, nhiều doanh nghiệp không có nhu cầu vay vốn để mở rộng sản xuất kinh doanh, thậm chí các đối tượng này khả năng trả nợ cũng sụt giảm, sức mua của khách hàng giảm, lạm phát tăng, chi tiêu nhiều hơn thu nhập, khiến đại bộ phận khách hàng cá nhân cũng không thể trả nợ ngân hàng, điều đáng quan tâm là thị trường bất động sản đang trong giai đoạn phục hồi, đã ảnh hưởng trực tiếp đến công tác xử lý tài sản đảm bảo. Chính vì vậy, nợ không thu được, tài sản đảm bảo cũng không sử lý được, nợ xấu tăng, doanh số thu nợ sụt giảm là điều không thể tránh khỏi.
Công tác thu hồi nợ của Chi nhánh giai đoạn 6 tháng đầu năm có bước chuyển biến tích cực, tăng 11,13 % so với cùng kỳ. Đây cũng là nhờ sự nỗ lực hết mình của tập thể cán bộ Chi nhánh và toàn hệ thống, dưới sự giám sát chỉ đạo, và thực hiện tố chế độ báo cáo thống kê của NHNN, đã tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra giám sát đối với các bộ phận kinh doanh, đến từng bộ phận khách hàng, đẩy mạnh thanh toán không dùng tiền mặt, phát triển hệ thống thẻ, ATM, POS,…mục đích dễ dàng hơn trong quản lý tài chính của khách hàng. Bên cạnh đó, các gói khuyến khích tín dụng của NHNN bắt đầu phát huy tác dụng. Chi nhánh nói riêng và các ngân hàng trên địa bàn nói chung, tập trung vào bán lẻ để đẩy mạnh tín dụng, tăng trưởng tín dụng đến từ tín dụng ngoại tệ do nền kinh tế thế giới có nhiều cải thiện theo hướng thuận lợi cho hoạt động xuất khẩu, tín dụng chuyển dịch theo hướng tích cực hơn, tập trung vào lĩnh vực ưu tiên của chính phủ, riêng hệ thống Agribank thì nông nghiệp nông thôn là chủ lực.