Thiếu sự phối hợp, lồng ghép giữa các chương trình xóa đói giảm nghèo trên địa bàn huyện. Các phòng chuyên môn của huyện còn lúng túng trong khâu lập kế hoạch tài chính, phối hợp lồng ghép các nguồn vốn. Mỗi chương trình, chính sách lại có qui định riêng về cách thức tổ chức thực hiện, phương thức thanh toán, quyết toán cũng khác nhau nên việc lồng ghép các chương trình với nhau cơ bản gặp nhiều khó khăn. Đến ngày 12/2/2014 Bộ Kế hoạch & Đầu tư, Bộ Tài chính mới chính thức ban hành thông tư liên tịch số 02 về việc hướng dẫn lồng ghép các nguồn vốn thực hiện chương trình hỗ trợ giảm nghèo nhanh và bền vững trên địa bàn huyện nghèo, nên giai đoạn trước đó huyện Bá Thước chưa làm tốt công tác này. Việc lồng ghép các nguồn vốn để thực hiện các chính sách chưa thực sự hiệu quả, vẫn để xảy ra tình trạng phải xin điều chỉnh kế hoạch vốn cho chính sách này sang thực hiện chính sách khác. Cụ thể năm 2009 huyện được giao kế hoạch 2.394 triệu khoanh nuôi bảo vệ rừng và 284 triệu mua giống cây trồng rừng lần đầu. Nhưng do dự án 661 đã đầu tư cho các chính sách này nên UBND huyện phải xin UBND tỉnh cho phép điều chỉnh sang thực hiện chính sách hỗ trợ mua vật nuôi. Và mãi năm 2010 kế hoạch vốn mới được thực hiện xong. Trong 3 năm (2009 – 2011) huyện Bá Thước đã hỗ trợ tổng số 2082 trâu, bò giống cho người dân song do những nguyên nhân khác nhau kể cả việc không tính đến các điều kiện chăn nuôi cũng như hỗ trợ người dân chăm sóc nên đến cuối năm 2012 tổng số còn lại khoảng hơn 1800 con.
Do triển khai cùng một lúc nhiều chương trình trên địa bàn huyện nên dẫn đến sự chồng chéo về chính sách thể hiện ở 3 khía cạnh chính: nội dung, đối tượng thụ hưởng và thời gian thực hiện chính sách. Đơn cử, một số hạng mục hạ tầng cơ sở của các Chương trình 135 gđ II và Chương trình MTQGGN có sự trùng lặp nhau như: nối tiếp đường giao thông thôn Cành Nàng, xã Lâm Xa; đường giao thông thôn Cộ xã Điền Trung; đường giao thông từ làng Ba đi làng Sát xã Ban Công... Các hạng mục công trình nếu có sự trùng lặp với nhau thì chỉ lấy nguồn vốn từ một chương trình để thực hiện và báo cáo kết quả cho cả 2 chương trình.
Sự chồng chéo về chính sách tuy không trùng lặp về nguồn lực nhưng đã dẫn đến sự dàn trải nguồn lực đầu tư, trong khi đó, khả năng bố trí ngân sách Nhà nước có hạn. Trong khi nguồn lực để thực hiện chính sách còn hạn chế,
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Kinh tế Page 101 huyện Bá Thước cần tích cực khắc phục những hạn chế trên, tránh gây lãng phí nguồn lực và giảm hiệu quả của các chương trình và chương trình mục tiêu quốc gia trong XĐGN.