Bên cạnh những cơ hội tốt không thể không có những thách thức, khó khăn mà thành phố Đà Lạt cần phải vượt qua để ngành sản xuất và xuất khẩu rau của thành phố có thể đứng vững trên thị trường quốc tế, góp phần tăng nhanh và bền vững kim ngạch xuất khẩu, đóng góp vào GDP của cả nước.
Thứ nhất, nhu cầu nhập khẩu rau của Nhật Bản tăng mạnh vừa là cơ hội nhưng cũng là thách thức lớn đối với các doanh nghiệp xuất khẩu rau Đà Lạt. Nhu cầu tăng đòi hỏi nguồn hàng cho xuất khẩu phải lớn và ổn định. Tuy nhiên, sản xuất rau của Đà Lạt còn phân tán nên thành phố còn gặp nhiều khó khăn trong việc đáp ứng các đơn hàng xuất khẩu, nhất là các đơn hàng có khối lượng lớn. Bên cạnh đó, người tiêu dùng có xu hướng chuyển sang sử dụng các loại rau quả đã qua chế biến để tiết kiệm thời gian, trong khi đa phần rau xuất khẩu của Đà Lạt chủ yếu là sản phẩn tươi hoặc chỉ qua sơ chế nên chưa tận dụng được tiềm năng này để đẩy mạnh xuất khẩu.
Thứ hai là vấn đề rào cản vệ sinh an toàn thực phẩm. Rau quả của Việt Nam muốn được nhập khẩu vào thị trường này phải đáp ứng được hệ thống các tiêu chuẩn khắc nghiệt về chất lượng, an toàn vệ sinh thực phẩm và nhiều quy định chặt chẽ khác. Nhật Bản cũng rất thận trọng và có yêu cầu cao về vấn đề xử lý côn trùng.
Thứ ba là khả năng cạnh tranh trên thị trường quốc tế. Người tiêu dùng Nhật Bản có yêu cầu khá cao về chất lượng rau nhập khẩu. Điều này đặt ra thách thức cho các doanh nghiệp Đà Lạt phải nâng cao chất lượng rau xuất khẩu để có thể cạnh tranh với những nhà xuất khẩu rau khác vào thị trường này, khi mà rau Trung Quốc có lợi thế về giá, rau Thái Lan có mẫu mã đẹp, còn rau Ấn Độ thì phong phú về chủng loại với nhiều loại rau ngon và lạ, đây đều là những quốc gia có thế mạnh trong việc sản xuất rau quả, có ưu thế về giống, công nghệ chế biến và kinh nghiệm gieo trồng.
Việc Nhật Bản phát hiện hoá chất trong rau Trung Quốc tuy tạo thêm nhiều cơ hội cho doanh nghiệp Việt Nam nhưng đã hình thành nên tâm lý e ngại rau quả ngoại cho một bộ phận doanh nghiệp và người tiêu dùng Nhật Bản, khiến họ khó đón nhận các loại rau quả có nguồn gốc từ nước khác, trong đó có rau nhập khẩu từ Việt Nam.
Để có thể trụ vững và cạnh tranh được trên thị trường quốc tế, ngoài việc sản phẩm phải đảm bảo chất lượng, giá thành thấp, thì việc thực hiện tốt các công tác bảo vệ sinh thái, thân thiện với môi trường là cũng một yếu tố rất quan trọng mà các doanh nghiệp sản xuất và xuất khẩu rau của Đà Lạt cần lưu ý.
Thứ tư, nền kinh tế Việt Nam vẫn còn thuộc nhóm các nước kém phát triển, nền sản xuất hàng hoá còn lạc hậu và công nghiệp sản xuất rau củ còn non trẻ, yếu kém. Bên cạnh đó, Đà Lạt tuy có nguồn tài nguyên thiên nhiên phong phú nhưng lại thiếu vốn và công nghệ để khai thác hiệu quả những tiềm năng này.