TCHQ đã ký thỏa thuận phối hợp thu với 17 NHTM và đang tiếp tục hoàn thành thủ tục để ký tiếp với 3 ngân hàng, chuẩn bị triển khai hợp tác với 7 ngân hàng khác.
Hiện tại đã có 17 NHTM đã ký Thỏa thuận hợp tác phối hợp thu NSNN với TCHQ, bao gồm: Ngân hàng TMCP Đầu tư và Phát triển Việt Nam (BIDV), Ngân hàng TMCP Công thương Việt Nam (Vietinbank), Ngân hàng TMCP Quân đội (MB), Ngân hàng TMCP Ngoại thương Việt Nam (Vietcombank), Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thông Việt Nam (Agribank), Ngân hàng TMCP Quốc tế (VIB), Ngân hàng TMCP Kỹ thương Việt Nam (Techcombank), Ngân hàng TMCP Xuất nhập khẩu Việt Nam (Eximbank), Ngân hàng TMCP Hàng hải Việt Nam (Maritime Bank), Ngân hàng TMCP Việt Nam Thịnh vượng (VPBank), Ngân hàng TMCP Phát triển Nhà Tp. Hồ Chí Minh (HDBank), Ngân hàng TMCP Phát triển nhà Đồng bằng sông Cửu Long (MHB), Ngân hàng TMCP Phương Đông (OCB), Ngân hàng TNHH MTV ANZ Việt Nam (ANZ), Ngân hàng TMCP An Bình (ABbank), Ngân hàng TMCP Xăng dầu Petrolimex (PGBank), Ngân hàng TMCP Bưu điện Liên Việt (Lienvietpost Bank).
Trong đó hiện tại đã có 14 NHTM đã triển khai trên toàn quốc, còn lại 03 đang triển khai thí điểm tại một số Cục Hải quan trong cả nước. Cụ thể:
Hồ Chí Minh, Hà Nội, Đồng Nai, Khánh Hòa, Bình Dương.
- Ngân hàng PGBank triển khai thí điểm tại 02 Cục Hải quan tỉnh, thành phố: Hồ Chí Minh, Hà Nội.
- Ngân hàng ANZ triển khai thí điểm tại 02 Cục Hải quan tỉnh, thành phố: Hồ Chí Minh, Bình Dương. Ngân hàng ANZ sẽ được triển khai mở rộng thanh toán điện tử hải quan trên toàn quốc từ ngày 01/11/2014.
Số lượng giao dịch nộp thuế vào NSNN thông qua cổng thanh toán điện tử giữa Hải quan và các ngân hàng trong những năm qua thường đạt trên 50% số thuế của Ngành. Theo báo cáo của TCHQ, trong 7 tháng năm 2014, số lượng tờ khai thanh toán qua cổng thanh toán điện tử đạt 411.390/917.383 tờ khai, chiếm tỉ lệ gần 45%, tương ứng số thuế thu được là 77.438 tỷ VND/141.543 tỷ, chiếm tỉ lệ gần 55%.