Hiện tại Bộ Tài chính chỉ cho phép KBNN mở tài khoản thanh toán song phương tại Agribank, BIDV, Vietinbank, Vietcombank đồng thời mở tài khoản chuyên thu tại Vietcombank. Các NHTM còn lại chưa được Bộ Tài chính cho phép KBNN mở tài khoản.
Việc KBNN mở tài khoản tại các NHTM là điều kiện cần thiết cho việc thực hiện dịch vụ thanh toán chuyển khoản nộp thuế XNK được nhanh chóng, dễ dàng. Điều này ngoài tác dụng làm giảm bớt thời gian chờ thanh toán, giúp số tiền thanh toán chuyển khoản từ tài khoản doanh nghiệp nộp thuế được ghi có ngay lập tức vào tài khoản của KBNN, còn hỗ trợ các NHTM trong việc xử lý các sai sót xảy ra trong quá trình nộp thuế cũng nhanh chóng hơn là thanh toán ngoài hệ thống. Hơn nữa, KBNN mở tài khoản tại các NHTM là điều kiện tiên quyết để có thể giảm bớt chi phí dịch vụ cho khách hàng.
Căn cứ quy định tại khoản 2 điều 3 Thông tư số 85/2011/TT-BTC ngày 17/06/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn quy trình tổ chức phối hợp thu NSNN giữa KBNN-TCT-TCHQ và các NHTM thì KBNN các tỉnh, thành phố chỉ được phép mở tài khoản chuyên thu tại các NHTM đã tham gia thanh toán điện tử song phương tập trung với KBNN và được KBNN Trung ương đồng ý. Do đó các NHTM cần có đề xuất gửi Bộ
Tài chính, KBNN cho phép tham gia hệ thống thanh toán điện tử song phương tập trung với KBNN. Đây là tiền đề để KBNN có thể mở tài khoản chuyên thu tại NHTM.
Việc tham gia hệ thống thanh toán điện tử song phương tập trung với KBNN sẽ đem lại rất nhiều lợi ích cho doanh nghiệp và các NHTM, mặt khác sẽ giúp các NHTM có thể giảm chi phí chuyển khoản nộp thuế cho khách hàng đáng kể, từ đó góp phần thu hút khách hàng tham gia dịch vụ nhiều hơn.