Để triển khai dự án phối hợp thu NSNN với các NHTM, TCHQ đã ký thỏa thuận song phương với các NHTM (đến nay đã có 17 NHTM tham gia) nhằm cụ thể hóa quy trình trao đổi dữ liệu về thu NSNN với các ngân hàng, quy định trách nhiệm của các bên liên quan. Đồng thời TCHQ đã tham mưu cho Bộ Tài chính hoặc ban hành các văn bản hướng dẫn về đề án phối hợp thu NSNN với các NHTM. Cụ thể:
- Thông báo số 140/TB-BTC ngày 09/04/2010 của Bộ Tài chính về việc định hướng cải cách thủ tục hành chính và điện tử đối với ngành hải quan đến năm 2020;
- Quyết định số 2222/QĐ-TCHQ ngày 09/11/2009 của TCHQ về việc ban hành Quy trình tạm thời về thu, nộp thuế hàng hóa XNK qua ngân hàng bằng phương thức điện tử, hướng dẫn trách nhiệm của các cán bộ hải quan khi sử dụng chứng từ thanh toán qua phương thức điện tử;
- Quyết định số 418/QĐ-TCHQ ngày 21/03/2011 của TCHQ về việc ban hành quy chế tạm thời trao đổi thông tin về thu nộp thuế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, phí,
lệ phí, các khoản thu khác của NSNN và bảo lãnh thuế liên quan đến hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu tại cổng thanh toán điện tử của TCHQ, công bố chuẩn thông điệp trao đổi thông tin giữa hệ thống của cơ quan hải quan và hệ thống của NHTM;
- Quyết định số 1047/QĐ-TCHQ ngày 10/06/2011 của TCHQ về việc điều chỉnh nội dung phụ lục 2 về thông điệp trao đổi dữ liệu, ban hành kèm theo quyết định 418/QĐ-TCHQ ngày 21/03/2011 nhằm thông báo và thống nhất với các ngân hàng bộ chuẩn thông điệp, làm cho các ngân hàng khi có đủ điều kiện đáp ứng về mặt công nghệ đều có thể chủ động tham gia hợp tác trao đổi thông tin qua Cổng thanh toán điện tử của TCHQ.