Trong thực tế có rất doanh nghiệp đã chuyển tiền khỏi tài khoản của ngân hàng để nộp thuế cho các tờ khai hải quan, tuy nhiên doanh nghiệp vẫn phải mất 2 đến 3 ngày mới nhận được kết quả trên hệ thống xử lý của cơ quan hải quan.
Để sớm thông quan hàng hóa doanh nghiệp buộc phải lấy chứng từ gốc đến chi cục Hải quan để hoàn tất thủ tục hải quan, gây mất nhiều thời gian và tăng chi phí, cho dù là hàng hóa thuộc luồng xanh.
Theo quy định tại Thỏa thuận phối hợp thu NSNN giữa TCHQ và NHTM, thời điểm ngân hàng cắt tiền ra khỏi tài khoản của doanh nghiệp, đồng thời hệ thống của ngân hàng báo ngay sang hệ thống hải quan (thời gian chỉ tính bằng giây).
Hệ thống của hải quan sau khi nhận được thông tin của ngân hàng đã nộp tiền cho tờ khai, hệ thống của hải quan sẽ tự động ra thông báo giải phóng hàng. Các công đoạn này hoàn toàn tự động. Tuy nhiên, theo quy định hiện nay, cơ quan hải quan chỉ thực sự hạch toán tờ khai khi KBNN báo về tiền đã vào NSNN.
Thông tin nộp thuế vào NSNN của doanh nghiệp bị chậm là do kết nối từ ngân hàng sang Kho bạc và từ Kho bạc đến cơ quan hải quan. Rất nhiều tờ khai, kho bạc sau khi nhận được thông tin của ngân hàng không biết nhập thông tin vào tờ khai nào, vì rất nhiều ngân hàng nhập tắt thông tin. Lúc này KBNN phải trao đổi lại với ngân hàng để bổ sung thông tin.
Chính vì vậy, khi thực hiện chuyển tiền khỏi tài khoản ngân hàng để nộp thuế cho tờ khai hải quan, doanh nghiệp cần hướng dẫn cho ngân hàng nhập thông tin đầy đủ và chi tiết từng tờ khai. Bên cạnh đó, để giải quyết vấn đề này, cần kiến nghị Bộ Tài chính cùng với các đơn vị liên quan xác định lại thời điểm nào được tính là thời điểm tiền vào NSNN (thời điểm tiền vào KBNN hay thời điểm doanh nghiệp cắt tiền khỏi tài khoản).
Để phù hợp hơn với thực tế, cần đề xuất theo hướng, nếu nhận được thông tin của ngân hàng đã cắt tiền tại tài khoản doanh nghiệp, coi như lúc đó doanh nghiệp đã hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế vào NSNN mà không phụ thuộc vào việc kết nối sau đấy giữa ngân hàng đến KBNN rồi từ KBNN đến cơ quan hải quan.
3.2.2.4. KBNN mở tài khoản ở nhiều NHTM hơn
Hiện nay, KBNN chỉ mới mở tài khoản tiền gửi quản lý tài khoản các Chi cục Hải quan, Chi cục Thuế tại các NHTM nhà nước. Trên thực tế, KBNN mới xây dựng và triển khai chương trình thanh toán song phương với BIDV, Agribank, Vietinbank và gần đây nhất vào đầu tháng 10/2013, KBNN mở tài khoản chuyên thu tại Vietcombank.
Trong khi đó nhu cầu nộp thuế của khách hàng phát sinh tại rất nhiều NHTM khác. Khi thực hiện nộp thuế cho khách hàng, ngân hàng nơi nộp thuế mà không có tài khoản của KBNN phải chuyển khoản ngoài hệ thống đến tài khoản của KBNN tại một trong các NHTM nêu trên. Như vậy, thời gian chuyển khoản thành công sẽ lâu hơn là chuyển khoản trong hệ thống. Hơn nữa, chi phí chuyển khoản ngoài hệ thống cũng cao hơn.
Do đó, để hỗ trợ ngân hàng trong việc triển khai dịch vụ nộp thuế hải quan nói riêng, nộp NSNN nói chung, cần kiến nghị Bộ Tài chính, KBNN nên đẩy nhanh hơn nữa tiến độ hợp tác để mở tài khoản tiền gửi, tài khoản chuyên thu tại nhiều NHTM hơn. Có như vậy, dịch vụ nộp thuế XNK mới được thực hiện nhanh chóng, tiết kiệm chi phí và thời gian hơn.
3.2.2.5. Ban hành Thông tư cho phép cơ quan hải quan mở tài khoản tại NHTM
Thực hiện để án Hiện đại hóa thu nộp NSNN, đến thời điểm tháng 10/2014, TCHQ đã ký thỏa thuận và đã tổ chức phối hợp thu NSNN tới 17 NHTM (trong đó KBNN đã mở tài khoản tiền gửi thanh toán song phương tại Agribank, Vietinbank, BIDV, tài khoản chuyên thu tại Vietcombank), phối hợp với KBNN nhận bảng kê điện tử giấy nộp tiền do KBNN chuyển qua Cổng thông tin điện tử của Bộ Tài chính. Việc thu thuế qua NHTM cơ bản đã đáp ứng yêu cầu thông quan hàng hóa do việc kết nối trực tiếp thông tin trực tiếp giữa cơ quan Hải quan và NHTM.
Tuy nhiên các NHTM và KBNN thiếu thông tin kiểm tra nên đã có tình trạng một số chứng từ thu NSNN chuyển từ các NHTM về KBNN và chuyển qua cơ quan Hải quan không đầy đủ thông tin hạch toán thu NSNN cũng như không có mã số thuế
để trừ nợ cho người nộp thuế dẫn đến số tiền thuế trên tài khoản thiếu thông tin chờ xử lý của KBNN khá lớn, nợ thuế của người nộp thuế còn chưa chính xác. Mặt khác hiện tại vẫn chưa giải quyết dứt điểm những hạn chế đối với việc thanh khoản nợ thuế, đặc biệt là xét ân hạn của các doanh nghiệp gia công, sản xuất xuất khẩu do việc hạch toán, thanh khoản nợ thuế của cơ quan hải quan đang thực hiện trên cơ sở bảng kê giấy nộp tiền hàng ngày do KBNN chuyển về. Nhiều doanh nghiệp xuất trình với cơ quan hải quan chứng từ đã nộp thuế, nhưng hệ thống kế toán của cơ quan hải quan chưa thanh khoản nợ thuế, dẫn đến các tờ khai cuối thời gian ân hạn thường chuyển sang trạng thái nợ quá hạn nên doanh nghiệp không được ân hạn nộp thuế.
Để giải quyết tình trạng chậm chứng từ nộp tiền dẫn đến chậm thanh khoản tờ khai nợ thuế, tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động XNK của doanh nghiệp, phù hợp với yêu cầu của Hệ thống thông quan điện tử tự động VNACCS/VCIS (đảm bảo tốc độ thông quan, dữ liệu chính xác, kịp thời để hệ thống tự động xét ân hạn thuế khi phân luồng), hạn chế tối đa việc khai sai thông tin giấy nộp tiền, TCHQ đã dự thảo Thông tư cho phép cơ quan hải quan mở tài khoản chuyên thu tại NHTM.
Theo các văn bản pháp luật hiện hành đã cho phép cơ quan hải quan mở tài khoản tại các NHTM.
Khi thông tư cho phép cơ quan hải quan được mở tài khoản tại NHTM được ban hành sẽ tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp trong việc lựa chọn địa điểm nộp thuế, giảm thời gian và chi phí cho doanh nghiệp. Việc thông quan sẽ diễn ra nhanh chóng hơn do tiền thuế vào trực tiếp tài khoản của cơ quan hải quan. Cơ quan hải quan dễ dàng truy cập thông tin để thực hiện thông quan hàng hóa cho doanh nghiệp hoặc xóa nợ thuế ngày khi NHTM báo Có tài khoản. Đồng thời cũng tạo thuận lợi cho các cơ quan trong công tác phối hợp thu NSNN; tập trung tiền thuế kịp thời vào NSNN, đảm bảo cải cách và hiện đại hóa công tác thu nộp NSNN, hạn chế những sai sót trong việc hạch toán sai mục lục NSNN, sai thông tin như hiện nay. KBNN chỉ cần hạch toán theo số tổng và theo mục lục NSNN mà không phải theo dõi, hạch toán chi tiết đến người nộp thuế.