Các yếu tố liên quan đến kỹ thuật, công nghệ, quy trình thực hiện, trình độ chuyên môn của nhân viên thực hiện dịch vụ cũng có tác động không nhỏ đến việc thực hiện thành công các giao dịch nộp thuế qua NHTM.
Điều 3 Thông tư số 126/2014/TT-BTC ngày 28/08/2014 đã quy định rõ các điều kiện để NHTM tham gia phối hợp thu NSNN với TCHQ. Trong đó có quy định NHTM phải có đầy đủ trang thiết bị, cơ sở vật chất kỹ thuật, nguồn nhân lực đáp ứng yêu cầu tổ chức phối hợp thu ngân sách nhà nước.
Dịch vụ nộp thuế hải quan được thực hiện bằng phương thức điện tử. Hệ thống dữ liệu của các NHTM được truyền trực tiếp từ NHTM về KBNN và TCHQ, do đó, công nghệ là yếu tố quan trọng hàng đầu để đảm bảo dịch vụ được thực hiện thành công. Ngoài ra, nhân viên các NHTM phải có trình độ chuyên môn nhất định, thao tác nhanh nhạy và xử lý các tình huống sai sót xảy ra trong quá trình thực hiện dịch vụ.
Theo báo cáo của TCHQ thì hiện nay vẫn thường xuyên xảy ra trường hợp Giấy nộp tiền bản giấy về nhanh hơn dữ liệu trên hệ thống Cổng thanh toán điện tử hải quan, do đó trong trường hợp này cơ quan hải quan không thể sử dụng Giấy nộp tiền do doanh nghiệp cung cấp để thông quan hàng hóa cho doanh nghiệp được, từ đó ảnh hưởng đến việc thông quan hàng hóa và xét ân hạn thuế cho doanh nghiệp.
Căn cứ điều 3, điều 4 của Thỏa thuận hợp tác phối hợp thu NSNN giữa TCHQ và các NHTM (quy định về trách nhiệm của các bên và nguyên tác thực hiện) thì: Đối với từng giao dịch NHTM đã nhận đủ thông tin trả về từ Cổng thanh toán điện tử của hải quan thì sau khi hạch toán vào tài khoản của KBNN mở tại ngân hàng, NHTM tạo và gửi ngay thông điệp xác nhận các thông tin liên quan đến khoản thu sang Cổng thanh toán điện tử của hải quan.
Tuy nhiên theo báo cáo của một số Cục Hải quan thì khách hàng đã nộp thuế tại một NHTM đã ký Thỏa thuận phối hợp thu với TCHQ nhưng thông tin nộp thuế không được cập nhật hoặc cập nhật chậm vào Cổng thanh toán điện tử của hải quan. Mặt khác hiện này một số chi nhánh, điểm thu của NHTM không thực hiện truy vấn thông tin số phải thu và cập nhật thông tin nộp tiền vào Cổng thanh toán điện tử của hải quan, đã làm ách tắc và không thông thoáng trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan điện tử.
Hiện tại hệ thống thông quan tự động VNACCS/VCIS đã được áp dụng chính thức, các NHTM phải liên tục phối hợp với bộ phận công nghệ thông tin của TCHQ kiểm tra đường truyền dữ liệu, đảm bảo hệ thống kết nối dữ liệu hoạt động trôi chảy. Trong tương lai, ngành Hải quan sẽ phải cải cách nhiều hơn thủ tục nộp thuế, cho phép người nộp thuế được tự động như một số quốc gia đang thực hiện. Do đó các NHTM cần phải hoàn thiện cơ sở hạ tầng để đáp ứng với yêu cầu về nộp thuế điện tử tự động trong tương lai.
Các NHTM cần định kỳ tổ chức các khoá đào tạo kỹ năng nghiệp vụ chuyên môn cho đội ngũ cán bộ nhân viên về khả năng thực hiện công việc với kỹ thuật công nghệ hiện đại, khả năng ứng xử khi tiếp xúc với khách hàng. NHTM cũng cần xây dựng quy trình thu thuế hải quan theo đúng quy định trong Thỏa thuận phối hợp thu NSNN và quy định tại Thông tư số 126/2014/TT-BTC ngày 28/08/2014.
Đồng thời tập huấn quy trình thường xuyên để các nhân viên nắm rõ quy trình thực hiện, có thể tự xử lý tình huống phát sinh tại chỗ, không cần phải liên hệ các bộ phận khác hỗ trợ, làm mất thời gian của khách hàng.