Theo xu hướng phát triển chung của thế giới, Việt Nam cần phải cải cách quy trình thu nộp NSNN hơn nữa, cải tiến hơn nữa phương thức nộp thuế. Các cơ quan như TCT,
TCHQ, KBNN, các NHTM cần phối hợp xem xét để xây dựng chương trình nộp thuế điện tử tự động, đảm bảo kết nối về dữ liệu giữa TCT, TCHQ, KBNN. Theo đó, người nộp thuế với mã số nộp thuế riêng của mình, chỉ cần truy cập vào Website của TCHQ, thực hiện thanh toán trực tuyến là tiền thuế tự động được thanh toán thành công. Có như vậy mới giảm thiểu được thủ tục hành chính, giúp người nộp thuế tiết kiệm được thời gian và chi phí nộp thuế, đồng thời cũng giảm bớt công việc của cơ quan thu thuế. Khi sử dụng dịch vụ nộp thuế điện tử, khách hàng sẽ tiết kiệm chi phí đi lại, thời gian giao dịch, đơn giản thủ tục giấy tờ khi thực hiện nghĩa vụ thuế. Khách hàng có thế nộp thuế tại bất cứ địa điểm nào có kết nối Internet vào bất kì thời gian nào trong này. Đồng thời có thể truy cập Cổng thông tin điện tử của hải quan xem, in, tải về các thông báo, giấy nộp tiền điện tử đã nộp. Hơn thế nữa, khách hàng được sử dụng các dịch vụ giá trị gia tăng khác của NHTM.
Tại một số nước phát triển, cơ quan hải quan cho phép khách hàng có nhiều lựa chọn trong việc nộp thuế như thanh toán tại bưu điện, các cửa hàng được ủy quyền của cơ quan thuế, thanh toán bằng internet banking, mobile banking…Tuy nhiên ở Việt Nam, hệ thống thanh toán thuế như vậy vẫn chưa có, nếu có thì vẫn còn chưa phát triển mạnh. Do đó cần kiến nghị Bộ Tài chính, TCHQ nghiên cứu về hình thức nộp thuế tại các nước tiên tiến trên thế giới, từ đó ban hành Thông tư cho phép thí điểm một số hình thức nộp thuế phổ biến trên thế giới. Việc đa dạng các hình thức nộp thuế cho phép khách hàng linh hoạt trong việc lựa chọn phương thức nộp thuế, giúp khách hàng tiết kiệm chi phí, lựa chọn được phương thức nộp thuế phù hợp với từng đặc điểm của doanh nghiệp. Trong trường hợp mở rộng phương thức nộp thuế, Bộ Tài chính, TCHQ có giải pháp để rút ngắn hơn nữa thời gian nộp thuế hải quan bằng các phương thức mới trên. Điều này vừa giúp khách hàng có nhiều lựa chọn phương thức nộp thuế, đồng thời vẫn đảm bảo thời gian tiền vào ngân sách kịp thời, giúp thông quan hàng hóa nhanh chóng, tiết kiệm chi phí cho doanh nghiệp.