Kết quả phân tích, khảo sát hiện trạng mơi trường nước mặt tại vùng quy hoạch tỉnh Bến Tre (gồm 3 huyện Bình Đại, Ba Tri và Thạnh Phú) cho thấy mơi trường nước tại các nhánh sơng, kênh rạch trên địa bàn tỉnh đang cĩ dấu hiệu bị ơ nhiễm hữu cơ, hàm lượng chất rắn lơ lửng và tổng Coliform. Tại một số khu vực, cịn cĩ dấu hiệu ơ nhiễm dầu mỡ, nhiễm mặn.
Các kênh rạch tại huyện Ba Tri, Bình Đại và Thạnh Phú cĩ thêm vai trị quan trọng trong hoạt động NTTS nước lợ và mặn. Do đặc thù của địa phương, các kênh này vừa cĩ vai trị là nguồn cung cấp nước vừa cĩ vai trị là nguồn tiếp nhận nước thải từ quá trình nuơi trồng. Chính lượng chất thải này làm ảnh hưởng đến chất lượng nước tại các dịng kênh này.
Thuốc BVTV được đánh giá là một trong những thành phần gây nguy hại đến mơi trường và cả hệ sinh thái. Tuy nhiên, dư lượng hĩa chất thuốc BVTV vẫn cịn nằm trong hệ thống đê bao khu vực nội đồng nên chưa thâm nhập vào hệ thống kênh rạch, sơng ngịi. Theo kết quả phân tích chất lượng mơi trường tại tỉnh Bến Tre cho thấy mơi trường nước tại các nhánh sơng ngịi của tỉnh vẫn chưa cĩ dấu hiệu ơ nhiễm do dư lượng hĩa chất thuốc BVTV gốc chlor và carbamate.
Vùng ven biển là hệ sinh thái nhạy cảm nhất của hành tinh và tương lai của nghề nuơi thuỷ sản ven biển, đặc biệt là nuơi tơm, nằm trong phạm vi lành mạnh của hệ thống
sinh thái này. Cách đây nhiều năm người ta đã thấy rằng việc nuơi tơm thâm canh thiếu khoa học thì khơng bền vững. Ðã xảy ra việc tơm chết hàng loạt do bệnh nguyên tấn cơng, đĩ là ảnh hưởng của điều kiện sinh thái xấu gây ra. Cho nên việc giữ gìn chất lượng nước được tốt, bằng cách giảm chất thải đến mức tối thiểu là rất quan trọng. Việc khống chế chất thải khơng phải là quá trình chỉ cĩ một bước mà cần một sự tiếp cận khoa học tích hợp. Mặc dù hệ thống nuơi tuần hồn khép kín đã đạt được kết quả khả quan nhưng vẫn cịn non nớt ở trình độ của các chủ trang trại.
Thực trạng chất lượng mơi trường nước vùng quy hoạch NTS ở tỉnh Bến Tre (3 huyện Bình Đại, Ba Tri và Thạnh Phú) nhìn chung là thích hợp cho NTTS, mặc dù đã cĩ dấu hiệu ơ nhiễm hữu cơ và coliform. Trong đĩ, huyện Ba Tri cĩ thể được xem là bị ơ nhiễm hơn cả với lượng NH3, NO2 vượt ngưỡng cho phép lần lượt gấp 22 đến 80 lần. Ngược lại, nước thải trong NTTS cũng cĩ nhiều ảnh hưởng đến chất lượng mơi trường nước trong khu vực, nghiêm trọng nhất là vấn đề xâm nhập mặn và ơ nhiễm nguồn nước ngầm. Vì vậy, vấn đề quan tâm lớn nhất là phải thực thi một cách cấp bách các biện pháp quản lí cũng như kỹ thuật để giảm thiểu tác hại của hoạt động NTTS.
NTTS, đặc biệt là nuơi tơm sú, mang lại hiệu quả kinh tế lớn song rủi ro cũng rất cao. Nghiên cứu một mơ hình nuơi tơm cĩ hiệu quả cần phải được quan tâm đúng mức. Những vùng đang nuơi theo quy hoạch cần chuẩn bị đầy đủ cơ sở vất chất cần thiết, đồng bộ như xây dựng đồng ruộng, kênh mương, cống bọng, trang thiết bị, con giống, thức ăn, chế biến,… mới cĩ khả năng đảm bảo một vụ thu hoạch chắc ăn với hiệu quả kinh tế cao. Điều quan trọng nhất, chừng nào con người cịn tự ý lấy nước ngầm, nước mặt để NTTS, thì chừng đĩ, NTTS ven biển vẫn chưa thực sự bền vững.
Quan tâm xây dựng và nâng cấp hệ thống thủy lợi khu vực nội đồng phục vụ NTTS đáp ứng nhu cầu về lưu lượng nước, tiến tới hình thành hệ thống kênh cấp, thốt riêng biệt cho vùng nuơi.
- Ban hành tiêu chuẩn nước thải nuơi thủy sản.
- Ban hành quy chế quản lý nước thải ở các khu vực nuơi thủy sản tập trung.
- Cần cĩ chương trình hỗ trợ nơng dân vay vốn để nâng cấp và tu sửa ao nuơi giúp hạn chế dịch bệnh lây lan, đặc biệt là khu vực nuơi tơm QCCT và tơm lúa. Việc phát triển NTTS ven biển cần được cân nhắc chu đáo, khơng đơn thuần chỉ mở rộng diện tích và tăng sản lượng nuơi. Cần hướng tới nhiều biện pháp đồng bộ, như giảm thiểu các tác động mơi trường, sản xuất theo quy trình sạch và giữ vững thị trường trong nước và quốc tế. Chính phủ và chính quyền các cấp, cùng với sự ủng hộ của cộng đồng các tổ chức tài trợ, đã cĩ rất nhiều nỗ lực để từng bước tháo gỡ khĩ khăn. Do đĩ, các cán bộ lãnh đạo cần cĩ chính sách định hướng phát triển NTTS ven biển trong một thời gian dài, đi trước và đĩn đầu các xu hướng phát triển, ngăn chặn kịp thời các rủi ro và tác động xấu.