Trong các phương án quy hoạch, việc phát triển năng lực các hoạt động thủy sản đã chú ý và hạn chế xả thải các chất thải trực tiếp ra mơi trường.
Trong quy hoạch phát triển NTTS, vấn đề tác động của mơi trường lên nghề nuơi thủy sản, cũng như ảnh hưởng của nghề nuơi thủy sản lên mơi trường xung quanh là điều bắt buộc cần phải xem xét, đánh giá để sản xuất đảm bảo tính ổn định, bền vững. Việc bảo vệ mơi trường là một trong những hoạt động được ưu tiên hàng đầu.
- Xây dựng hệ thống kênh mương để đáp ứng đầy đủ nhu cầu cấp nước cho quá trình sản xuất. Hệ thống các kênh cấp 3 phải được thiết kế cấp thốt riêng biệt. Các vùng nuơi tập trung, các trại sản xuất giống đều phải cĩ hệ thống ao, bể lắng lọc trước khi đưa vào sản xuất và hệ thống xử lý nước thải trước khi xả nước ra mơi trường ngồi. Áp dụng các qui trình nuơi sạch để giảm các loại thuốc và hĩa chất dùng trong quá trình sản xuất.
- Thường xuyên theo dõi mơi trường nước trong ao nuơi. Giảm diện tích sử dụng thức ăn tự tạo, khuyến khích sử dụng thức ăn cơng nghiệp sẽ hạn chế được ơ nhiễm mơi trường. Xây dựng các Trạm quan trắc ở đầu nguồn nước để cảnh báo dịch bệnh và mơi trường, giúp giảm các nguy cơ và rủi ro trong sản xuất.
- Tăng cường cơng tác kiểm dịch con giống trước khi đưa từ tỉnh ngồi vào và đưa xuống ao nuơi thương phẩm; kiểm định các loại thức ăn, thuốc, hĩa chất ở các cơ sở kinh doanh thức ăn và vật tư thủy sản.
- Cĩ các biện pháp mạnh để xử lý các hộ dân trong vùng quy hoạch khơng tuân theo các quy định và hướng dẫn của các cán bộ chuyên mơn và các ban ngành cĩ chức năng. Các dự án thủy sản đều phải được đánh giá tác động mơi trường của các cơ quan chuyên ngành, để đảm bảo tính khoa học, khách quan. Cần tiếp tục nghiên cứu, chuyển giao và áp dụng thử nghiệm các biện pháp xử lý chất thải trong ao nuơi thủy sản của các nước cĩ nghề NTTS tiên tiến trên thế giới (Na uy, Thái Lan, …).
- Cần phải cĩ sự phối hợp đồng bộ của các ngành Nơng-Lâm và Ngư nghiệp. Hạn chế sử dụng thuốc trừ sâu, hĩa chất trong hoạt động sản xuất nơng nghiệp.
- Củng cố Ban chỉ đạo vụ nuơi thủy sản các cấp ngay từ đầu vụ nuơi, phân cơng từng thành viên phụ trách theo dõi tình hình dịch bệnh, mơi trường nuơi, tình hình phát triển từng đối tượng nuơi, kiên quyết xử lý các trường hợp vi phạm các quy định của nhà nước trong lĩnh vực thủy sản. Tiếp tục hỗ trợ kinh phí tiêu hủy dịch bệnh và phí tái kiểm bệnh do virus gây ra trên tơm sú và tơm chân trắng cho người nuơi. Phối hợp với các huyện tiếp tục thành lập mới và nâng cao hiệu quả họat động của các Ban quản lý vùng nuơi thơng qua việc cử thành viên Ban chỉ đạo vụ nuơi tổ chức họp giao ban định kỳ với các Ban quản lý vùng nuơi, tiếp tục hỡ trợ kinh phí hoạt đợng cho các ban quản lý vùng nuơi.
- Quản lý tốt lịch thời vụ: Theo dõi chặt chẽ tình hình nuơi, tình hình diễn biến mơi trường, dịch bệnh để có văn bản chỉ đạo lịch thời vụ phù hợp cho từng đối tượng nuơi, phối hợp với địa phương thực hiện tớt cơng tác tuyên truyền để người nuơi thực hiện tớt.
- Phối hợp với các hợp tác xã nghêu thường xuyên khảo sát mơi trường vùng nuơi, theo dõi tình hình phát triển của nghêu, xây dựng và tập huấn quan trắc mơi trường cho các hợp tác xã, khuyến cáo các giải pháp tránh tình trạng nghêu chết hàng loạt vào thời điểm nắng nóng, đợ mặn tăng.
- Phối hợp với Đài phát thanh và Truyền hình Bến Tre; Báo Đồng khởi tuyên truyền phổ biến các quy định của pháp luật về NTTS, các chuyên đề phòng chớng dịch
bệnh cho thủy sản nuơi, về lịch thời vụ, các chuyên đề kỹ thuật nuơi và các vấn đề có liên quan đến phát triển NTS bền vững để người dân áp dụng vào sản xuất.