Công tác kế toán lưu chuyển hàng hóa ở Công ty được tiến hành dựa trên đặc điểm thực tế ở Công ty và vận dụng sáng tạo chế độ kế toán hiện hành.
Hình thức sổ kế toán Nhật ký- chứng từ sử dụng tại Công ty là hoàn toàn phù hợp với một doanh nghiệp thương mại có tình hình nhập xuất, lưu chuyển hàng hoá lớn như với điều kiện hiện nay của Công ty.
Hiện nay thuốc là mặt hàng nhạy cảm trên thị trường. Lợi dụng việc người dân không nắm được giá cả của mặt hàng này một số Công ty, cửa hàng đã tự động tăng giá thuốc lên gấp 2, 3 lần so với quy định, song với phương châm luôn đảm bảo uy tín của mình Công ty đã đang và sẽ luôn tuân thủ các quy định của Nhà nước trong việc thực hiện giá bán thuốc hợp lý.
toán ở Công ty không sử dụng TK532- Giảm giá hàng bán, điều này là không phù hợp với lý thuyết. Song trên thực tế em thấy, mặc dù chiết khấu thương mại, giảm giá hàng bán là 2 hình thức khác nhau, tài khoản sử dụng khác nhau nhưng lại tương tự nhau về phương pháp hạch toán nên việc Công ty thoả thuận với khách hàng như vậy là có thể chấp nhận được, giúp làm gọn công tác kế toán các khoản giảm trừ doanh thu.
Một ưu điểm nữa là Công ty đã rất linh hoạt khi hạch toán công nợ. Khi phát sinh quan hệ mua bán với nhà cung cấp, khách hàng dù là thanh toán ngay hay trả chậm kế toán đều phản ánh qua TK331, TK131. Điều này sẽ tạo điều kiện thuận lợi cho việc theo dõi các nghiệp vụ chiết khấu thương mại, giảm giá hàng, đồng thời giúp cho việc ghi sổ hàng mua, ghi sổ doanh thu được nhanh hơn, gọn hơn.
Tại Công ty, kế toán tính giá xuất hàng tồn kho theo phương pháp FIFO nhưng không lập sổ chi tiết giá vốn mà để chương trình máy tính tự động cập nhật nên không theo dõi được chi tiết giá vốn hàng bán. Vì vậy trong chương trình kế toán máy của Công ty nên có thêm chức năng gọi sổ chi tiết giá vốn của hàng hoá.
Việc kế toán của Công ty áp dụng tính giá xuất hàng tồn kho theo phương pháp Nhập trước- xuất trước sẽ giúp Công ty có được giá trị hàng tồn kho cuối kỳ gần sát nhất với giá thị trường nhưng phần giá trị hàng xuất trong kỳ hình thành nên chi phí kinh doanh của doanh nghiệp lại không phản ánh kịp thời giá cả thị trường. Phương pháp này cũng thích hợp đặc biệt trong trường hợp giá cả biến động. Tại Công ty tần suất nhập xuất hàng hoá lớn, chủng loại hàng hoá nhiều nên tính giá vốn hàng xuất bán theo phương pháp này là phức tạp hơn.