Khó khăn lớn nhất là cơ sở vật chất đi thuê, chủ yếu là cải tạo nhà thuê được, chuyển từ công năng nhà ở sang làm cơ sở nuôi dạy trẻ, vừa không có
tính ổn định vừa không đạt những tiêu chí về điều kiện cơ sở vật chất theo tiêu chuẩn ngay từ đầu. Các hạng mục phục vụ cho chăm sóc trẻ như nhà vệ sinh trẻ em, hệ thống thông khí, chiếu sáng đều phải cải tạo lại cho phù hợp với trẻ em, còn nhiều thiếu thốn và tiềm ẩn nguy cơ rủi ro, mất an toàn.Để đảm bảo chất lượng dịch vụ chăm sóc nuôi dạy trẻ, các cơ sở GDMN ngoài công lập phải đầu tư, cải tạo cơ sở vật chất rất nhiều để đạt các tiêu chí an toàn, thích hợp.
Khó khăn thứ hai là đội ngũ giáo viên nhân viên còn non nớt cả về tuổi đời và tuổi nghề. Do tình hình chung của ngành GDMN là cung thấp hơn cầu. Số lượng trẻ có nhu cầu ra lớp lớn hơn khả năng đáp ứng của hệ thống cơ sở giáo dục mầm non. Bên cạnh đó thì năng lực đào tạo chính quy của các cơ sở đào tạo Trung cấp, Cao đẳng, Đại học GDMN chưa đáp ứng đủ nguồn GVMN, nhất là ở khu vực các thành phố lớn. Sự phát triển ồ ạt các cơ sở GDMN ngoài công lập trong những năm gần đây ở các quận nội thành Hà Nội khiến lượng giáo viên khan hiếm, các hệ đào tạo cấp tốc, từ xa, không chính quy được mở ra để giảm bớt sự thiếu hụt GVMN nhưng thực tế cho thấy mới chỉ đáp ứng được phần nào về số lượng chứ chưa thực sự đáp ứng nhu cầu về chất lượng đào tạo. GVMN từ các hệ không chính quy khi vào làm tại các cơ sở GDMN ngoài công lập đã bộc lộ những non yếu về kiến thức, kĩ năng chuyên môn nghiệp vụ. Bên cạnh đó, các giáo viên trẻ mới ra trường cũng đồng thời ở trong độ tuổi kết hôn và thai sản nên mức độ gắn bó ổn định với công việc không cao, nghỉ ngắt quãng nhiều, tình trạng chuyển công tác từ cơ sở này sang cơ sở khác diễn ra thường xuyên. Chính vì vậy, các quản lý của các cơ sở GDMN ngoài công lập gặp rất nhiều khó khăn trong quản lý nhân lực. Quản lý như thế nào để khắc phục những hạn chế to lớn đó về nhân lực là điều không hề đơn giản.
Khó khăn thứ ba là thiếu một cơ chế chính sách rõ ràng, thích hợp và có tính khích lệ, hỗ trợ trong quản lý của nhà nước đối với các cơ sở GDMN ngoài công lập. Mặc dù nhà trường luôn được sự quan tâm chỉ đạo sát sao của
lãnh đạo ngành về chuyên môn nghiệp vụ nhưng chưa nhận được sự chấp nhận và đồng thuận về những đặc thù khác biệt lớn giữa cơ sở GDMN ngoài công lập với cơ sở GDMN công lập về công tác quản lý.Chẳng hạn, một cơ sở GDMN không được chỉ xây dựng hệ thống hồ sơ quản lý riêng, mà nếu muốn thì hãy cứ tự làm, còn hệ thống hồ sơ quản lý bắt buộc theo khuôn mẫu giống như các cơ sở GDMN trong hệ thống công lập thì vẫn phải làm đầy đủ.
Khó khăn thứ tư là nguồn vốn do cá nhân đầu tư, hoàn toàn tự thu - chi và không nhận được hỗ trợ về vốn từ nhà nước. Điều này cũng ảnh hưởng trực tiếp đến việc đầu tư cơ sở vật chất, đầu tư tài chính cho nhân lực, càng khó có thể đầu tư cho nghiên cứu khoa học.“Cái khó bó cái khôn” là một thực tế khó khăn của các trường tư thục nói chung và trường MNTT “Mẹ Yêu Con” nói riêng.