Trong giai đoạn này, để xác định tổng quỹ lương của đơn vị có được tính toán chính xác không, KTV tiến hành xây dựng mô hình ước tính dựa trên các tài liệu thu thập được về tiền lương và nhân viên của đơn vị, sau đó tính toán lại quỹ tiền lương theo mô hình của mình, so sánh số do KTV tự tính về tổng quỹ lương với số liệu trên sổ sách hạch toán của đơn vị. Nếu phát hiện chênh lệch lớn, KTV sẽ tiến hành tìm hiểu nguyên nhân, chủ yêu thực hiện qua việc phỏng vấn kế toán.
Việc xây dựng mô hình ước tính đối với tổng quỹ lương phụ thuộc vào từng khách hàng cụ thể. Đối với mỗi khách hàng có quy chế tiền lương và cách tính lương cho nhân viên khác nhau nên KTV phải áp dụng mô hình ước tính sao cho phù hợp. Một số mô hình ước tính thường được KTV sử dụng như sau:
TL = DT x s (thường áp dụng đối với đơn vị hoặc phòng ban được giao đơn giá tiền lương theo doanh thu). Trong đó, s là đơn giá tiền lương theo doanh thu (đồng/ 1000 đồng doanh thu).
TL = SP x s (áp dụng cho đơn vị hoặc phòng ban được giao đơn giá tiền lương theo sản phẩm hoàn thành). Trong đó, s là đơn giá tiền lương đơn vị sản phẩm (đồng/ sản phẩm). Thông thường, mô hình tính toán lương theo số lượng sản phẩm sẽ được tính phức tạp hơn do khách hàng được kiểm toán có thể thực hiện đa dạng sản phẩm với đơn gí tiền lương khách nhau.
TL = x (Áp dụng cho đơn vị tính lương theo hệ số). Trong đó, là tiền lương tối thiểu mà nhà nước quy định đối với công nhân viên thuộc ngành nghề kinh doanh của khách hàng, là tổng hệ số lương nhân viên trong đơn vị. Khi sử dụng mô hình này, KTV thưởng bỏ qua thủ tục chấm công tại đơn vị. Do đó, mô hình này sẽ có chênh lệch so với số hạch toán tại đơn vị. Áp dụng mô hình này, KTV cần đi kèm thủ tục kiểm tra chi tiết quy chế chấm công và việc kiểm soát chấm công tại đơn vị được thực hiện như thế nào.
Bên cạnh thủ tục ước tính tổng quỹ lương, KTV tại AASC thường thực hiện thủ tục phân tích biến động tiền lương theo tháng. Công việc này thực tế mang lại nhiều hiệu
quả, giúp KTV xác định những tháng mà tiền lương phát sinh với biến động bất thường, phát sinh quá lớn hoặc quá thấp để tập trung tìm hiểu nguyên nhân. Ngoài ra, một số thủ tục phân tích khác cũng có thể được áp dụng như việc đối chiếu số dư trên Bảng cân đối kế toán với số dư trên sổ tổng hợp, sổ chi tiết và các quyết toán với cơ quan thuế hay so sánh số dư của các tài khoản giữa kỳ này với kỳ trước, giải thích biến động bất thường.
Thực tế phát sinh trường hợp, một số đơn vị là chi nhánh hoặc cơ sở của công khách hàng nên không có quy chế chấm công hay theo các dõi bảng lương, hàng tháng công ty gửi bảng thanh toán lương xuống và chi nhanh thực hiện chi trả lương cho nhân viên. Trong trường hợp này, việc sử dụng thủ tục phân tích không mang nhiều ý nghĩa.