Cơ sở dữ liệu người nộp thuế do chi cục thuế quản lý phân tán theo mô hình cấp chi cục. Đến tháng 9 năm 2013 đã nâng cấp quản lý theo mô hình tập trung cấp cục và đến nay cơ bản đã đươc tập trung tại cấp Tổng cục thuế. Tuy nhiên truy cập khai thác sử dụng thông tin về hệ thông Quản lý thuế có lực còn chậm do nghẽn mạng, việc khai thác sử dụng, chia sẻ dữ liệu phục vụ công tác quản lý thuế vẫn còn hạn chế.
Một trong những điều kiện quan trọng để thực hiện cơ chế tự khai, tự nộp là cơ quan thuế phải có hệ thống cơ sở dữ liệu thông tin về người nộp thuế đủ mạnh để thẩm tra, xác minh, đánh giá khả năng rủi ro, tìm ra các vùng trọng điểm cần quản lí. Trong các thông tin về người nộp thuế do những chủ thể khác nhau cung cấp có thông tin mang tính đặc thù hoặc có liên quan đến bí mật nghề nghiệp, bí mật kinh doanh, bí mật đời tư. Thông thường những thông tin có tính bí mật dường như người nộp thuế vẫn còn dè dặt cung cấp khi cơ quan thuế yêu cầu. Phần vì sợ lộ bí mật nghề nghiệp, phần vì chưa thấy đảm bảo chắc chắn những thông tin đó không bị lạm dụng, bóp
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Kinh tế Page 64 méo có ảnh hưởng đến triển vọng phát triển của mình trong tương lai và thậm chí còn ảnh hưởng đến cả những vấn đề nhạy cảm trong quá khứ. Từ thực tế tâm lí đó, người nộp thuế tìm mọi cách để giữ các thông tin, còn cơ quan quản lí thuế tìm mọi cách khai thác các thông tin kể cả từ nguồn không chính thức. Trong tình trạng đó, độ tin cậy của các thông tin mà cơ quan thuế có được ở mức nào? Nếu thông tin cơ quan thuế thu thập được mà thiếu chính xác hoặc không đầy đủ sẽ gây ảnh hưởng không nhỏ tới hoạt động kinh doanh của người nộp thuế. Sự thiếu chính xác của nguồn dữ liệu thông tin có thể dẫn đến tình trạng có doanh nghiệp thì liên tục bị cơ quan thuế săm soi làm phiền bởi các cuộc thanh tra, kiểm tra trong khi đó doanh nghiệp cần được kiểm tra, thanh tra thì vẫn có thể đứng ngoài cuộc. Vì vậy, vấn đề pháp lí đặt ra đối với việc bảo mật thông tin của người nộp thuế cần phải được làm rõ và được quy định cụ thể, chi tiết.