“Nghiên cứu tính đa dạng sinh học của nhóm nấm Hyphomycetes phân lập từ lá cây mục (litter fungi) ở một số rừng Quốc gia Việt Nam : Luận văn TS. Vi sinh vật học: 60 42 40 01

LUẬN ÁN TIẾN SĨ ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - Lê Thị Hồng Yến LÊ THỊ HỒNG YẾN NGHIÊN CỨU TÍNH ĐA DẠNG SINH HỌC CỦA NHÓM NẤM HYPHOMYCETES PHÂN LẬP TỪ LÁ CÂY MỤC (LITTER FUNGI) Ở MỘT SỐ RỪNG QUỐC GIA VIỆT NAM LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC 2014 Hà Nội- 2014 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - LÊ THỊ HỒNG YẾN NGHIÊN CỨU TÍNH ĐA DẠNG SINH HỌC CỦA NHÓM NẤM HYPHOMYCETES PHÂN LẬP TỪ LÁ CÂY MỤC (LITTER FUNGI) Ở MỘT SỐ RỪNG QUỐC GIA VIỆT NAM Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 62 42 40 01 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS Dương Văn Hợp GS.TS Katsuhiko Ando Hà Nội - 2014 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình tơi thực số kết cộng tác với đồng nghiệp khác Các số liệu, kết nêu luận án trung thực, phần công bố tạp chí khoa học chuyên ngành với đồng ý cho phép đồng tác giả Phần nội dung cịn lại chưa cơng cơng bố cơng trình khác Hà Nội, ngày tháng năm 2014 Tác giả Lê Thị Hoàng Yến LỜI CẢM ƠN Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới PGS TS Dương Văn Hợp, Viện Vi sinh vật Công nghệ Sinh học- người Thầy định hướng nghiên cứu, tận tình hướng dẫn giúp tơi tháo gỡ khó khăn suốt q trình làm luận án Tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến GS.TS Katsuhiko Ando- Viện NITE Nhật Bản- người Thầy tận tình hướng dẫn, truyền lại cho phương pháp nghiên cứu đa vi nấm Việt Nam niềm say mê nghiên cứu Khoa học Nấm Trong suốt trình thực đề tài nghiên cứu, tơi nhận giúp đỡ tận tình chuyên môn nhà Khoa học Nấm chuyên gia enzyme vi sinh vật công tác Viện Công nghệ Thẩm Định Quốc gia Đại học Kyushu- Nhật Bản Bên cạnh đó, tơi nhận động viên, góp ý khoa học bạn đồng nghiệp Viện Vi sinh vật Công nghệ Sinh học- Đại học Quốc gia Hà Nội Bằng tình cảm trân trọng nhất, tơi xin trân trọng cảm ơn giúp đỡ quý báu Nhân dịp này, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới Thầy Cô giáo Bộ môn Vi sinh vật Khoa Sinh học- Trường Đại học Khoa học Tự nhiên đào tạo, giảng dạy cho kiến thức Sinh học vi sinh vật học Tôi xin chân thành gửi lời cám ơn đặc biệt đến GS.TS Nguyễn Lân Dũng, người Thầy đặt móng cho nghiệp nghiên cứu nấm học Tôi xin chân thành cảm ơn GS TS Phạm Văn Ty nhiệt tình đóng góp ý kiến khoa học cho luận án tơi hồn chỉnh Tơi xin chân thành cảm ơn Ban Giám đốc Viện tập thể cán Viện Vi sinh vật Và Công nghệ Sinh học- Đại học Quốc gia Hà Nội Ban Giám đốc Viện Công nghệ Thẩm Định NITE- Nhật Bản; Phòng Sau Đại học; Ban Giám hiệu- trường Đại Học Khoa học Tự Nhiên giúp đỡ, tạo điều kiện thuận lợi cho tơi học tập tham gia nghiên cứu để hồn thành luận án Tôi xin gửi lời cám ơn từ trái tim tới gia đình, người thân bạn bè ln bên cạnh, u thương, khích lệ ủng hộ suốt thời gian qua Hà Nội, ngày tháng năm 2014 Tác giả Lê Thị Hoàng Yến MỤC LỤC Lời cam đoan Lời cảm ơn Mục lục Danh mục ký hiệu chữ viết tắt Danh mục bảng Danh mục hình vẽ MỞ ĐẦU 11 Chương1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 14 1.1 Đại cương nấm 14 1.1.1 Nấm đặc điểm chung nấm 14 1.1.2 Các nghiên cứu tiến hóa nấm 15 1.1.3 Hệ thống phân loại nấm 16 1.1.4 Phân loại học nấm bất toàn (Mitosporic fungi hay microsporidia fungi) 17 1.1.5 Nhóm nấm Hyphomycetes 18 1.2 Các tiêu chí sử dụng phân loại Hyphomycetes đặc điểm hình thái 19 1.2.1 Các đặc điểm khuẩn lạc 19 1.2.2 Các đặc điểm sợi nấm vách ngăn sợi nấm 20 1.2.3 Hình thái quan sinh bào tử vi nấm Hyphomycetes 21 1.2.4 Các kiểu phát sinh bào tử trần nấm 22 1.2.4.1 Phát sinh bào tử dạng nảy chồi hướng gốc (Basipeptal): 22 1.2.4.2 Nảy chồi chuỗi hướng (Acropetal) 23 1.2.4.3 Phát sinh bào tử dạng tản (Thallic) 24 1.2.5 Các phương thức bào tử rời khỏi cuống: 24 1.3 Các tiêu chí sử dụng phân loại Hyphomycetes phân tích trình tự gen ADN riboxom 25 1.3.1 Cấu trúc ADN riboxom nấm vai trò chúng phân loại sinh học phân tử 25 1.3.1.1 Cấu trúc ADN riboxom nấm 25 1.3.1.2 Vai trò đoạn ADNr phân loại nấm sợi 26 1.3.2 Vùng ADN mã hóa phân loại nấm(ADN barcoding fungi) 27 1.3.3 Phân tích phát sinh chủng loại 28 1.3.4 Một số phương pháp khác dùng phân loại nấm dựa vào phântích sinh học phân tử 29 1.3.5 Nghiên cứu phân loại giới nấm dựa phân tích chủng loại phát sinh 30 1.3.6 Nghiên cứu phân loại nhóm nấm Hyphomycetes dựa phân tích chủng loại phát sinh 32 1.4 Các bước tiến hành phân loại vi nấm 34 1.4.1 Phân loại hình thái kết hợp với phân tích trình tự gen ADN riboxom 34 1.4.2 Phân loại bậc phân loại nấm 34 1.4.3 Các nguyên lý xác định danh pháp nấm (nomenclature) 35 1.5 Nấm tồn xác thực vật phương pháp phân lập chúng 36 1.5.1 Các dạng sinh thái nấm 36 1.5.2 Nấm tồn xác thực vật 37 1.5.3 Các phương pháp phân lập nấm tồn xác thực vật 38 1.5.4 Một số kết nghiên cứu đa dạng vi nấm tồn xác thực vật số nước giới 39 1.5.4.1 Ở Trung Quốc 39 1.5.4.2 Ở Ấn Độ 40 1.5.4.3 Ở Thái Lan 40 1.5.4.4 Ở Nhật Bản 41 1.5.4.5 Ở số Quốc gia khác 41 1.5.5 Nghiên cứu đa dạng nấm Việt Nam 43 1.6 Một số loài nấm hyphomycetes có khả sinh enzyme phân hủy xác thực vật 43 Chương NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 46 2.1 Nguyên liệu 46 2.1.1 Mẫu phân lập 46 2.1.2 Hóa chất thiết bị 49 2.1.2.1 Hóa chất 49 2.1.2.2 Thiết bị 50 2.1.3 Môi trường 51 2.1.3.1 Môi trường phân lập, phân loại giữ giống 51 2.1.3.2 Mơi trường dùng cho ni cấy thử hoạt tính enzyme nấm 51 2.2 Phương pháp 51 2.2.1 Phương pháp phân lập nấm 51 2.2.1.1 Phân lập phương pháp rửa bề mặt 51 1.2.1.2 Phân lập phương pháp tách bào tử đơn độc 53 2.2.2 Phương pháp nuôi cấy bảo quản nấm sợi 56 2.2.3 Phân loại nấm sợi quan sát hình thái 56 2.2.3.1 Quan sát khuẩn lạc cấu trúc sinh bào tử kính hiển vi thường 56 2.2.3.2 Quan sát hình thái quan sinh bào tử nấm kính hiển vi điện tử quét 57 2.2.3.3 Quan sát số lượng nhân tế bào bào tử nấm kính hiển vi huỳnh quang 58 2.2.4 Phân tích trình tự ADNr 18S 28S đoạn D1D2 nấm 58 2.2.5 Phương pháp nghiên cứu đa dạng sinh học vi nấm 61 2.2.5.1 Tần suất xuất (Frequency) 61 2.2.5.2 Chỉ số đa dạng sinh học loài H' (Shannon and Weiner's Index) 61 2.2.5.3 Chỉ số mức độ chiếm ưu hay gọi số Simpson (Concentration of Dominance- Cd) 62 2.2.5.4 Chỉ số tương đồng (Index of similarity hay Sorensen’s Index- SI) 62 2.2.6 Sàng lọc enzyme phân giải CMC xylan 62 2.2.7 Sàng lọc enzyme phân hủy lignin 63 Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 64 3.1 Sự đa dạng vi nấm số lượng chủng nấm 64 3.2 Kết đa dạng vi nấm hyphomycetes phân lập vùng sinh thái khác việt nam 65 3.2.1 Sự đa dạng vi nấm phân lập Rừng Quốc gia Ba Bể 66 3.2.2 Sự đa dạng vi nấm phân lập rừng Quốc gia Bạch Mã 68 3.2.3 Sự đa dạng vi nấm phân lập Mã Đà 71 3.2.4 Sự đa dạng vi nấm Hyphomycetes phân lập rừng Quốc gia Phú Quốc 73 3.2.5 Thảo luận 75 3.2.5.1 Sự đa dạng vi nấm dựa vào số mẫu số lượng mẫu 75 3.2.5.2 Phát đa dạng vi nấm dựa vào phương pháp phân lập 76 3.2.5.3 Sự đa dạng thành phần loài vi nấm Hyphomycetes dựa vào số sinh học 77 3.2.5.4 Sự đa dạng sinh học vi nấm mức độ Lớp, Bộ, Họ 79 3.2.5.5 Sự đa dạng sinh học vi nấm mức độ Chi, Loài 81 3.2.5.6 Sự đa dạng mức độ tương đồng khu vực nghiên cứu 83 3.2.6 Mơ tả hình thái số lồi nấm Việt Nam 84 3.2.6.1 Polybatispora quinquecornuta Matsush (1996) 84 3.2.6.2 Isthmolongispora genculata Tubaki de Hoog & Hennebert (1983) 85 3.2.7.3 Isthmolongispora ampulisformis Tubaki de Hoog & Hennebert (1983) 85 3.2.6.4 Isthmolongispora minima Tubaki de Hoog & Hennebert (1983) 85 3.2.6.5 Ceratosporella ponapensis Matsush (1981) 86 3.2.6.6 Radiatispora yunaensis Matsush (1996) 86 3.2.6.7 Lateriramulispora ainflata Matsush (1975) 86 3.2.6.8 Scolecobasidium tricladiatum Matsush (1971) 87 3.2.6.9 Triglyphium alabamense Matsush (1981) 87 3.2.6.10 Varicosporium elodeae W Kegel (1906) 87 3.2.6.11 Triramulispora obclavata Matsush (1975) 88 3.2.6.12 Tripospermum myrti (Lind) S Hughes 1951) 88 3.2.6.13 Tricladiella pulvialis K Ando & Tubaki (1984) 89 3.3 Phát số chi, loài nấm 89 3.3.1 Hai chi nấm 90 3.3.1.1 Acerosispora L.T.H Yen et K Ando gen et sp nov 90 3.3.1.2 Hamatispora L.T.H Yen et K Ando gen nov 97 3.3.2 Năm loài nấm 100 3.3.2.1 Condylospora vietnamensis L.T.H Yen et K Ando sp nov (VN05F0030) 100 3.3.2.2 Trisulcosporium phuquocense sp nov (VN11-F0028) Trisulcosporium exiguum sp nov (VN11-F0029) 103 3.3.2.3 Polylobatispora ambigua sp nov 106 3.3.2.4 Isthmolongispora phuquocensis sp nov (VN11-F0048) 109 3.4 Nghiên cứu đa dạng chủng nấm sinh enzyme phân hủy lignocellulose 113 KẾT LUẬN 116 KIẾN NGHỊ 117 TÀI LIỆU THAM KHẢO 120 PHỤ LỤC 138 DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT CMC Cacboxymethyl cellulose ADN Axit deoxyribonucleic DNS Axit 3,5 dinitrosalicylic dNTP 2'-deoxyribonucleocide-5'triphosphate EDTA Axit Ethylene diamine tetra acetic nuc SSU rDNA (nuclear small ADN ribosome tiểu đơn vị nhỏ subunit ribosomal DNA) ADN ribosome tiểu đơn vị lớn nucLSU rDNA (nuclear large subunit ribosomal DNA) mitSSU rDNA ADN ribosome tiểu đơn vị nhỏ MnP Enzyme magan peroxidase LiP Enzyme lignin peroxidase RQG Rừng Quốc gia PCR (Polymerase Chain Reaction) Chuỗi phản ứng trùng hợp ARN Axit ribonucleic SGZ Sigingaldazine gen nov Chi sp nov Loài sp Loài spp Nhiều loài TSXH Tần suất xuất DANHMỤC CÁC BẢNG Bảng 1.1 Hệ thống phân loại nấm 17 Bảng 1.2 Một số enzyme nấm sinh 44 Bảng 2.1 Đặc điểm địa lý vị trí lấy mẫu 47 Bảng 2.2 Danh sách mẫu rụng thu thập từ rừng Quốc gia: Ba Bể, Bạch Mã, Mã Đà Phú Quốc- Việt Nam 48 Bảng 2.2 (tiếp) Danh sách mẫu rụng thu thập từ rừng Quốc gia: Ba Bể, Bạch Mã, Mã Đà Phú Quốc- Việt Nam 49 Bảng 3.1 Số lượng nấm phân lập từ mẫu rụng thu thập từ RQG Việt Nam 64 Bảng 3.2 Tổng kết kết nghiên cứu đa dạng vi nấm Việt Nam 65 Bảng 3.3 Sự đa dạng vi nấm Hyphomycetes phân lập Rừng Quốc gia Ba Bể 67 Bảng 3.4 Đa dạng sinh học vi nấm Hyphomycetes rừng Quốc gia Bạch Mã 69 Bảng 3.5 Sự đa dạng sinh học vi nấm rừng Quốc gia Mã Đà 72 Bảng 3.6 Sự đa dạng sinh học vi nấm rừng Quốc gia Phú Quốc 73 Bảng 3.7 Các chi nấm chiếm ưu RQG nghiên cứu 78 Bảng 3.8 Sự đa dạng sinh học vi nấm mức độ Lớp, Bộ, Họ 80 Bảng 3.9 Số lượng tỉ lệ phần trăm chi, loài nấm phân lập RQG Việt Nam 81 Bảng 3.10 Mối tương quan khu vực nghiên cứu 83 Bảng 3.11 Danh sách chủng nấm chi, loài 90 Bảng 3.12 Kết phân tích trình tự ADNr 28S đoạn D1D2 chủng VN11F0004 dựa vào phần mềm Blastsearch 92 Bảng 3.13 So sánh hình thái bào tử lồi chi Condylospora 101 Bảng 3.14 So sánh hình thái bào tử loài chi Trisulcosporium sp 104 Bảng 3.15 So sánh hình thái bào tử lồi chi Isthmolongispora sp 110 Bảng 3.16 Khả sinh enzyme phân hủy lignocellulose chủng nấm nghiên cứu 114 45 Phialophora Medlar 1915 Tài liệu tham khảo: Medlar, Mycologia 7(4): 202 (1915) Vị trí phân loại: Herpotrichiellaceae, Chaetothyriales, Chaetothyriomycetidae, Eurotiomycetes, Pezizomycotina, Ascomycot Ascomycot Lồi chuẩn: Phialophora verrucosa Medlar 1915 Tổng có 3lồi mơ tả Đặc điểm hình thái: Khuẩn lạcc phát tri triển tương đối môi trường nuôi cấy, y, màu tr trắng xám, tới màu hồng, màu vàng nhạt Sợi nấm m bơng xxốp, phần nhỏ mọc chìm thạạch Sợi nấm xốp, phần nhỏ mọcc chìm th thạch Cuống sinh bào tử thẳng, ng, đơi phân nhánh, phần cuối thường có màu tối, i, sáng ddần lên phần đỉnh Đỉnh cuống sinh bào tử ttế bào sinh bào tử, thót nhọn có tế bào cổ áo T Tế bào sinh bào tử tiếp tục sinh trưởng ng hình thành ttế bào sinh bào tử thứ cấp Bào tử sinh ttạo hình giọt tiết, chúng thường đơn giản, mộtt ttế bào, khơng màu có màu nâu nhạt VN11-F-0313 Phialophora Phialophora (Seifert, 2011) 46 Radiatispora Matsush 1995 Tài liệu tham khảo: Matsushima, T., 1995, Matsushima Mycological Memoirs 8: 32 Lồi chuẩn: Radiatispora yunnanensis Matsush 1995 Vị trí phân loại: [mitosporic fungi] fungi], Incertae sedis, Incertae sedis, Incertae sedis, Incertae sedis, Ascomycota, Fungi Có lồi mơ tả Đặc điểm hình thái (Matsushima, Matsushima, T., 1995, Matsushima Mycological Memoirs 8: 32) Khuẩn lạc phát triển chậm m mơi trư trường ni cấy, thường có màu trắng hoặcc không màu S Sợi nấm m không màu, có vách ngăn, thư thường mọc chìm thạch Rất xuất hiệnn bào ttử môi trường nuôi cấy 177 Radiatispora sp (VN05 VN05-F002) Cuống sinh bào tử xuất hiệnn thư thường đơn giản, khơng có Tế bào sinh bào tử dạng sợi, nảyy ch chồi nội sinh, sinh bào tử đỉnh Bào tử tế bào, có trụcc cong hình llưỡi liềm, mọc 4-6 nhánh nhỏỏ hình chùy, khơng màu, khơng có vách ngăn Radiatispora (Matsushima Matsushima 1995) 47 Ramichloridium Stahel ex de Hoog 1977 Tài liệu tham khảo: Hoog, G.S de; Hermanides HermanidesNijhof, E.J., 1977, Studies in Mycology 15: 59 Loài chuẩn: Ramichloridium apiculatum (J.H Mill., Giddens & A.A Foster) de Hoog 1977 Vị trí phân loại: [mitosporic fungi],, Mycosphaerellaceae, Capnodiales, Dothideomycetidae, Dothideomycetes, Ascomycota, Fungi Tổng có 34 lồi mơ tả Đặc điểm m hình thái (Hoog, G.S de; Hermanides HermanidesNijhof, E.J 1977, Stud Mycol 15: 59) Khuẩn lạc phát triển vừa phảii nhanh chóng, ddạng mịn bột, màu nâu hoặcc oliu, xanh cây, thường có sắc tố màu vàng hoặặc màu da cam tiết vào môi trường thạch ch S Sợi nấm dinh dưỡng mịn, mỏng, khơng màu Sợii nnấm khí sinh, có, tối Cuống sinh bào tử không phân nhánh ho phân nhánh, trông giống ng thân cây, bào ttử phát sinh hướng ngọn, vách mỏng, thỉnh nh tho thoảng khơng có vách ngăn, bao gồm m phân nhánh, ph phần đỉnh phình Các tế bào sinh bào tử nằm cuốống sinh bào tử, phần ngọn, trơng khác biệtt so vvới phần không sinh bào tử, không màu đếnn màu nh nhạt, màu nâu sẫm, hình trụ, với vết sẹoo hình rrăng dễ thấy Bào tử thường khơng màu, tế bào, - (4) bào, mịn ráp, hình trụ hoặcc ggần cầu 178 VN11-F0308 Ramichloridium Ramichlori sp3 Ramichloridium (Ellis 1971) 48 Scolecobasidium E.V Abbott 1927 Tài liệu tham khảo: Abbott, E.V., 1927, Mycologia 19: 30 Loài chuẩn: Scolecobasidium terreum E.V Abbott 1927 Vị trí phân loại: [mitosporic fungi], Incertae sedis, Incertae sedis, Incertae sedis, Incertae sedis, Ascomycota, Fungi Tổng có 48 lồi mơ tả Description (Ellis, M.B 1971, Dematiaceous Hyphomycetes: 224) Khuẩn lạc thường chậm phát triển, phát triển từ trung tâm, thường có màu xám, nâu, nâu oliu ô liu đen Sợi nấm bề mặt phần chìm, hình thành bào tử hậu số lồi Khơng có chất nền, khơng có lơng cứng Cuống sinh bào tử có kích thước lớn, đơn độc, thường ngắn, không phân nhánh, thẳng cong, nâu oliu, mịn màng Tế bào sinh bào tử nảy chồi nhiều điểm, tập trung chỗ, hình trụ, clavate, có vết sẹo hình cưa hình trụ dài, hẹp, giống sợi nối tế bào sinh bào tử bào tử Bào tử đơn độc, khô, đơn giản, hình elip, hình chữ nhật hình trụ trịn đầu, hình chữ T-hoặc hình chữ Y, có màu xanh nhạt đến màu nâu nâu oliu, mịn, ráp có gai, 0-3, septate Scolecobasidium sp (VN05-0046) Scolecobasidium (Seifert, 2011) 49 Scytalidium Pesante 1957 Tài liệu tham khảo: Pesante, Annali Sper agr., N.S 11(2, Suppl.): cclxiv (1957 Lồi chuẩn: Scytalidium lignicola Pesante 1957 Vị trí phân loại: Incertae sedis, Helotiales, Leotiomycetidae, Leotiomycetes, Pezizomycotina, Ascomycota Tổng có 29 lồi mơ tả Description (Ellis, M.B 1971, Dematiaceous Hyphomycetes: 224) Khuẩn lạc thường chậm phát triển, phát triển từ trung tâm, thường có màu xám, nâu, nâu oliu 179 VN11-F0377 Scytalidium sp ô liu đen Bào tử dạng chân đốt, màu nâu đen, kích thước, hình dạng khác loài Scytalidium (Seifert, 2011) 50 Septonema Corda 1837 Tài liệu tham khảo: Ponnappa, K.M., 1975, Transactions of the British Mycological Society 64(2): 344 Loài chuẩn: Septonema secedens Corda 1837 Vị trí phân lại: Incertae sedis, Incertae sedis, Incertae sedis, Dothideomycetes, Pezizomycotina, Ascomycota Tổng có 105 lồi mơ tả Đặc điểm hình thái: Khuẩn lạc lỏng lẻo, thường có màu nâu, nâu đen Sợi nấm nửa khí sinh, nửa dinh dưỡng, có vách ngăn, phân nhánh, thường có màu xám, nâu nhạt Cuống sinh bào tử tế bào sinh bào tử lớn, khơng tách biệt, đơn giản, có màu nâu, có nhiều vách ngăn Bào tử thường đơn giản, hình trụ, có nhiều vách ngăn ngang VN11-F066 Septonema sp Septonema (Seifert, 2011) 51 Simplicillium W Gams & Zare 2001 Tài liệu tham khảo: W Gams & Zare, Nova Hedwigia 73(1-2): 38 (2001 Loài chuẩn: Simplicillium lanosiniveum (J.F.H Beyma) Zare & W Gams 2001 Vị trí phân loại: Cordycipitaceae, Hypocreales, Hypocreomycetidae, Sordariomycetes, Pezizomycotina, Ascomycota Tổng có 10 lồi mơ tả Đặc điểm hình thái: Khuẩn lạc phát triển chậm, dạng nhung mượt, màu trắng, có chuyển sang vàng nhạt, phớt hồng Sợi nấm mỏng mảnh, có vách ngăn, mọc chìm nửa thạch 180 VN11-F-0330 Simplicillium chinense Cuống sinh bào tử tế bào sinh bào ttử dạng phialo, giống chi Penicillium Paecilomyces, ít, dạng mỏng ng m mảnh mọc đôi vị trí sợ ợi nấm Bào tử tế bào, đơn giản, n, khơng màu, hình elip, có hình trứng đến hình cầầu 52 Speiropsis Tubaki 1958 Tài liệu tham khảo: Tubaki, K., 1958, Journal of the Hattori Botanical Laboratory 20: 171 Loài chuẩn: Speiropsis pedatospora Tubaki 1958 Vị trí phân loại: [mitosporic fungi] fungi], Incertae sedis, Incertae sedis, Incertae sedis, Incertae sedis, Ascomycota, Fungi Tổng có lồi mơ tả Đặc điểm m hình thái (Ellis, M.B 1976, More dematiaceous Hyphomycetes:: 363) Khuẩn lạc lỏng lẻo, nâu hoặcc đen nâu, lông ho nhung Sợi nấm phầnn khí sinh, m phần chìm Chất khơng, khơng có ssợi cứng cụm bào tử Cuống sinh bào tử có kích thư thước lớn, đơn độc, ngắn, đỉnh nh phân nhánh có màu nh nhạt; cuống sinh bào tử thẳng hoặcc cong, gi màu nâu sẫm, vách mịn Tế bào sinh bào tử rời rạcc hay tích hhợp, hình thành đỉnh cuống sinh bào tử,, ddạng nảy chồi nhiều vị trí, hình clavat hoặcc hình tr trụ, hình elip, thường 2-3 tế bào/điểm Bào tử hình trụ hoặcc hình nêm, pha lê ho nâu, mịn, không vách ngăn, tếế bào gắn liền với theo chuỗi dài mấuu nnối isthmi hẹp kết nối tạo thành cấu trúc hợp ợp ch chất phân nhánh 181 VN11-F-0003 Speiropsis sp Speiropsis (Seifert, 2011) 53 Sporidesmium Link 1809 Tài liệu tham khảo: Link, Mag Gesell., naturf Freunde, Berlin 3(1-2): 41 (1809) Loài chuẩn: Sporidesmium atrum Link 1809 Vị trí phân loại: Incertae sedis, Pleosporales, Pleosporomycetidae, Dothideomycetes, Pezizomycotina, Ascomycota Tổng có 472 lồi mơ tả Đặc điểm hình thái (Ellis, M.B 1976, More dematiaceous Hyphomycetes: 363) Khuẩn lạc lỏng lẻo, nâu đen nâu, lông nhung Sợi nấm phần khí sinh, phần chìm Chất khơng, có sợi cứng Cuống sinh bào tử rõ ràng, có kích thước lớn, đơn độc Bào tử thẳng cong, nhiều tế bào, màu nâu sẫm, vách dày VN11-F0057 Sporidesmium sp Sporidesmium (Seifert, 2011) 54 Stachybotrys Corda 1837 Tài liệu tham khảo: Corda, Icon fung (Prague) 1: 21 (1837) Lồi chuẩn: Stachybotrys atra Corda 1837 Vị trí phân loại: Incertae sedis, Hypocreales, Hypocreomycetidae, Sordariomycetes, Pezizomycotina, Ascomycota Tổng có 110 lồi mơ tả Mơ tả hình thái: Khuẩn lạc nhẵn, màu xám, ô liu, tới nâu đen, có lơng dạng nhung Sợi nấm mọc chìm thạch, khơng có lơng cứng Cuống sinh bào tử thẳng, phần cuối phình rộng, phần thân có vách ngăn, tồn cuống khơng màu Phần đỉnh sinh nhiều tế bào sinh bào tử, hình cánh sen, xếp lại hình bơng hoa đỉnh Khi rời cuống có tạo cưa Bào tử màu đen đậm, thường đơn giản khơng có vách ngăn, ráp, đến có gai VN11-F0070 Stachybotrys kampalensis Stachybotrys (Seifert, 2011) 182 55 Talaromyces C.R Benj 1955 Tài liệu tham khảo: C.R Benj., Mycologia 47(5): 681 (1955) Loài chuẩn: Talaromyces vermiculatus (P.A Dang.) C.R Benj 1955 Vị trí phân loại: Trichocomaceae, Eurotiales, Eurotiomycetidae, Eurotiomycetes, Pezizomycotina, Ascomycota Tổng có 125 lồi mơ tả Mơ tả hình thái: Khuẩn lạc phát triển tốt mơi trường ni cấy, thường có màu vàng xuộm Sợi nấm khơng màu đến màu vàng nhạt, có vách ngăn, nhẵn Có cấu tạo thể mơi trường ni cấy Các cấu trúc khác giống chi Penicillium: Cấu trúc cuống sinh bào tử dạng bó giá đơn độc, chủ yếu phân nhánh hình chổi Tế bào sinh bào tử dạng thể bình, phần đỉnh thót lại, sinh chuỗi bào tử hướng gốc tế bào, pha lê có sắc tố, vách trơn gai, hình dạng khác VN11-F0128- Talaromyces sp Talaromyces (Seifert, 2011) 56 Tetraploa Berk & Broome 1850 Tài liệu tham khảo: Berk & Broome, Ann Mag nat Hist., Ser 5: 459 (1850 Loài chuẩn: Tetraploa aristata Berk & Broome 1850 Vị trí phân loại: Massarinaceae, Pleosporales, Pleosporomycetidae, Dothideomycetes, Pezizomycotina, Ascomycot Tổng có 20 lồi mơ tả Mơ tả hình thái: Khuẩn lạc phát triển chậm mơi trường ni cấy, thường có mầu xám nhạt đến màu nâu Cuống sinh bào tử tế bào sinh bào tử không rõ ràng Bào tử có kích thước lớn, phần có hình bình, nhiều vách ngăn ngang, dọc, xẻ thùy, phần đỉnh phát triển thành sợi cứng kéo dài, nhiều vách ngăn ngang 183 Tetraploa (Seifert, 2011) 57 Thozetella Kuntze 1891 Tài liệu tham khảo: Kuntze, Revis gen pl (Leipzig) 2: 873 (1891) Loài chuẩn: Thozetella nivea (Berk.) Kuntze 1891 Vị trí phân lại: Chaetosphaeriaceae, Chaetosphaeriales, Sordariomycetidae, Sordariomycetes, Pezizomycotina, Ascomycota Tổng có 18 lồi mơ tả Đặc điểm hình thái: Khuẩn lạc lỏng lẻo, thường có màu nâu, nâu đen Sợi nấm nửa khí sinh, nửa dinh dưỡng, có vách ngăn, phân nhánh, thường có màu xám, nâu nhạt Sinh nhiều sợi cứng, tạo thành cụm, phần đỉnh sinh bào tử Cuống sinh bào tử thẳng, khơng màu đến có màu nâu nhạt T dạng thể bình, thót nhọn đỉnh Bào tử thường đơn giản, tế bào, khơng màu, hai đỉnh có sợi anten VN11-F-0072 Thozetella Thozetella (Seifert, 2011) 58 Tricladiella K Ando & Tubaki 1984 Tài liệu tham khảo: Ando, K.; Tubaki, K., 1984, Transactions of the Mycological Society of Japan 25: 41 Loài chuẩn: Tricladiella pluvialis K Ando & Tubaki 1984 Vị trí phân loại: Incertae sedis, Incertae sedis, Incertae sedis, Pezizomycotina, Ascomycota Tổng có lồi mơ tả Đặc điểm hình thái: Khuẩn lạc phát triển chậm mơi trường ni cấy, gồm sợi nấm có vách ngăn, phân nhánh, bện chặt mọc chìm thạch Cuống sinh bào tử không rõ ràng, bào tử thường mọc trực tiếp từ sợi nấm dinh dưỡng Bào tử dạng sợi gồm trục cong gần giống hình chữ U, có vách ngăn, trục xuất nhánh mọc thẳng, thường song song, có vách ngăn 184 Tricladiella sp (VN05-0024) Tricladiella (Marvanova 1997) 59 Trichoderma Pers 1794 Tài liệu tham khảo: Persoon, C.H., 1794, Neues Magazin für die Botanik, Rưmer 1: 92 Lồi chuẩn: Trichoderma viride Pers.:Fr 1794 Vị trí phân loại: [mitosporic fungi], Hypocreaceae, Hypocreales, Sordariomycetidae, Sordariomycetes, Ascomycota, Fungi Tổng có 168 lồi phân loại Đặc điểm hình thái: Khuẩn lạc phát triển nhanh, lúc đầu màu trắng, có sợi khí sinh bề mặt khuẩn lạc, già đám bào tử xuất bề mặt khuẩn lạc màu xanh rêu, vàng, trắng Sợi nấm dinh dưỡng có vách ngăn, nhẵn, phân nhánh, khơng màu có màu xanh nhạt Cuống sinh bào tử phân nhánh nhiều lần, không màu, nhẵn, kích thước Nhánh mọc dài xa đỉnh, nhánh mọc thẳng đứng với nhánh Tế bào sinh bào tử dạng phialo, mọc thành vòng quanh cuống chính, thể bình đỉnh dài vị trí khác, phần đỉnh thường nhọn, phần gốc phình to Bào tử hình trụ, trứng ngắn, gần cầu, cụt ngang đáy, vách nhẵn Trichoderma sp (VN08-F0045) Trichoderma (Domsch et al 2007) 60 Trichomerium Speg 1918 Tài liệu tham khảo: Speg., Physis, B Aires 4: 284 (1918) Loài chuẩn: Trichomerium coffeicola (Puttemans) Speg 1918 Vị trí phân loại: Trichomeriaceae, Capnodiales, Dothideomycetidae, Dothideomycetes, Pezizomycotina, Ascomycota Tổng có 34 lồi phân loại Đặc điểm hình thái: Khuẩn lạc phát triển chậm, lúc đầu màu trắng, thường có màu nâu, nâu đen Sợi nấm nửa khí sinh, nửa dinh dưỡng, có vách ngăn, phân nhánh, thường có màu xám, nâu nhạt Cuống sinh bào tử không rõ ràng Bào tử có kích thước to, phân nhánh, nhiều vách ngăn, có màu 185 VN11-F0210 Trichomerium nâu nhạt 61 Triglyphium Fresen 1852 Tài liệu tham khảo: Fresen., Beitr Mykol 2: 44 (1852) Vị trí phân loại: Capnodiaceae, Capnodiales, Dothideomycetidae, Dothideomycetes, Ascomycota, Fungi Lồi chuẩn: Triglyphium album Fresen 1852 Tổng có lồi mơ tả Đặc điểm hình thái: (Matsushima, T 1981, Icones Microfungorum a Matsushima lectorum: 158) Khuẩn lạc phát triển chậm môi trường nuôi cấy, gồm sợi nấm có vách ngăn, phân nhánh, bện chặt mọc chìm thạch Cuống sinh bào tử khơng rõ ràng, bào tử thường mọc trực tiếp từ sợi nấm dinh dưỡng Bào tử có kích thước lớn, khơng màu, nhẵn, gồm trục mọc thẳng, hình giùi, thót lại đỉnh, phần gữa phần gốc phình ra, phần gốc đáy Xuất 2-3 nhánh hình giùi bên, kích thước nhỏ trục chính, thót lại phần gốc VN11-F0035 Triglyphium Triglyphium (Mátúhima, 1975) 62 Trinacrium Riess 1852 Tài liệu tham khảo: Riess, in Fresenius, Beitr Mykol 2: 42 (1852) Vị trí phân loại: Orbiliaceae, Orbiliales, Orbiliomycetidae, Orbiliomycetes, Pezizomycotina, Ascomycota Loài chuẩn: Trinacrium subtile Riess 1850 Tổng có lồi mơ tả Đặc điểm hình thái: (Matsushima, T 1981, Icones Microfungorum a Matsushima lectorum: 158) Khuẩn lạc phát triển chậm môi trường nuôi cấy, màu trắng, gồm sợi nấm có vách ngăn, phân nhánh, bện chặt mọc chìm thạch Cuống sinh bào tử không rõ ràng, bào tử thường mọc trực tiếp từ sợi nấm dinh dưỡng 186 VN11-F-0042 Trinacrium sp Bào tử có kích thước lớn, n, khơng màu đến màu nâu nhạt, hình hoa cánh 63 Triramulispora Matsush 1975 Tài liệu tham khảo: Matsushima, T., 1975, Icones Microfungorum a Matsushima lectorum: 158 Loài chuẩn: Triramulispora gracilis Matsush 1975 Vị trí phân loại: Incertae sedis, Incertae sedis, Incertae sedis, Incertae sedis, Ascomycota Tổng có lồi mơ tả Đặc điểm m hình thái: (Matsushima, T 1975, Icones Microfungorum a Matsushima lectorum lectorum: 158) Khuẩn lạc phát triển chậm m môi trư trường nuôi cấy, gồm sợi nấm m có vách ngăn, phân nhánh, bbện chặt mọc chìm thạch Cuống sinh bào tử không rõ ràng, bào tử thường mọc trực tiếp từ sợi nấm dinh dưỡng Bào tử có kích thước lớn, n, khơng màu, nh nhẵn, gồm trục mọc thẳng, ng, hình giùi, thót llại đỉnh, phần gữa phần gốc phình ra, phần gốốc đáy Xuất 2-3 nhánh hình giùi bên, kích thư thước nhỏ trục chính, thót lại phần gốc VN11-F0046 Triramulispora Triramulispora (Mátúhima, 1975) 64 Trisulcosporium H.J Huds & B Sutton 1964 Tài liệu tham khảo: H.J Huds & B Sutton Sutton, Trans Br mycol Soc 47(2): 200 (1964) Loài chuẩn: Trisulcosporium acerinum H.J Huds & B Sutton 1964 Vị trí phân loại: Incertae sedis, Incertae sedis, Incertae sedis, Incertae sedis, Pezizomycotina, Ascomycota Ascomycota Tổng có lồi mơ tả Đặc điểm m hình thái: (Matsushima, T 1975, Icones Microfungorum a Matsushima lectorum lectorum: 158) Khuẩn lạc phát triển chậm m môi trư trường nuôi cấy, màu nâu đen, gồm sợi nấm m có vách ngăn, phân nhánh, bện chặt mọcc chìm th thạch Cuống sinh bào tử không rõ ràng, bào ttử thường mọc trực tiếp từ sợi nấm dinh dưỡng 187 VN11-F0030 Trisulcosporium acerinum Bào tử có kích thước lớn, n, khơng màu, nh nhẵn, gồm trục mọc thẳng, nhánh ph phụ phát sinh từ tế bào gốc trục chính, có nhiềuu vách ngăn Trisulcosporium acerinum (Huds Sutton, 1960) 65 Tritirachium Limber 1940 Tài liệu tham khảo: Limber, Mycologia 32(1): 24 (1940) Loài chuẩn: Tritirachium dependens Limber 1940 Vị trí phân loại: Tritirachiaceae, Tritirachiales, Incertae sedis, Tritirachiomycetes, Pucciniomycotina, Basidiomycota Đặc điểm hình thái: Khuẩn lạcc phát tri triển tương đối tốt môi trường nuôi cấy, màu nâu xám đđến màu hồng nhạt, gồm sợi nấm m có vách ngăn, phân nhánh, bện chặt phần mọcc chìm th thạch Cuống sinh bào tử rõ ràng, phân nhánh, phía tren đđỉnh thót lại sinh tế bào sinh bào ttử dạng sympodial, bào tử đơn giản, gồm mm tế bào hình cầu hình trứng VN05-F0420 Tritirachium sp Tritirachium (Kuzman, 2011) 66 Varicosporium W Kegel 1906 Tài liệu tham khảo: W Kegel, 1906, Ber Deutsch Bot Ges 24: 213 Loài chuẩn: Varicosporium elodeae W Kegel 1906 Phylogenetic position: [mitosporic fungi] Helotiaceae, Helotiales, Leotiomycetidae, Leotiomycetes, Ascomycota Tổng số có 12 lồi mơ tả Đặc điểm hình thái: Khuẩn lạc phát triển chậm môi trư trường nuôi cấy, gồm sợi nấm m có vách ngăn, phân nhánh, bện chặt mọc chìm thạch ch Cuống sinh bào tử không rõ ràng, bào ttử thường mọc trực tiếp từ sợi nấm dinh dưỡ ỡng Bào tử không màu, có kích thướcc llớn, dạng sợi gồm trục cong gần giống ng hình ch chữ U, có vách ngăn, xuất nhánh phân 188 Varicosporium (Matsushima, 1975) cấp khác 67 Veronaea Cif & Montemart 1957 Tài liệu tham khảo: Cif & Montemart., Atti Ist bot Univ Lab crittog Pavia, Ser 15: 68 (1957) Loài chuẩn: Veronaea botryosa Cif & Montemart 1957 Phylogenetic position: Incertae sedis, Incertae sedis, Incertae sedis, Incertae sedis, Pezizomycotina, Ascomycota Tổng số có 30 lồi mơ tả Đặc điểm hình thái: Khuẩn lạc màu tối phát triển chậm mơi trường ni cấy, gồm sợi nấm có vách ngăn, phân nhánh, bện chặt mọc chìm thạch Cuống sinh bào tử thẳng phân nhánh, có màu tối, sinh bào tử dạng sympodiall, bào tử rời cành để lại sẹo Bào tử có màu nâu, hình đậu, nhiều vách ngăn ngang VN11-F0302 Veronaea Veronaea (Seifert, 2011) 68 Verticillium Nees 1816 Tài liệu tham khảo: Nees, Syst Pilze (Würzburg): 57 (1816) [1816-17] Loài chuẩn: Verticillium dahliae Kleb 1913 Vị trí phân loại: Plectosphaerellaceae, Incertae sedis, Hypocreomycetidae, Sordariomycetes, Pezizomycotina, Ascomycota Có 268 lồi mơ tả Đặc điểm hình thái: Khuẩn lạc phát triển tương đối tốt môi trường nuôi cấy, màu nâu xám đến màu hồng nhạt, gồm sợi nấm có vách ngăn, phân nhánh, bện chặt phần mọc chìm thạch Cuống sinh bào tử rõ ràng, phân nhánh, phía tren đỉnh thót lại sinh tế bào sinh bào tử dạng sympodial, bào tử đơn giản, gồm tế bào 189 VN11-F0196- Verticillium Verticillium (Seifert, 2011) hình cầu hình trứng 69 Wiesneriomyces Koord 1907 Tài liệu tham khảo: Koorders, S.H., 1907, Verhandelingen, Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen, Afdeling Natuurkunde 13(4): 246 Loài chuẩn: Wiesneriomyces javanicus Koord 1907 Phylogenetic position: Incertae sedis, Incertae sedis, Incertae sedis, Incertae sedis, Ascomycota Tổng số có lồi mơ tả Mơ tả hình thái (Ellis, M.B 1971, Dematiaceous Hyphomycetes: 362): Khuẩn lạc lỏng lẻo, nâu đen nâu, lông nhung Sợi nấm phần khí sinh, phần chìm Chất khơng Lơng cứng màu nâu sẫm, đơn giản dài, cong bên trong, giống hình cây, phồng lên gốc, sắc nhọn đỉnh, có vách ngăn, màu nâu, trơn tru Cuống sinh bào tử có kích thước lớn, phát sinh gần tạo thành cụm cuống sinh bào tử, hẹp, phân nhánh, đỉnh, thẳng cong keo, pha lê, mịn màng Tế bào sinh bào tử thường phần đỉnh cuống sinh bào tử, phân nhánh ngắn, nảy chồi nội sinh, nhiều tế bào, có hình clavat hình trụ Bào tử hình thành chuỗi, gồm bào tử hình trụ nối với mấu nối isthmut, phần đầu phần cuối bào tử nhọn hơn, bào tử không màu, mịn, khơng vách ngăn, tập hợp thành khối trở thành khối màu vàng 70 Zasmidium Fr 1849 Tài liệu tham khảo: Fr., Summa veg Scand., Section Post (Stockholm): 407 (1849) Loài chuẩn: Zasmidium cellare (Pers.) Fr 1849 Vị trí phân loại: Mycosphaerellaceae, 190 YVN09-F0010 Wiesneriomyces Wiesneriomyces (1971) Capnodiales, Dothideomycetidae, Dothideomycetes, Pezizomycotina, Ascomyco Ascomycota Tổng số có 30 lồi mơ tả Đặc điểm hình thái: Khuẩn lạc màu tối phát triển chậm m môi trường nuôi cấy, gồm sợi nấm m có vách ngăn, phân nhánh, bện chặt mọcc chìm th thạch Cuống sinh bào tử thẳng hoặcc phân nhánh, có màu tối, sinh bào tử dạng ng sympodiall, bào ttử rời cành để lại sẹo Bào tử có màu nâu, hình đậu, khơng có vách ngăn ngang Zasmidium (Seifert, 2011) Phụ lục Hình ảnh sàng lọc hoạtt tính CMCaza, xylanaza laccase ccủa a chủng ch nấm nghiên cứu Hình ảnh sàng lọc khả sinh enzyme phân hhủy thành phần lignocellulose củaa chủng ch nấm sợi (a Mơi trường có chấtt CMC, b Mơi trư trường có chất xylan, c Mơi trườ ờng có chất syringaldazin 191 ... "Nghiên cứu tính đa dạng sinh học nhóm nấm Hyphomycetes phân lập từ mục (litter fungi) rừng Quốc gia Vi? ??t Nam " với mục tiêu sau: - Có liệu tính đa dạng sinh học khu hệ nấm Hyphomycetesphân lập từ mục. .. 3.2.1 Sự đa dạng vi nấm phân lập Rừng Quốc gia Ba Bể 66 3.2.2 Sự đa dạng vi nấm phân lập rừng Quốc gia Bạch Mã 68 3.2.3 Sự đa dạng vi nấm phân lập Mã Đà 71 3.2.4 Sự đa dạng vi nấm Hyphomycetes. .. Đa dạng sinh học vi nấm Hyphomycetes rừng Quốc gia Bạch Mã 69 Bảng 3.5 Sự đa dạng sinh học vi nấm rừng Quốc gia Mã Đà 72 Bảng 3.6 Sự đa dạng sinh học vi nấm rừng Quốc gia Phú Quốc 73 Bảng