Đánh giá đa dạng di truyền một số mẫu giống lúa thu thập tại lào về đặc điểm nông sinh học

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - NGUYỄN THANH NHUNG ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN MỘT SỐ MẪU GIỐNG LÚA THU THẬP TẠI LÀO VỀ ĐẶC ĐIỂM NÔNG SINH HỌC LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội – 2014 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - NGUYỄN THANH NHUNG ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN MỘT SỐ MẪU GIỐNG LÚA THU THẬP TẠI LÀO VỀ ĐẶC ĐIỂM NÔNG SINH HỌC Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 604230 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: Hà Nội – 2014 TS LÊ HÙNG LĨNH TS ĐỖ THỊ PHÚC LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan trực tiếp thực nghiên cứu luận văn Mọi kết thu nguyên bản, không chỉnh sửa chép từ nghiên cứu khác Các số liệu, sơ đồ kết luận văn chưa công bố Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm với lời cam đoan trên! Học viên Nguyễn Thanh Nhung i LỜI CẢM ƠN Trước hết, xin gửi lời cảm ơn chân thành sâu sắc tới TS Lê Hùng Lĩnh TS Đỗ Thị Phúc, người tận tình hướng dẫn, giúp đỡ bảo hỗ trợ suốt trình công tác thời gian học tập, nghiên cứu hoàn thành luận văn Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn tới thầy cô cán công tác Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên giảng dạy tạo điều kiện thuận lợi cho suốt trình học tập trường Tôi xin chân thành cảm ơn cán bộ, anh chị em Bộ môn Sinh học phân tử- Viện Di truyền Nông nghiệp giúp đỡ động viên trình công tác thực luận văn Cuối xin gửi lời cảm ơn chân thành tới gia đình, bạn bè người thân động viên, khuyến khích giúp vượt qua khó khăn suốt trình nghiên cứu Hà Nội, ngày tháng năm 2014 Học viên Nguyễn Thanh Nhung ii MỤC LỤC DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT v DANH MỤC BẢNG vi DANH MỤC HÌNH vii DANH MỤC BẢNG vii DANH MỤC HÌNH ix Tính cấp thiết đề tài Mục tiêu yêu cầu đề tài .2 2.1 Mục tiêu .2 2.2 Yêu cầu Ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài .3 3.1 Ý nghĩa khoa học 3.2 Ý nghĩa thực tiễn Đối tượng phạm vi nghiên cứu đề tài 4.1 Đối tượng .3 4.2 Phạm vi nghiên cứu .3 CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU VÀ CƠ SỞ KHOA HỌC CỦA ĐỀ TÀI 1.1 Giới thiệu chung lúa 1.1.1 Nguồn gốc, phân bố lúa Hình 1.1 Sơ đồ tiến hóa hai loài lúa trồng 1.1.2 Phân loại lúa Bảng 1.1 Phân loại chi Oryza .6 1.2 Nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền lúa 1.2.1 Vị trí tầm quan trọng đa dạng di truyền .7 1.2.2 Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa nước 1.2.3 Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa Việt Nam Lào 11 1.2.4 Các phương pháp nghiên cứu đa dạng di truyền 13 iii Chỉ thị AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism – Đa hình chiều dài đoạn nhân chọn lọc) .15 CHƯƠNG 22 VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 22 2.1 Vật liệu nghiên cứu 22 Bảng 2.1 Danh sách mẫu giống lúa Lào dùng nghiên cứu 22 2.2 Phương pháp nghiên cứu 23 2.2.1 Bố trí thí nghiệm .23 2.2.2 Các tính trạng theo dõi đánh giá 24 2.2.3 Nghiên cứu đa dạng di truyền thị ADN 26 Bảng 2.3 Thành phần chất dùng cho phản ứng PCR với mồi SSR 28 Bảng 2.4 Chương trình chạy phản ứng PCR .28 2.2.4 Phương pháp phân loại loài 32 2.2.5 Phân tích xử lý số liệu .32 CHƯƠNG 34 KẾT QỦA VÀ THẢO LUẬN .34 3.1 Kết đánh giá số đặc tính nông sinh học mẫu giống lúa Lào 34 3.1.1 Đa dạng tính trạng hình thái số lượng .34 Bảng 3.1 Sự đa dạng tính trạng hình thái số lượng 33 mẫu giống lúa Lào vụ mùa 2012 34 Hình 3.1 Sự đa dạng chiều cao 33 mẫu giống lúa Lào 36 Hình 3.2 Sự đa dạng khối lượng 1000 hạt mẫu giống lúa 39 Bảng 3.2 Các yếu tố cấu thành suất 33 mẫu giống lúa thu thập Lào vụ mùa 2012 40 Bảng 3.3 Sự đa dạng kích thước hạt thóc 33 mẫu giống lúa Lào .42 3.1.2 Đa dạng tính trạng hình thái chất lượng 43 Bảng 3.4 Tần số biểu tính trạng hình thái chất lượng thân .44 Hình 3.3 Sự đa dạng tính trạng hình thái thân .45 mẫu giống lúa nghiên cứu 45 iv Hình 3.4 Đa dạng hình thái tính trạng chất lượng lúa 46 33 mẫu giống lúa Lào 46 Bảng 3.5 Tần số biểu tính trạng hình thái chất lượng 46 Bảng 3.6 Tần số biểu tính trạng hình thái chất lượng thìa lìa 48 Hình 3.5 Đa dạng tính trạng hình thái chất lượng thìa lìa 48 33 mẫu giống lúa Lào 48 Bảng 3.7 Tần số biểu tính trạng hình thái chất lượng .48 Hình 3.6 Đa dạng hình thái chất lượng 33 mẫu giống lúa Lào .49 Bảng 3.8 Tần số biểu tính trạng hình thái chất lượng hoa hạt 50 3.2 Kết đánh giá đa dạng di truyền mẫu giống lúa Lào thị SSR .53 3.2.1 Tỷ lệ khuyết số liệu dị hợp tử giống lúa nghiên cứu 53 Bảng 3.9 Tỷ lệ khuyết số liệu dị hợp tử giống lúa nghiên cứu .53 3.2.2 Hệ số PIC, số alen thể cặp mồi .55 Hình 3.7: Kết điện di sản phẩm PCR với mồi RM110 .55 1-33: Thứ tự mẫu nghiên cứu, M: Ladder 1Kb 56 Hình 3.8: Kết điện di sản phẩm PCR với mồi RM18 56 1-33: Thứ tự mẫu nghiên cứu, M: Ladder 1Kb 56 Bảng 3.10 Chỉ tiêu số alen số đa dạng di truyền PIC thị nghiên cứu 56 3.2.3 Kết phân tích mối quan hệ di truyền mẫu giống lúa Lào 57 Hình 3.9 Quan hệ di truyền 33 giống lúa Lào BT7 dựa 20 thị SSR 59 3.3 Kết phân loại loài mẫu giống lúa Lào 59 Bảng 3.11 Kết phân loại dung dịch phenol 33 mẫu giống lúa Lào giống đối chứng 60 Hình 3.10 Phân loại loài mẫu giống lúa nghiên cứu 61 CHƯƠNG 62 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 62 4.1 Kết luận 62 v 4.2 Đề nghị .62 TÀI LIỆU THAM KHẢO 63 PHỤ LỤC .70 Phụ lục 1: Danh sách thị SSR dùng nghiên cứu 70 DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TĂT ADN AFLP Axit Deoxyribonucleic Amplified Fragment Length Polymorphism (Đa dạng chiều dài đoạn BT7 cs CTAB D/R ĐC IRRI Kb KL NSLT PCR PIC nhân bản) Bắc Thơm Cộng Cetyltrimethyl Amonium Bromide Tỷ lệ dài/rộng hạt thóc Đối chứng International Rice Research Institute (Viện Nghiên cứu Lúa Quốc tế) Kilo base Khối lượng Năng suất lý thuyết Polymerase Chain Reaction (Phản ứng chuỗi polymerase) Polymorphism Information Content - Chỉ số thông tin đa hình mồi vi RAPD Random Amplified Polymorphic DNA (ADN đa hình nhân bội RFLP RGA SNPs SSR STS TBE TE TGST TT ngẫu nhiên) Restriction Fragment Length Polymorphism (Đa dạng chiều dài đoạn giới hạn) Resistance Gene Analog – Vùng tương đồng gen kháng Single nucleotide polymorphism - Đa hình nucleotit đơn Simple Sequence Repeats (Sự lặp lại trình tự đơn giản) Sequence Tagged Site - Điểm trình tự đánh dấu Tris-Boric Acid-EDTA Tris-EDTA Thời gian sinh trưởng Thứ tự DANH MỤC BẢNG DANH MỤC BẢNG vii DANH MỤC HÌNH ix CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU VÀ CƠ SỞ KHOA HỌC CỦA ĐỀ TÀI Hình 1.1 Sơ đồ tiến hóa hai loài lúa trồng Bảng 1.1 Phân loại chi Oryza .6 Chỉ thị AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism – Đa hình chiều dài đoạn nhân chọn lọc) .15 CHƯƠNG 22 VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 22 Bảng 2.1 Danh sách mẫu giống lúa Lào dùng nghiên cứu 22 Bảng 2.3 Thành phần chất dùng cho phản ứng PCR với mồi SSR 28 Bảng 2.4 Chương trình chạy phản ứng PCR .28 CHƯƠNG 34 KẾT QỦA VÀ THẢO LUẬN .34 Bảng 3.1 Sự đa dạng tính trạng hình thái số lượng 33 mẫu giống lúa Lào vụ mùa 2012 34 vii Hình 3.1 Sự đa dạng chiều cao 33 mẫu giống lúa Lào 36 Hình 3.2 Sự đa dạng khối lượng 1000 hạt mẫu giống lúa 39 Bảng 3.2 Các yếu tố cấu thành suất 33 mẫu giống lúa thu thập Lào vụ mùa 2012 40 Bảng 3.3 Sự đa dạng kích thước hạt thóc 33 mẫu giống lúa Lào .42 Bảng 3.4 Tần số biểu tính trạng hình thái chất lượng thân .44 Hình 3.3 Sự đa dạng tính trạng hình thái thân .45 mẫu giống lúa nghiên cứu 45 Hình 3.4 Đa dạng hình thái tính trạng chất lượng lúa 46 33 mẫu giống lúa Lào 46 Bảng 3.5 Tần số biểu tính trạng hình thái chất lượng 46 Bảng 3.6 Tần số biểu tính trạng hình thái chất lượng thìa lìa 48 Hình 3.5 Đa dạng tính trạng hình thái chất lượng thìa lìa 48 33 mẫu giống lúa Lào 48 Bảng 3.7 Tần số biểu tính trạng hình thái chất lượng .48 Hình 3.6 Đa dạng hình thái chất lượng 33 mẫu giống lúa Lào .49 Bảng 3.8 Tần số biểu tính trạng hình thái chất lượng hoa hạt 50 Bảng 3.9 Tỷ lệ khuyết số liệu dị hợp tử giống lúa nghiên cứu .53 Hình 3.7: Kết điện di sản phẩm PCR với mồi RM110 .55 1-33: Thứ tự mẫu nghiên cứu, M: Ladder 1Kb 56 Hình 3.8: Kết điện di sản phẩm PCR với mồi RM18 56 1-33: Thứ tự mẫu nghiên cứu, M: Ladder 1Kb 56 Bảng 3.10 Chỉ tiêu số alen số đa dạng di truyền PIC thị nghiên cứu 56 Hình 3.9 Quan hệ di truyền 33 giống lúa Lào BT7 dựa 20 thị SSR 59 3.3 Kết phân loại loài mẫu giống lúa Lào 59 Bảng 3.11 Kết phân loại dung dịch phenol 33 mẫu giống lúa Lào giống đối chứng 60 viii TT Phân loại (phenol) Japonica Tên giống 22 LP15 23 VL74 24 LP26 25 VL55 26 VLCP 27 VL50 28 VL36 29 VL72 30 LP01 31 HVL22 32 VLKT 33 VL61 34 BT7 35 ĐS1 Indica Indica Indica Indica Indica Indica Indica Japonica Indica Japonica Indica Indica Japonica Hình 3.10 Phân loại loài mẫu giống lúa nghiên cứu 61 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 4.1 Kết luận 1.Các tính trạng hình thái nông học 33 mẫu giống lúa Lào phong phú đa dạng Phần lớn mẫu giống lúa Lào có TGST trung ngày vụ Mùa, 20/33 mẫu giống thuộc loại hạt to NSLT trung bình đạt 69,64 tạ/ha Kết đánh giá đa dạng di truyền 20 cặp thi SSR 33 mẫu giống lúa Lào với giống đối chứng Bắc thơm thu 82 loại alen khác nhau, trung bình 4,1 alen/locus Tỷ lệ dị hợp tử cao 20% giống VL62 Trong số 33 mẫu giống lúa nghiên cứu 25 giống alen di hợp tử giống lại có alen di hợp tử Hệ số tương đồng di truyền giống dao động khoảng từ 0,112 đến 0,87, trung bình 0,535 Qua phân tích thị phân tử phân mẫu giống lúa Lào thành nhóm riêng biệt, nhóm I gồm 22 giống, nhóm II gồm 11 giống Trong số 33 mẫu giống lúa Lào nghiên cứu có 22 giống (chiếm 66,7%) thuộc loài phụ Indica và11 giống (chiếm 33,3%) thuộc loài phụ Japonica phân loại dung dịch phenol Bước đầu chọn 10 giống VL22, VL47, LP36, LP13, LP37, LP30, VL30, LP29, LP04, VL74 giới thiệu để tiếp tục nghiên cứu trồng Việt Nam 4.2 Đề nghị Tiếp tục đánh giá đa dạng di truyền tập đoàn lúa hình thái nông học phân tử , khai thác đặc tính có lợi để phục vụ cho công tác lai tạo, bảo tồn nguồn tài nguyên di truyền lúa Lào Việt Nam Tiếp tục đánh giá 10 giống triển vọng để giới thiệu mở rộng sản xuất đáp ứng nhu cầu chất lượng gạo ngày cao người tiêu dùng 62 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Bùi Chí Bửu, Nguyễn Thị Lang (1995), Ứng dụng công nghệ sinh học cải tiến giống lúa, NXB Nông nghiệp, Thành phố Hồ Chí Minh Bùi Chí Bửu, Nguyễn Thị Lang (1999), "Ứng dụng DNA marker đánh giá quỹ gen lúa", Báo cáo khoa học, Hội nghị Công nghệ sinh học toàn quốc, Hà Nội, – 10/12/1999, tr 1216 - 1273 Cục Bảo vệ môi trường (2007), Khái niệm đa dạng sinh học,Trang tin điện tử www.nea.gov.vn/html/DDSH/dulieu1/khainiem/ Bùi Huy Đáp (2002), Cây lúa Việt Nam kỷ 20, NXB Nông nghiệp, Hà Nội, Tập I, tr 173-229 Trịnh Đình Đạt (2006), Công nghệ sinh học tập 4, Nxb Giáo dục Trần Văn Đạt (2004), Tiến trình phát triển lúa gạo Việt Nam từ thời nguyên thủy đến đại, NXB Nông nghiệp, Thành phố Hồ Chí Minh Trần Văn Đạt (2005), Sản xuất lúa gạo giới: Hiện trạng khuynh hướng phát triển kỷ 21, NXB Nông nghiệp, Thành phố Hồ Chí Minh Vũ Thị Thu Hiền (2012), “Đa dạng di truyền dựa đặc điểm hình thái mẫu giống lúa có nguồn gốc khác nhau”, Tạp chí Khoa học phát triển 2012, Tập 10, số 6: 844-852 Trần Văn Minh (2004) (Chủ biên), Giáo trình lương thực, NXB Nông nghiệp, Hà Nội 10 Nguyễn Hoàng Nghĩa (1999), Bảo tồn đa dạng sinh học, NXB Nông nghiệp, Hà Nội 11 Lã Tuấn Nghĩa (2000), “Đánh giá tính kháng QTL bệnh đạo ôn lúa”, Kết nghiên cứu khoa học 1999-2000, Viện Di truyền Nông nghiệp, NXB Nông nghiệp, Hà Nội 12 Trần Danh Sửu, Nguyễn Thị Lan Hoa, Hà Minh Loan, Ngô Kim Hoài, 63 Nguyễn Thị Vân Anh, Vũ Mạnh Hải (2010), Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa nếp địa phương tỉnh đồng Bắc thị SSR, Báo cáo khoa học, Trung tâm Tài nguyên thực vật 13 Trần Danh Sửu, Lưu Ngọc Trình (2001), "Sử dụng thị ADN để nghiên cứu quan hệ di truyền tiến hoá lúa địa phương vùng Tây Bắc Tây Nam nước ta", Thông tin công nghệ sinh học ứng dụng, Viện Di truyền nông nghiệp, (số 1/2001), tr 25-29 14 Lê Duy Thành (2000), Cơ sở di truyền chọn tạo giống thực vật, Nxb ĐHQG Hà Nội 15 Lê Duy Thành, Tạ Toàn, Đỗ Lê Thăng Trần Văn Diễn (1995), Di truyền học, NXB Khoa học kỹ thuật 16 Nguyễn Đức Thành, Phan Thị Bảy, Lê Hồng Điệp (1999), "Phát triển ứng dụng thị phân tử nghiên cứu đa dạng lúa", Báo cáo khoa học, Hội nghị công nghệ sinh học toàn quốc 1999, tr 1205-1215 18 Đào Thế Tuấn (1970), Sinh lý ruộng lúa suất cao, NXB Khoa học kỹ thuật, Hà Nội 19 Ngô Thị Hồng Tươi (2014), “Phân tích đa dạng di truyền mẫu giống lúa cẩm thị SSR”, Tạp chí Khoa học Phát triển 2014, tập 12, số 4: 485-494 20 Lưu Ngọc Trình (1995), Bài giảng lớp cao học, Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Việt Nam 21 Lưu Ngọc Trình (2005), Bài giảng lớp cao học, Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Việt Nam 22 Lưu Ngọc Trình (2006), Báo cáo kết thực đề tài "Nghiên cứu khai thác nguồn gen địa phương (Lúa, Đậu xanh, Khoai môn - Sọ,Bầu bí) phục vụ cải tiến giống đa dạng hoá trồng", Hà Nội Tài liệu tiếng Anh 64 23 Alba Alvarez, Jorge Luis Fuentes, Violeta Puldón, Pedro Julio Gómez, Leonor Mora, Miriam C Duque, Gerardo Gallego and Joe M Tohme (2007) “ Genetic diversity analysis of Cuban traditional rice (Oryza sativa L.) varieties based on microsatellite markers” Genetics and Molecular Biology 30 (4) pp: 1109-1117 24 Appa Rao S., C Bounphanousay, J.M Schiller and M.T Jackson (2002) “Collection, classification, and conservation of cultivated and wild rices of the Lao PDR”, Genetic Resources and Crop Evolution 49: 75–81 25 Bostein D., White, R.L., Skolnick, M and Davis, R.W (1980), "Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment Lenght Polymorphisms", Am.J.Hum Genet (32), pp 314-331 26 Brown SM, Hopkins MS, Mitchell SE, Senior ML, Wang TY, Duncan RR, Gonalez-Candelas F, Kresovich S (1996) “Multiple methods for the identfication of polymorphic simple sequence repeats (SSRs) in sorghum”[Sorghum bicolor (L.) Moench] Theor Appl Genet 93 : 190-198 27 Brown S,M,, Kresovick S (1996), Molecular Characterzation for plant genetic resoures counses conservation, In: genome mapping in plants, pp:85-93 28 Chang T T (1976), “The origin, evoluation, cultivation, dissemination and diversification of Asian and African rice”, Euphytica 25, pp 425 - 441 29 Chang T.T (1985), “Crop history and genetic conservation rice, A case study In: Iwova State”, Jounal of research, vol 59(4) 30 Chang T.T, D.A Vaughan (1991), Manual of operations and proceduré of the international genebank, IRRI 31 Chen D., Dela Vina M., et al (1999), “Molecular mapping of the blast resistance gene, Pi-44(t), in a line derived from a durably resistance rice cultivar,” Theor Appl Genet, 97, pp 345 – 355 32 Chen X M., Line R F., Leung H (1998), "Genome scanning for resistance gene analogs in rice, barley and wheat by high- resolution electrophoresis", Theor Appl Genet., 97, pp 345-355 33 Cheng C.Y., R Motohashi, S Tsuchimoto, Y Fukuta, H Ohtshuko (2003), “Polyphyletic origin of cultivated rice: base on the interspersion pattern of SINEs”, Mol Biol, (20), pp:67-75 65 34 Chu Hoang Lan , Chu Hoang Mau, Nguyen Tuan Anh (2011), “The diversity of some local upland rice cultivars in Northern of Vietnam”, International Conference on Life Science and Technology ,IPCBEE (3) IACSIT, Press, Singapore, pp:188-192 35 Food and Agriculture Organization (1996), The state of the world's plant genetic resources for food and agriculture, FAO, Rome 36 Giarrocco L.E.; Marassi M.A and Salerno G.L.(2007), “ Assessment of the genetic diversity in Argentine rice cultivars with SSR Markers”, Crop Science, 47 (2), pp: 853-860 37 Grant M R., et al (1995), “Structure of the Arabidopsis RPM1 gene enabling dual specificity disease resistance”, Science, 269: 843-846 38 IRRI (1996), Hệ thống tiêu chuẩn đánh giá nguồn gen lúa, Viện nghiên cứu lúa quốc tế, Manila, Philipines 39 Ishkawa., S YAMANAKA, K KANYAVONG, Y FUKUTA, Y-I SATO, L TANG, AND T SATO (2002), “Genetic resources of primitive upland rice in Laos”, Economic Botany 56(2) pp 192-197 40 J Nagaraju, M Kathirvel, R Ramesh Kumar, E A Siddiq, and Seyed E Hasnain (2002), “Genetic analysis of traditional and evolved Basmati and non-Basmati rice varieties by using fluorescence-based ISSR-PCR and SSR markers”, PNAS 99 (9) pp: 5836–5841 41 Jalaluddin M, Nakai H, and Yamamoto T ,( 2007), “Genetic diversity and DNA fingerprinting of some modern Indica and Japonica rice”, Breed and Genet SABRAO 39 (1): 43-52 42 Jingguo Wang, Tingbo Jiang, Detang Zou, Hongwei Zhao, Qiang Li, Hualong Liu & Changjun Zhou, (2013), “Genetic diversity and genetic relationships ofjaponica rice varieties in Northeast Asia based on SSR markers”, Biotechnology & Biotechnological Equipment, Volume 28, Issue 2, 2014, pages: 230-237 43 Joshi S.P., P.K Ranjekar (1999), “Molecular markers in plant genome analysis”, Current science online 44 Khush G (1997), “ Origin, dispersal cultivation and variation of rice”, Plant Mol Biol, 35, pp:25-34 66 45 Kobata T., Okuno T., Yamamoto T (1996), Japanese - Journal of Crop science (Japan), (65), pp 652 - 662 46 Lu, H., M,A, Redusm J.R Coburn, J.N Rutger, S.R McCouch And T.H Tai ( 2005), “Population structure and breeding patterns of 145 U.S rice cultivars based on SSR marker analysis”, Crop Sci (45) pp:66-76 47 Malik Ashiq Rabbani, Zahida Hassan Pervaiz, Muhammad Shahid Masood (2008), “Genetic diversity analysis of traditional and improved cultivars of Pakistani rice (Oryza sativa L.) using RAPD markers” Electronic Journal of Biotechnology 11(3): 10pp 48 Marilyn Warburton and Jose Crossa (2000), Data Analysis in the CIMMYT Applied Biotechnology Center For Fingerprinting and Genetic Diversity Studies CIMMYT 49 Michael J Thomson, Endang M Septiningsih, Fatimah Suwardjo, Tri J Santoso, Tiur S, Silitonga, Susan R McCouch (2007), “Genetic diversity analysis of traditional and improved Indonesian rice (Oryza sativa L.) germplasm using microsatellite markers”, Theor Appl Genet (114)pp:559– 568 50 40 Lee H.H.,Neoh P.P.N., Bong W.S.T., Puvaneswaran J., Wong S.C (2011), “Genotyping of Sarawak Rice Cultivars Using Microsatellite Markers” , Pertanika J Trop Agric Sci 34 (1) pp: 123 – 136 51 Luu Ngoc Trinh (1999), "A genetic diversity study of rice germplasm in Vietnam based on RAPD approach", Research study, NIAR, Japan 52 Natalya V Alpatyeva (2000), "Genetic diversity of Vietnamese landraces of rice by RFLP markers", Research study in NIAR, Japan 53 National Research Council (1993), Managing global genetic resources, National Academy Press, Washington, D C America 54 Nei, M.(1972), "Genetic distance between populations", Amer Naturalist, (106), pp 283-292 55 Nguyen Duy Bay, Nguyen H.T., Bui Chi Buu and Bui Ba Bong (2001), Genetic markers in genome research and plant breeding, Viện lúa Đồng Bằng sông Cửu Long, tr 44-58 56 Nguyen Van Tao, NT Lang, JL Pham, BC Bui (1999), "Isozyme analysis on some traditional varieties from South Vietnam", OMONRICE (7), pp 142- 67 151 57 Oka H I (1958), “Intervarietal variation and classification of cultivated rice”, Ind J Genet Plant breed, (17), pp 79-89, 1958a 58 O’Toole J.C., Cruz R.T (1983), “Genotypic variation in epicuticular wax of rice” Crop Sci (23) pp:329-394 59 Pham Trung Nghia, JPS Malik, MP Paandeey and NK Singh (1999), "Genetic distance analysis of hybrid rice parental lines based on morphological traits and DNA markers", In Omon Rice, Journal Cuulong Delta Rice Research Institute, pp 49-59 60 Rohlf F (1999), NTSYS-pc: numerical taxonomy and multivariate analysis system, 2.1 edn Department of Ecology and Evolution, State University of NY, Stony Brook (ntsys) 61 S B Yu , W J Xu , C H M Vijayakumar , J Ali B Y Fu , J L Xu , Y Z Jiang, R Marghirang ,J Domingo, C Aquino , S S Virmani, Z K Li, (2003) “Molecular diversity and multilocus organization of the parental lines used in the International Rice Molecular Breeding Program”, Theor Appl Genet (108):131–140 62 S.C Wong, P.H Yiu, S.T.W Bong, H.H Lee, P.N.P Neoh and A Rajan (2009), “Analysis of Sarawak Bario Rice Diversity Using Microsatellite Markers”, American Journal of Agricultural and Biological Sciences (4): 298-304 63 Saghai Maroof MA, Soliman KM, Jorgensen RA, Allard RW (1984) “Ribosomal DNA spacer-length polymorphisms in barley: Mendelian inheritance, chromosomal location , and population dynamics”, Proc Natl Acad Sci USA (81)pp: 8014-8018 64 Thaura Ghneim Herrera, Duina Posso Duque, Iris Pérez Almeida, Gelis Torrealba Núñez, Alejandro J Pieters, César P Martinez, Joe M Tohme (2008), “Assessment of genetic diversity in Venezuelan rice cultivars using simple sequence repeats markers”, Electronic Journal of Biotechnology 11(5):14pp 68 65 Vaughan D.A (1994), “The wild relative of rice” , A genetic resource handbook, IRRI, pp:3-5 66 Victoria C.L, Darshan S Bar, Toshinori Abe, Edilberto D Redona (2007), “Assessment of Genetic Diversity of Philippine Rice Cultivars Carring Good Quality trait using SSR marker”, Breeding Science (57) pp:263-270 67 Virk P.S., B.V Fork, M.T Jakson , H J New Bery (1995), “Use of RADP for the study of diversity within plant Germplasm collection” Heridity (74): 170-179 68 Vos P., R Hogers, M Bleeker, Reijans M et all (1995), "AFLP: a new technique for DNA fingerprinting", Nucleic Acids Research, 23, (11), pp 4407-4414 69 Xu Y, B Henry , S.R Mc Couch (2004) “A marker approach to broading the genetic base of rice in the USA”, Crop Sci (44): 1847-1959 70 Yang G.P, M.A.S Maroof, C.G Xu, Q Zhang, R.M Biyashev (1994), “Comparative analysis of microsatellite DNA polymorphilism in landraces and cultivars of rice”, Mol Gen Genet (245) pp: 187-194 71 Yosuke Kuroda., Yo-Ichiro Sato.,Chay Bounphanousay., Yasuyuki Kono., Koji Tanaka (2007), “Genetic structure of three Oryza AA genome species (O rufipogon, O nivara and O sativa) as assessed by SSR analysis on the Vientiane Plain of Laos”, Conserv Genet 8:149–158 72 Zheng, Da-Li et al (2003), “Development of isogenic lines of morphological marker in Indica rice”, Acta Botanica Sinica, 45, (9), pp1116-1120 69 PHỤ LỤC Phụ lục 1: Danh sách thị SSR dùng nghiên cứu TT Tên mồi RM3412 RM154 RM60 RM518 RM249 RM276 RM225 RM18 RM110 10 RM455 11 RM152 12 RM215 13 RM7175 14 SC3 Trình tự mồi (5' tới đầu 3') AAAGCAGGTTTTCCTCCTCC CCCATGTGCAATGTGTCTTC ACCCTCTCCGCCTCGCCTCCTC CTCCTCCTCCTGCGACCGCTCC AGTCCCATGTTCCACTTCCG ATGGCTACTGCCTGTACTAC AAGACACAAGCAAACAGCTCAACC AAGCTTGCTTGGTTCAAGAGAGG GGCGTAAAGGTTTTGCATGT ATGATTGCCATGAAGGTCAGC CTCAACGTTGACACCTCGTG TCCTCCATCGAGCAGTATCA TGCCCATATGGTCTGGATG GAAAGTGGATCAGGAAGGGC TTCCCTCTCATGAGCTCCAT GAGTGCCTGGCGCTGTAC TCGAAGCCATCCACCAACGAAG TCCGTACGCCGACGAGGTCGAG AACAACCCACCACCTGTCTC AGAAGGAAAAGGGCTCGATC AAGGAGAAGTTCTTCGCCCAGTGC GCCCATTAGTGACTGCTCCTAGTCG GAGCAGCAAGAGCAGCAGAGG GAGCAGCAAGAGCAGCAGAGG CGTGTCCATTGTGTGAAGCTACG ACGTGGTGCCTCCTTTCAAACC GCTAGTGCAGGGTTGACACA CTCTGGCCGTTTCATGGTAT 70 NST 6 7 9 TT Tên mồi 15 RM23788 16 RM25022 17 RM228 18 RM206 19 RM26652 20 RM27877 Trình tự mồi (5' tới đầu 3') ATCTTGGCATCTCGCCCTTGG CCGTTCTCCATGGACATCTCTCG ACATTCCGCGTTTGTGTGTAGC GCTTGGTAGTTGGGCTGATGG CTGGCCATTAGTCCTTGG GCTTGCGGCTCTGCTTAC ATCGATCCGTATGGGTTCTAGC GTCCATGTAGCCAATCTTATGTGG CAATCCATTGCTGGTTGATGC CAAGATCTCCAAGGTGCTGAGG GGAAGCCATGAAAGATGTGTTGC AATTTCTCCGAGCACCTGAAACG 71 NST 10 10 11 11 12 Phụ lục Các tính trạng hình thái chất lượng 33 mẫu giống lúa Lào Độ STT Tên giống phủ Mà Màu u Góc Góc u Mà Dạng Mà Mà thìa u cổ u tai lìa lá Góc u Độ sắc cứng ống (14) (15) lông phiến gốc bẹ (4) (5) (6) (7) (8) (9) (10) (11) (12) rạ (13) lá Mà đòng thìa lìa thân Dạng (1) (2) (3) LP16 1 1 3 VL22 2 1 1 1 3 HVL14 1 1 1 5 VL47 1 1 1 5 LP36 2 1 1 1 3 LP13 1 1 1 1 VL62 1 1 1 XK10 1 1 1 LP37 1 1 1 3 10 VL-NT 1 1 1 5 11 OX01B 2 1 1 1 12 LP10 2 1 1 5 13 LP21 1 1 1 14 XK08 1 1 1 5 15 LP03 1 1 1 3 72 16 VL26 1 1 3 17 LP30 2 1 1 1 5 18 VL33 2 1 1 1 5 19 LP29 1 1 1 3 20 LP04 1 1 1 21 VL67 2 1 1 1 5 22 LP15 1 1 1 23 VL74 1 1 1 5 24 LP26 3 1 1 3 25 VL55 1 1 1 5 26 VLCP 1 1 1 5 27 VL50 1 3 5 28 VL36 1 1 1 29 VL72 2 1 1 1 5 30 LP01 1 1 1 1 31 HVL22 1 1 1 32 VLKT 1 1 1 33 VL61 1 1 1 Phụ lục Các tính trạng hình thái chất lượng 33 mẫu giống lúa Lào (tiếp) 73 Độ TT Tên giống thoát Trục cổ bông Độ rụng hạt Độ Mà Mà dai u u mỏ nhị hạt Râu hạt Độ Mà Mà phủ u vỏ lông trấu vỏ (25) (26) u mày hạt Màu vỏ gạo (16) (17) (18) (19) (20) (21) (22) (23) trấu (24) LP16 5 1 VL22 3 HVL14 5 1 1 VL47 5 1 1 LP36 1 1 LP13 7 VL62 5 1 1 XK10 1 1 LP37 5 1 10 VL-NT 5 11 OX01B 3 1 1 12 LP10 5 1 1 13 LP21 1 1 14 XK08 5 1 1 15 LP03 3 3 16 VL26 1 1 17 LP30 5 1 4 1 18 VL33 5 1 19 LP29 1 20 LP04 5 1 21 VL67 3 1 3 1 22 LP15 5 1 1 23 VL74 5 1 1 24 LP26 1 25 VL55 1 1 26 VLCP 1 1 27 VL50 9 28 VL36 1 3 29 VL72 5 1 (1) (2) 74 30 LP01 1 1 31 HVL22 5 1 32 VLKT 5 1 1 33 VL61 1 1 75 [...]... Nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền cây lúa 1.2.1 Vị trí và tầm quan trọng của đa dạng di truyền Đa dạng di truyền là biểu hiện sự đa dạng của các biến dị có thể di truyền trong một loài, một quần xã hoặc giữa các loài, các quần xã Xét cho cùng, đa dạng di truyền chính là sự biến dị của sự tổ hợp trình tự của bốn cặp bazơ cơ bản, thành phần axít nucleic, tạo thành mã di truyền [3] Đa dạng di truyền là... 12 chỉ thị SSR để đánh giá đa dạng của 8 giống lúa Bario của Malaysia Kết quả đánh giá hệ số đa dạng di truyền PIC là 0,54, trung bình 2,6 alen/locus Hệ số tương đồng di truyền trong 8 giống lúa dao động từ 0,16-0,92 [62] Michael J.T và cs.(2010) đánh giá đa dạng các giống lúa của Indonesia bao gồm 246 giống lúa truyền thống, 63 giống lúa cải tiến bằng 30 chỉ thị SSR Tổng số alen thu được trong nghiên... hình thái số lượng của 33 mẫu giống lúa Lào vụ mùa 2012 34 Hình 3.1 Sự đa dạng chiều cao cây của 33 mẫu giống lúa Lào 36 Hình 3.2 Sự đa dạng khối lượng 1000 hạt của các mẫu giống lúa 39 Bảng 3.2 Các yếu tố cấu thành năng suất của 33 mẫu giống lúa thu thập tại Lào vụ mùa 2012 40 Bảng 3.3 Sự đa dạng kích thước hạt thóc của 33 mẫu giống lúa Lào .42 Bảng 3.4 Tần số biểu hiện... (2007) [71] nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền ở mức độ phân tử của một số giống lúa trồng Oryza sativa và các quần thể dòng lúa hoang O Rufipogon và Oryza nivara kết quả cho thấy có sự khác xa về di truyền giữa các dòng giống lúa này Ishikaw R và cs (2002) đã thu thập đánh giá tập đoàn gồm 132 giống lúa nương được thu thập tại 27 điểm Trong đó gồm có 106 giống lúa nếp, và 16 giống lúa tẻ [39] 1.2.4... thị đa hình với tổng số 68 alen đa hình chiếm tỷ lệ trung bình 62 alen trên một locus Hệ số đa dạng di truyền (PIC) dao động từ 0,08 đến 0,74 với giá trị trung bình là 0,46 [19] Lào là một trong những nước phong phú nguồn gen lúa, Bộ nông lâm nghiệp Lào kết hợp với Viện lúa quốc tế IRRI đã thu thập được 13.192 mẫu giống lúa trồng và 237 mẫu thu c sáu loài lúa hoang dại Những mẫu giống thu thập tại. .. đặc điểm nông sinh học ” 2 Mục tiêu và yêu cầu của đề tài 2.1 Mục tiêu Nghiên cứu đa dạng di truyền, phân loại dưới loài để cung cấp thông tin về các mẫu giống thu thập nhằm phục vụ công tác chọn tạo giống, bảo tồn và khai thác sử dụng 2.2 Yêu cầu - Đánh giá được một số đặc điểm nông sinh học, năng suất và yếu tố cấu thành năng suất của các mẫu giống lúa Lào nghiên cứu - Xác định được mối tương quan di. .. lai tạo những giống, loài mới; đa dạng về loài thường là đối tượng khai thác phục vụ mục đích kinh tế; đa dạng về hệ sinh thái có chức năng bảo vệ môi trường sống; đồng thời các hệ sinh thái được duy trì và bảo vệ chính là nhờ sự tồn tại của các quần thể loài sống trong đó Phần đa dạng sinh học do con người khai thác sử dụng gọi là đa dạng sinh học nông nghiệp [20] Giá trị của đa dạng di truyền thể hiện... Tây Nam nước ta thu c loại phụ Indica Vũ Thị Thu Hiền (2012) đã đánh giá đặc điểm nông sinh học và đa dạng di truyền của 41 mẫu giống lúa mới thu thập và chọn tạo để sử dụng trong chọn giống lúa thu n năng suất và chất lượng Kết quả nghiên cứu đã cho thấy các mẫu giống trong tập đoàn có thời gian sinh trưởng ngắn, nhiều dạng thấp cây phù hợp cho vùng thâm canh cao Số bông/khóm, chiều dài bông và chiều... cs (2008) về đa dạng di truyền của 40 giống lúa bao gồm 10 giống lúa địa phương của Pakistan, 28 giống lúa cải tiến, 2 giống lúa Nhật Bản bằng 25 chỉ thị RAPD Kết quả thu được 208 băng, số băng đa hình là 189, chiếm 89,4% Kích thước các băng từ 200-400bp Độ tương đồng di truyền của các giống lúa là 0,5-0,96 Dựa trên cơ sở phân nhóm UPGMA, 40 giống lúa đã phân thành 3 nhóm : nhóm lúa thơm, lúa không... có mức độ đa dạng Hình dạng hạt thu c nhóm thon và thon dài chiếm đa số là nguồn gen quý phục vụ công tác chọn giống lúa chất lượng Dựa trên 14 các tính trạng kiểu hình, 41 mẫu giống lúa với sự sai khác 0,08 phân thành 10 nhóm cách biệt di truyền [8] Ngô Thị Hồng Tươi và cs (2014) sử dụng 35 chỉ thị phân tử SSR đánh giá đa dạng di truyền 46 dòng /giống lúa cẩm gồm cả lúa nếp và tẻ được thu thập từ các