Phát triển và áp dụng kỹ thuật PCR trong chẩn đoán nhanh một số căn nguyên vi khuẩn gây tiêu chảy

A "" BOYTE BAo cAo KET QuA NGHIEN coo at TAl CAP BO Ten de tili: ~ .:! '-" , ;' 1'\ ~./ PHAT TRIEN V A AP DlJNG KY THU~ T PCR TRONG CHAN DO AN NHANH MOT s6 cAN NGUYEN VI KHUAN GAy TIEU CHAy Chu nhiem de t?ii: TS. Nglly~n Vii Trllng Co quan (t6 chuc) chu trl de t?ii: TruOng D~i b(}c Y Hfl NQi Ma so de t?ii (neu c6): Nam 2010 BQYTE ., , K ? A" A' '" K A BAO CAO KET QUA NGHIEN COl] DE TAl CAP BO Ten de tid: PHAT TRIEN vA AP DVNG KY THU~.T PCR TRONG CHAN DO AN NHANH MOT s6 CAN NGUYEN VI KHUAN GAy TIEU CHAy Chii nhi~m de ad: TS. Nguy~n Vii Trung Co quan (t6 chilc) chii tn de ali: TruOng D~i b4;)c Y Ha Nt)i Cap qmln ly: BQYte Ma so de tai (neu c6): Thffi gian th\fC hi~n: Ti:r thang 8 nam 2006 den thang 1 nam 2010 T6ng kinh phi' th\fc hi~n de tid: 350 tri~u d6ng Trong do, kinh phi' SNKH: 350 tri~u d6ng Ngu6n khac: Kh6ng Nam2010 Lm cam on DtS hoan thanh duqc cong trinh nay, thay m~t nh6m nghien cUu, toi xin bay t610i dun OIl sfiu sac t6i: - Lanh dc~lO Bq Y tc!, Vl;! Khoa hQC va Dao t~o, Vl;! tai chinh kc! toan: Co quan chu quan de tai da cho phep, c!p kinh phi va t~o mQi dieu ki¢n cho de tai. - Ban Giam hi¢u TnrOng D~i hQc Y Ha Nqi, BQ mon Vi sinh, Phong Quan Iy Nghien cUu khoa hQc, Phong Tai chinh kc! toan, Phong Giao tai, cac Phong ban lien quan: Co quan chu tri de tai da cho phep, t~o dieu ki¢n thu~n lqi ve thOi gian, kinh phi, tu v!n, dQc ban thao, g6p ycho nh6m nghien CUu dtS de tai c6 thtS duqc hoan thanh. - Ban lanh d~o Vi¢n Cac b¢nh Truyen nhiem va Nhi¢t d6i Qu6c gia (nay la B¢nh vi¢n B¢nh Nhi¢t d6i Trung uOIlg, Khoa Xet nghi¢m da cho phep, ung hq, t~o dieu ki¢n cho thanh vien nh6m nghien CUu tht;rc hi¢n mqt phan cong vi¢c trong de taL - cac thay, co, cac nha khoa hQc trong va ngoai BQ mon Vi sinh, trong va ngoai TruOng D~i hQc Y Ha Nqi da dQc, g6p y, thong qua cac bai bao khoa hQc, cac bu6i thong qua de cUOIlg, bao v¢ Khoa lu~n, Lu~n van duqc tht;rc hi¢n trong nghien CUu nay. - cac thanh vien nh6m nghien CUu da hc!t long tham gia va d6ng g6p cong suc, tri tu¢ cho nghien coo nay. Ha Nqi, ngay 18 thang 1 nam 2010 Chu nhi¢m de tai /&4~'/ TS. Nguyen Vii Trung BOVTt CONG HoA XA HOI cnu NGHiA VltT NAM s6:ti,A 1 IQ£)- BYT Doc hlp. Tu do - Hanh phuc Hil Nri, ngay (;,2 {hangJ l1am 200n QUYETDlNH Ve vi~c phe duy~t de tiii khoa hQc cong ngh~ cap B(> BO TRUONG BO Y TE Can cu Nghi dinh s6 49/2003/ND-CP ngay 15/5/2003 eua Chfnh phu quy d!nh ve ehue nang, nhi¢m VI:', quy~n h<,ln va co eau t6 ehue B¢ Y t€; Can eu Qui d,nh s6 16/2003/QD-BKHCN ngay 18/7/2003 eua B¢ Khoa hQe Ceng ngh~ ve vi~e tuy~n ehQn can b¢ va co quan ehu trl th!!e hi¢n eeng trlnh nghien etiu khoa hQe va trien khai kg thu~t; Can eu Bien ban hQp ngay 23/6/2006 eua H¢i dong KHCN cap B¢ danh ghl ho so dang ky tuy~n ehQn t6 ehue va eel nhan dang ky eM tri de tai KHCN cap B¢ dtrqe tMnh I~p ti,li Quyet dinh 56 1999/QD- BYT ngay 07/6/2006 eua B¢ tnr6ng B¢ Y te; Xet de ngh! eua Gng VI;! tnrang VI;! Khoa hQc - Dao t~o, ' , Q UYET DlNH Dieu 1. Phe duy¢t de tai khoa h9C c6ng ngh¢ cap BQ: Phdf friln va dp d~mg ky thucJt peR Irong cha'n dodn nhanh m(Jt s6' clin nguyen gay fieu chay. - Chu nhi¢m de tai: TS Nguyen va Trung - Dan vi chu trl de t~ti: Tntirng D~/i hpc Y Ha N¢i - Kinh phf dl! toan: 350000 OOOd (Ba tram nam mum' fri¢u dong) tir ngiln sach sl! nghi¢p khoa h9c - Thai gian thl!C hi¢n: 36 thdng (2006 - 20(9) Dieu 2. Thu trUang dan vi chu trl va chu nhi¢m de tai c6 wkh nhi¢m tri~n khai cac n¢i dung nghien cUu theo de cuang d1:l dUQ'c phe duy¢t, djnh ky bao cao ket qua ' ',,- ve co quan quan ly va thl!c hi¢n m9i quy djnh hi¢n hanh cua Nha nu6c ve ho~t d¢ng Khoa h<;>c c6ng ngh¢ va chi lieu tai chinh. Dieu 3. Quyet dinh nay co hi¢u Il!c k~ llr ngay kyo Dieu 4. Cac Ong, Ba V~I truang V~I Khoa h9C va Dao tl;lo, VI:! truang V~I Ke hO',lch - Tai chinh, Thtl truang Dan vi chu lrl va chu nhi~m de tai ch!u (rach nhi¢m thi hanh quyel d~nh nay. Ndi nht;in : KT. BO TRUONG Nhu dieu 1. 4 - Luu: VT. K2DT(2) THaTRUONG - 'a~~I/;j; /;/,??t~- - ! . I :' '. 'Jf. / //2 ~ " "-~/'y' ,.;.' ' /'1': t~.<ifr'f.';·:: ,+.",! Le NgQc TrQng BOYTE CONG HoA XA HOI CHU NGHIA VItT NAM Doc lap - Tu do - Danb pbuc so: ~Al.5l /BYT -K2DT v Iv gia hi;Ul thl;lc hi¢n de tai Ha N¢i, ngay 2 i thtmg 12 nam 2009 NCKHc&pB¢ IKHANj Kinh gm : Truemg D/;\i hQc Y Ha NQi BQ y te nh~n duqc cong van s6 853/CV-YHN-NCKH ngay 14 thang 9 nam 2009 cua Truemg D/;\i hQc Y ha NQi ve vi~c xin gia h/;\n thgc hi~n de tai KHCN cap BQ: Phat trien ky thu~t PCR trong chan doan nhanh mQt s6 can nguyen tieu chay. BQ Y te dong yde chu nhi~m de tai va truemg D/;\i hQC Y Ha NQi keo dai thOi gian thgc hi¢n de tai den 2/2010 vi nhiffig ly do khach quan. De nghi thit trubng co quan chit trl chi d/;\o chu nhi~m de tai va nh6m nghien cUu khan truang hoan thi¢n cac nQi dung nghien cUu de de tai duqc nghi¢m thu dung thOi h/;\n tren. Ncti nh{in: TL. BO TRUONG - Nhutn!n; KT. Vl} ,,~HOA HOC VA DAo T 1).0 IT. Nguyen Thi Kim Tien (hie); // ./.' ,.;;;,;y;;! 't 'r Tt? - Luu: VT; K2DT. l'<,'::~~·:'~P~.r ~itze'~ TR uONG J '0'" .',', i ~., ""'.',".' ' \ \ ~l "-~-;' ,-i.j, l-::-r~. " ',". I l' , ~'j~/ 7.1'.' __ .:-J -~-t;, ,.;t~-"'':'~ Tf~n Tbj Oanb A " A ? _ A TruOng D:;li hQc Y Hil N e)i CONG HOA XA HOI CHU NGHIA VI:eT NAM Be) mon Vi sinh De)c l~p - Tq do - H~nh phuc *********** *********** ? "A A BAN XAC NHAN CHI TIEU • 1. Ten de tili: "Phat triln kj thu(it peR trong chtin doan nhanh m()t so' cdn nguyen gay tieu chdy" 2. Chu nhi~m de tili: TS. Nguyen va Trung 3. Co quan chu tfi de tili: Truang D~i hQC Y Ha NQi 4. ThOi gian thqc hi~n de tili: 6/2006 - 2/2010 (c6 gia h~n de tai kern theo) 5. T6ng kinh phi thqc hi~n de tili: 350 tri¢u dong; trong d6 kinh phi tit ngan sikh 1a 350 tri¢u dong 6. T6ng kinh phi da hoiln bIt chling til thanh tm!n d.! thqc hi~n de tili v6i phong tili chinh ke tm!n (tinh den 112010): 334.900.000 dong 7. Kinh phi con l~i d.! nghi~m thu: 15.100.000 dong HaN~_~' l/thtmg01 nam2010 1 /9:{~" g". chinh ke toan /I / I' ~" ;r ( 1.0 \ t ;() , \ ~ . ,\)- " ,\ \ \ I ,,\p ,",,-, I ~ l . I \ y\\.~ ." \ , !\,O' \\~.~l ~~. \_",~. ) j ~ ~ . y \1tf;II'. ! ~ () "" \,=];_. /' v~ Til! Tuylt .\ ,,-~~ . crrf34~ - PhI} ll}c 4 Danh sach tac ghl cua d~ titi KH&CN cAp BQ (Danh sach nhfrng ca nhan da dong gop sang t~o chu y6u cho d~ tai duQ'c s~p x6p thea thu tl,l' da thoa thu~n) 1. Ten D~ tai: Ph at tri~n va ap dl}ng ky thu~t PCR trong ch§n doan nhanh mQt s6 din nguyen vi khu§n gay tieu chay • Mii s6: 2. Thuqc Chuang trinh (n6u co): 3. Thai gian thl,l'c hi~n: Til thang 8 nam 2006 d6n thang 1 nam 2010 4. Co quan chu tri: TruOng D~i hQc Y Ha Nqi 5. Bq chu quan: Bq Y t~ 6. Danh sach tac gia: HQc ham, hQc vi, hQ va ten TT Chftky / ! r:;z" ,/ ! TS. Nguy~n va Trung 1 "if,#' 2 Ths. Le Thi Tuyet Trinh ~ 3 CN. Nguy~n Thi H6ng Nhung 4 CN. Le Thi Hai r~ -11: fol . 5 KTV. Nguy~n Hai Phong ,9./,~ 6 CN. Nguy~n Minh Thu v 1/~ ' I I . -_ •. _ • _ , I Thu tnrang CO' quan chu tri d~ tai TL (H9, ten, chfr ky va dong dclu) f;~-: -~? /;J'/ *t~&yv£v,w.f;Z; ",1 7 '{ ~:y <f , 7' . ' ' ,. / "'~j G \ \ f (aVO~ .( \ ",,' I !,\'P' .oc.·\ ~ 1,"'-"\ \ '- \~) ;,.; • #~~, \.:. "-! '\<~:~y BOYTE CONG HoA xA H(H CHU NGHIA V[~T NAM TRDONG DA.I HOC Y HA N(H DQc l~p - TJ! do - H~nh phuc S6: UO /QD-YHN-NCKH Hd NQi, ngdy~O t)zfmg 01 nam 2010 QUYETD~NH Vi vi¢c thanh ltJ,p H~i dong Khoa hqc cong ngh¢ nghi¢m thu cu sa de' tai cap Bf) Hlltu TRUONG TRUONG D~I HOC Y HA N(H - Can Cll ngh! dinh 56 452/ZYD-ND3 ngay 28-1-1955 cua HQi d6ng chinh phu qui dinh nhi¢m V\l, quyen hi:;ln t6 ChllC b¢ may twang Di:;li h9c Y. - Can Cll Quyet dinh 56 13/2004/QD ngay 25/5/2004 cua B¢ Khoa h9C Cong ngh~ ban hfmh qui dinh danh gia va nghi~m thu de tai khoa h9C va cong ngh~. - Thea de ngh! cua Gng chu nhi~m de tai ci:lp B¢, GngTruang phong Qmin 1y Nghien CUu Khoa h9c. QUYETBlNH Dh!u 1. Nay thanh l~p HQi dong co s6 nghi~m thu d~ tai cap bQ : " Phtit triin va tip d",ng kj thutJ-t peR trong chdn doan nhanh mf)t so ciin nguyen vi khudn gay tieu chdy" Chll nhi~m d~ tai: TS. Nguyen Vo Trung (co danh stich H¢i d6'ng kern theo). Dieu 2. HQi dong nghi~m thu co nhi~m VlJ. t8 chuc danh gia ket qua nghien CUu clla d~ tai thea qui dinh v~ th~ thuc danh gia va nghi~m thu cac d~ tai khoa h9C cong ngh~ do B9 Khoa h9C Cong ngh~ ban hanh. Dieu 3. Quyet dinh nay co hi~u l\l'c k~ tu ngay ky ,HQi dong se giai th~ sau khi hoan thanh nhi~m V\!. Dieu 4. Ong chu nhi~m d~ tai, ong truOng phong QL.NCKH va cac ong (ba) co ten trang di~u 1 chiu trach nhi~m thi hanh quyet dinh nay. KT.Hlltu TRUONG .~.; ~IItU 'tRUONG Noi nJuln.' ~J/ /~,,"\ / \,"' - Nhudieul,4 . ~7 / ~I / - ' '~ l(hO/ TRU'c'iN:"':' \ i - LlIU QL.NCKH, HCfH ! r '" • 'e ' ''' \' ' i v.'" t"t ~ '''' ( 1\ ;;t:l \ • _ • h' I '",: .\ \ HA !,.I(" • ~ •• .1., : ,ij .' \, ',' \ " /~ '~ ' / /~j ~~¢hanhVdn ;r':-'~-="::::'::::- ~ '(' .~,:-, ~ ~. ;;7 ,r-"' ~ '~ ~b~(SkC~lOI D6NG KHCN NGHI~M THU CO SO DE TAl CAP BO !,(C~'·i C , , (~ )' I ;! li~~~i.;)44~~~~!nh s&' "4 0 / QD-YHN-NCKH ngay.z,.O thang 01 nam 2010 ) \\"",,,-, -_ -' //;/ . ,'/ '1!f /;f T~ff~t~( Phat trien va ap dl;lng ky thuf;tt PCR trong chftn do an nhanh mc)t so can nguyen vi khuftn gay tieu chay Chu nhi¢m de tai: TS. Nguyen Vii Trung 1 GS.TS. Le Huy Chinh 2. PGS. TS. Bui Khac H~u 3. PGS.TS. Phan Le Thanh Huang 4. TS. Nguyen Van Kinh 5. PGS.TS. Ph:;tm Van Ca 6. l1:_ , TS. Ngnyen Thu Hong 7. PGS.TS. Nguyen NgQc Hung TruOng D:;ti hQc Y Ha Nqi TruOng D:;ti hQc Y Ha Nqi Vi~n V ¢ sinh dich te TW B¢nh vi~n nhi~t dai TW B¢nh vi~n nhi~t dai TW HQc vi~n Quan Y TruOng D:;ti hQc Y Ha Nqi Thu ki hc)i dong: ThS.Vii Th! V1!f1g BS. Nguyen Trung Hie'u Chu tich Hqi dong Nh~n xet 1 Nh~n xet 2 Uyvien Uy vien Uy vien UYVie~ BOYTE CONG HoA xA HOI CHU NGHIA VIeT NAM TRUONG D~I HQC Y HA NQI DQc l~p Tv do H~nh phuc BIEN BAN HQP HQI DONG'KHOA HQC CONG NGHE NGHIEM THU cAp co so DE TAl cAp BO . . HQi d6ng khoa hQc cong ngh~ nghi~m thu co sa dS tai c~p BQ duQ'c tha.nh l~p theo quy~t dinh 220/QD-YHN ngay 20 thing 01 nam 2010 cua Hi~u tWOng twang D~i hQc Y Ha NQi da ti8n hanh phien hQp van h6i 14hOO ngay 28 thing 1 nam 2010. Ten d~ tai: Phat tri~n va ap dyng ky thu~t PCR trong chAn doan nhanh mQt sA din nguyen vi kh uAn tieu chay Cho nhi~m d~ tai: TS. NguySn Vii Trung - D~i hQc Y Ha NQi Dia di@m hQp: HQi twang tfuIg 3 nha AI, Truong D~i hQc Y Ha NQi ThiYi gian hQp: Ngay 28 thing 01 nam 2010 THANH pHAN DV PHrEN HQP: Cac thanh vien HQi d6ng thea quy~t dinh 220/QD-YHN, ngay 20/0112010. Trong do s3 thanh vien co rn~t/tbng s3: 7 thanh vien va 2 thu kY RD. S3 thanh vien v~ng m~t: 0 nguai Khach mai : - D~i di~n twang D~i hQc Y Ha N9i. - Cac thanh vien tham gia d8 tai: NQIDUNG: I. Cong bA quy~t dinh thanh l~p HQi dAng. Thu kj HQi dAng bao cao v~ tho tyc qui dinh nghi~m thu d~ tai theo qui dinh coa quy~t dinh 13/2004 coa BQ Khoa hQc cong ngh~. II. Cho nhi~m d~ tai trinh bay k~t qua coa d~ tai va cac y ki~n dong gop coa H A • Ql uong. ;tA HQi d6ng da nghe TS. Vfi Trung trinh bay ban bao cao nghi~rn thu dS tai nghien CUu trong thai gian 15 phut. HQi d6ng da nghe hai uy vien phan bi~n dQC ban nh~ xet danh gia k8t qua thvc hi~n dS tai (co ban nh~n xet kern theo). Cac thanh vien hQi d6ng da phat biSu y ki~n: 1. VS muc dQ hoan thanh cua d8 tai: d~y du vS s3 luqng va chUng lo~ thea d8 cuang. M\lc tieu so v6i dS cuang trong bao cao nghi~rn thu tac gia da chi ti8t xay 1 [...]... trực tiếp một số căn nguyên gây tiêu chảy: Escherichia coli gây tiêu chảy, Shigella spp., Salmonella spp., Vibrio cholerae 2 Phát triển kỹ thuật PCR đa mồi (multiplex PCR) trong xác định trực tiếp Escherichia coli gây tiêu chảy, Shigella spp., Salmonella spp., Vibrio cholerae 3 Nghiên cứu triển khai áp dụng kỹ thuật PCR đa mồi trong xác định trực tiếp một số căn nguyên vi khuẩn gây tiêu chảy từ bệnh... Nguyễn Vũ Trung và cộng sự đã có những nghiên cứu bớc đầu về PCR trong chẩn đoán một số căn nguyên vi khuẩn gây tiêu chảy [40, 55, 56] Tuy nhiên, vi c đa kỹ thuật này vào sử dụng đại trà cũng nh phát triển các kỹ thuật PCR để chẩn đoán cùng một lúc nhiều căn nguyên, hoặc xác định vi khuẩn không qua nuôi cấy vẫn còn là một vấn đề đang cần đợc nghiên cứu sâu thêm PCR là kỹ thuật có độ nhạy và độ đặc hiệu... bao gồm virus, vi khuẩn, và ký sinh trùng Trong đó, căn nguyên vi khuẩn đóng vai trò quan trọng vì bệnh tiêu chảy do vi khuẩn gây ra chiếm một tỷ lệ cao, nhiều trờng hợp có thể chẩn đoán nhanh chóng, chính xác và điều trị bằng kháng sinh Ngoài ra, vi c phòng bệnh tiêu chảy do vi khuẩn rất hiệu quả Các vi khuẩn đóng vai trò quan trọng trong gây bệnh tiêu chảy bao gồm các Escherichia coli gây tiêu chảy. .. QUAN 1.1 Tiêu chảy và căn nguyên gây bệnh tiêu chảy Tiêu chảy là một vấn đề y tế toàn cầu Hàng năm, có khoảng 1 tỷ trờng hợp bị tiêu chảy, trong đó, từ 2 đến 4 triệu trờng hợp tử vong Bệnh chủ yếu gặp ở trẻ em dới 5 tuổi [3, 7, 29, 52] Tiêu chảy là một trong những nguyên nhân hàng đầu về tỷ lệ mắc và tử vong ở trẻ em, đặc biệt tại các nớc đang phát triển Các căn nguyên vi sinh vật có thể gây tiêu chảy. .. thuyết, PCR có thể phát hiện một đoạn gen đặc hiệu từ một tế bào vi khuẩn trong bệnh phẩm Nh vậy, nó không những góp phần trong quá trình chẩn đoán, điều trị, phòng bệnh mà còn là một kỹ thuật đợc dùng trong những nghiên cứu về dịch tễ học phân tử các căn nguyên gây bệnh Nó là cơ sở cho vi c nghiên cứu và phát triển vaxcin dựa trên các yếu tố độc lực của các vi khuẩn này Hầu hết các kỹ thuật PCR đợc sử dụng. .. nghiên cứu của Gil và cộng sự [25] Các nghiên cứu tại các vùng dịch tễ khác nhau cho các kết quả khác nhau về tỷ lệ phân lập vi khuẩn tả từ các bệnh phẩm phân tiêu chảy Nhng tất cả đều khẳng định vai trò quan trọng của vi khuẩn tả trong bệnh tiêu chảy nói chung và bệnh tả nói riêng Hiện nay, để chẩn đoán các căn nguyên gây tiêu chảy, một số kỹ thuật vi sinh thông thờng đã và đang đợc áp dụng tại các phòng... trong vi c xác định các căn nguyên vi khuẩn nói chung và vi khuẩn gây tiêu chảy nói riêng Trong đó, PCR (Polymerase Chain Reaction) là một kỹ thuật có nhiều u điểm nh độ nhạy và độ đặc hiệu rất cao (gần 100%), thời gian xác định rất ngắn (chỉ vài giờ hoặc trong vòng 24 giờ), có thể xác định cùng một lúc nhiều căn nguyên, và chi phí không quá tốn kém Trên thế giới, PCR đã và đang đợc nghiên cứu cũng nh áp. .. nh áp dụng để chẩn đoán các căn nguyên gây bệnh tiêu chảy hay gặp nh E coli gây tiêu chảy, Salmonella spp., Shigella spp., V cholerae, C jejuni và enterotoxigenic Bacteroides fragilis [15, 16, 28, 30, 33, 37, 38, 57] Nhờ có kỹ thuật này, tỷ lệ xác định các vi khuẩn nói trên cao hơn nhiều so với kỹ thuật nuôi cấy, phân lập thông thờng Ngoài ra, kỹ thuật PCR còn giúp phân biệt căn nguyên gây tiêu chảy. .. các vi khuẩn nói chung và vi khuẩn gây tiêu chảy nói riêng, đều thông qua bớc cấy bệnh phẩm phân trên các môi trờng đặc, rồi tiến hành chọn lựa các khuẩn lạc để 1 tách chiết ADN của vi khuẩn cho phản ứng PCR Nh vậy, cần ít nhất 24-30 giờ để phát hiện đợc sự có mặt của vi khuẩn gây tiêu chảy trong phân [40, 46, 54] Trên lâm sàng, vi c xác định nhanh các căn nguyên vi khuẩn có ý nghĩa rất quan trọng trong. .. Bệnh tiêu chảy năm 1982, số lợt tiêu chảy hàng năm trên mỗi trẻ đã giảm xuống, từ 2,2 lợt năm 1985 xuống còn 1,8 lợt năm 1990, và 1,3 lợt năm 2003 Tỷ lệ tử vong do tiêu chảy cũng giảm 2,4% ; 1,4% và 0,7% trong lần lợt các năm 1986-1987, 1990-1991, và 2003 [7] Có nhiều tác nhân vi sinh vật gây tiêu chảy nh vi khuẩn, vi rút, ký sinh trùng Trong đó, các căn nguyên vi khuẩn đóng vai trò quan trọng Một số vi