Bên cạnh những kết quả trong công tác tổ chức kế toán doanh thu, chi phí và xác định kết quả tiêu thụ mà kế toán Viện đã đạt được, còn có những tồn tại mà Viện có khả năng cải tiến và hoàn thiện nhằm đáp ứng tốt hơn nữa yêu cầu trong công tác quản lý của Viện.
Tuy bộ phận kế toán đã có nhiều cố gắng nhưng do khối lượng công việc lớn, công việc kế toán tại một doanh nghiệp vừa xây lắp, vừa tư vấn các dịch vụ,... nên nhân viên kế toán phải đảm nhận nhiều phân hành kế toán khác nhau.
Bộ máy kế toán được tổ chức theo hình thức kế toán tập trung là khó có thể giám sát được tình hình thực tế từng công trình xây dựng hay dự án tư vấn đang thi công.
Về tổ chức hạch toán ban đầu
Hệ thống chứng từ và vận dụng chứng từ tại Viện luôn thực hiện theo đúng yêu cầu quy định, tuy nhiên việc luân chuyển chứng từ giữa các phòng ban và bộ phận còn chậm làm ảnh hưởng đến việc xử lý và phản ánh các nghiệp vụ kinh tế phát sinh. Cụ thể là khi các bộ phận khác mua vật tư hàng hóa, cũng như khi phát sinh chi phí mua ngoài cho các công trình xây dựng thì khâu chuyển các chứng từ nhiều lúc còn chậm trễ. Do đó, gây nhiều khó khăn trong hạch toán một cách chính xác kịp thời, cũng như xác định kết quả kinh doanh.
Về trích lập các khoản dự phòng
Viện không trích lập các khoản dự phòng phải thu khó đòi và dự phòng giảm giá hàng tồn kho, dự phòng tài chính.Trong khi đó, lĩnh vực mang lại lợi nhuận lớn nhất của Viện là công trình xây dựng, cung cấp các dịch vụ khoa học công nghệ trong lĩnh vực xây dựng, giao thông. Giá cả nguyên vật liệu trong ngành biến động bất thường không ổn định, tùy theo cung cầu trên thị trường và các chính sách kích cầu của Nhà nước.
Mặt khác, Viện thường bán hàng và cung ứng dịch vụ cho khách hàng theo các hợp đồng kinh tế có giá trị lớn, nên khách hàng khi mua thường không trả tiền ngay hoặc không trả hết trong một lần, dẫn đến Viện luôn tồn tại một số lượng lớn các khoản phải thu.
Việc không trích lập các khoản dự phòng đồng nghĩa với việc Viện không dự kiến trước các tổn thất. Do vậy, khi những rủi ro kinh tế bất ngờ xảy ra thì Viện khó có thể xử lý kịp thời. Khi đó, tình hình kinh doanh của Viện sẽ chịu những ảnh hưởng nặng nề hơn với những tổn thất không đáng có, ảnh hưởng đến việc phân tích đánh giá hoạt động cũng như tình hình tài chính.
CHƢƠNG 3: HOÀN THIỆN CÔNG TÁC KẾ TOÁN TẠI VIỆN CÔNG NGHỆ XÂY DỰNG CẦU ĐƢỜNG PHÍA NAM