Tại TP.HCM, hệ thống máy ATM tuy phát triển nhanh, nhưng phân bố lại chưa đều. Số lượng máy tập trung chủ yếu ở các quận nội thành, trong khi ở khu vực ngoại thành còn hạn chế. Sự phân bố chưa đều còn ở chỗ, có nơi nhu cầu lớn, thì chỉ đặt một máy, có nơi nhu cầu ít hơn, lại đặt 2 hay nhiều máy hơn tại cùng một vị trí. Điều này đã gây nhiều bất tiện cho người sử dụng, nhất là trong thời kỳ cao điểm, như: thời điểm trả lương, mua sắm Tết…
Khách hàng dùng thẻ ATM phần lớn là để rút tiền, chứ không phải thanh toán. Việc ATM chủ yếu chỉ phục vụ nhu cầu rút tiền tiền mặt của khách hàng là một sự lãng phí lớn, trong khi các tính năng, như: gửi tiền, thanh toán chưa được sử dụng nhiều.
Chất lượng các máy ATM cũng còn nhiều vấn đề phải bàn. Tình trạng các máy ATM "chết" không có tiền, treo máy, hệ thống đường truyền hay bị tắc nghẽn, bị nuốt thẻ... gây phiền phức, khiến nhiều khách hàng quay lưng với dịch vụ thẻ ngày càng nhiều.
Nhiều trung tâm mua sắm, bán lẻ được trang bị máy POS, nhưng việc thanh toán của khách hàng qua phương thức này còn khiêm tốn. Nhiều điểm chấp nhận thẻ hiện nay vẫn chưa mặn mà lắm với việc khuyến khích khách hàng thanh toán bằng thẻ, vì phải trả một khoản phí cho ngân hàng. Do vậy, có tình trạng đơn vị chấp nhận thẻ thu phụ phí của khách hàng thanh toán bằng thẻ, khiến khách hàng muốn chuyển sang thanh toán bằng tiền mặt.
Việc NHNN đồng ý cho các NHTM thu phí khi rút tiền tại máy ATM cũng tác động không nhỏ đến sự tăng trưởng khách hàng. Bởi, khách hàng cho rằng, ngân hàng đang sử dụng tiền của họ với lãi suất thấp lại còn thu phí là bất hợp lý.
Bên cạnh đó, một số ngân hàng chưa tích cực hoàn thành việc chuyển đổi mã tổ chức phát hành thẻ (mã định dạng ngân hàng - BIN) để mở rộng các dịch vụ giá trị gia tăng cho thẻ thanh toán. Công tác thông tin, tuyên truyền về hoạt động thanh toán thẻ của các NHTM đã có nhiều cố gắng, nhưng vẫn chưa đạt yêu cầu.