Một hệ thống KSNB dù được thiết kế tốt thế nào đi chăng nữa nhưng nếu không có sự kiểm tra giám sát tốt thì hệ thống đó sẽ mất dần tính hữu hiệu. Hơn nữa, thông qua việc kiểm tra giám sát giúp công ty thấy được những khiếm khuyết trong thiết kế và vận hành hệ thống.
Mặt khác, khi điều hành kinh doanh thay đổi thì hệ thống KSNB được thiết kế trước đây có thể không còn phụ hợp trong tình huống mới, hoạt động giám sát phải được đổi mới liên tục, cần thường xuyên tham mưu với ban lãnh đạo trong việc theo dõi chặt chẽ về chức năng nhiệm vụ của từng bộ phận trong quy trình kiểm tra góp phần phát hiện ra các nguy cơ dẫn đến rủi ro ngay từ ban đầu nhằm có biện pháp phòng ngừa sớm nhất, chứ không để tình trạng rủi ro đã xảy ra rồi mới tìm cách khắc phục như hiện nay. Hoạt động giám sát phải được tiến hành dựa trên cơ
sở các thông lệ và chuẩn mực quốc tế về quản lý rủi ro và an toàn hoạt động. Vì vậy, việc kiểm tra giám sát hệ thống KSNB cần phải được quan tâm ở mức độ cần thiết. Cụ thể như sau:
Kiểm tra giám sát thường xuyên: ngoài việc thiết kế hệ thống để các nhân viên và các phòng ban thực hiện việc giám sát lẫn nhau thì các cấp quản lý trong PHS phải thường xuyên kiểm tra giám sát việc thực hiện hằng ngày trong phạm vi quản lý. Một mặt giám sát việc thực hiện của nhân viên, mặt khác người quản lý cũng phát hiện được những chi tiết chưa hợp lý của chu trình. Giám sát thường xuyên cũng bao gồm việc ghi nhận những báo cáo về các khiếm khuyết của hệ
thống của những nhân viên cấp dưới trực tiếp thực hiện.
Phân tích đánh giá định kỳ: định kỳ các cấp quản lý tham gia trong chu trình ngồi lại cùng nhau để phân tích, đánh giá sự hữu hiệu, sự phù hợp với điều kiện hiện tại của các chu trình liên quan. Ban giám đốc cũng có thể đưa ra sự đánh giá thông qua những trao đổi với ban kiểm soát, kiểm toán viên nội bộ, kiểm toán viên độc lập hoặc những nhà tư vấn về hệ thống KSNB hiện tại của công ty.