Sở dĩ có tình trạng trên là do:
- Hệ thống pháp luật Việt Nam, mà trực tiếp là pháp luật về lao động, pháp luật về Thanh tra chưa hoàn thiện, chưa đáp ứng được tốt nhất yêu cầu mà thực tiễn đặt ra. Những "khoảng trống", những mâu thuẫn, bất cập của pháp luật đã hạn chế sự vận hành, năng lực và hiệu quả hoạt động của cơ quan thanh tra nói chung và Thanh tra lao động nói riêng.
- Nhận thức về công tác thanh tra nói chung và Thanh tra lao động nói riêng của các cơ quan, tổ chức, cá nhân chưa toàn diện, chính xác. Các đối tượng thanh tra coi đây là công việc gây phiền hà chứ không phải là việc tuân thủ pháp luật thanh tra. Từ đó họ luôn tìm cách đối phó, che dấu hành vi viche giấuáp luật, không quan tâm nghiên cứu, thực hiện các kiến nghị thanh tra… Về phía cơ quan thanh tra và cán bộ thanh tra, chưa coi trọng mục đích quản lý nhà nước; có nhiều trường hợp cán bộ thanh tra lạm dụng quyền lực và vị thế để sách nhiễu đối tượng thanh tra, chưa chú trọng nâng cao kỹ năng, nghiệp vụ trong hoạt động thanh tra.
- Sự phối, kết hợp giữa Thanh tra lao động với các cơ quan, đơn vị khác trong công tác thanh tra còn nhiều hạn chế, do đó, ảnh hưởng trực tiếp đến kết quả, hiệu quả thanh tra.
- Cơ chế hoạt động và tổ chức của Thanh tra lao động thời gian qua đã có nhiều thay đổi. Tuy nhiên, chưa đáp ứng được yêu cầu trong tình hình mới. Hoạt động thanh tra mới chỉ chú trọng đến số lượng mà chưa quan tâm đến hiệu quả. Số lượng Thanh tra viên chưa theo kịp tốc độ phát triển của các doanh nghiệp trong nước. Do đó, chưa đáp ứng được yêu cầu, đòi hỏi của công tác quản lý nhà nước.
- Sự cải cách tài chính công và chế độ đãi ngộ đối với cán bộ, công chức chưa đáp ứng được nhu cầu tối thiểu của cán bộ, công chức. Do đó, không thu hút, giữ chân được nhiều cán bộ có trình độ, tâm huyết làm việc trong cơ quan thanh tra.
- Mặc dù Việt Nam đã tham gia phê chuẩn nhiều Công ước quốc tế về lao động, Thanh tra lao động, nhưng tổ chức và hoạt động của hệ thống Thanh tra nói chung và Thanh tra lao động nói riêng chưa theo kịp với tiến trình hội nhập của thế giới.
Chương 3