Một là, hạn chế trong quy định về cơ cấu tổ chức của cơ quan thanh tra Khoản 1, Điều 23 Luật Thanh tra quy định: "Cơ quan thanh tra theo ngành, lĩnh vực gồm có: a) Thanh tra bộ, cơ quan ngang bộ (gọi chung là Thanh tra bộ; b) Thanh tra sở". Theo tinh thần này, không có tổ chức thanh tra chuyên ngành ở cục, tổng cục thuộc bộ. Ở mỗi bộ chỉ thành lập một tổ chức thanh tra, đó là Thanh tra bộ. Thanh tra bộ sẽ có một bộ phận làm nhiệm vụ thanh tra hành chính và một bộ phận làm nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành. Tuy nhiên, khi triển khai thực hiện Luật Thanh tra, Chính phủ và các bộ ban hành các văn bản pháp luật có những quy định không phù hợp với quy định của Luật Thanh tra, dẫn đến tình trạng thanh tra chuyên ngành được tổ chức khác nhau (Khoản 1 Điều 5 Nghị định 31/2006/NĐ-CP quy định "Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội có Thanh tra Bộ và Thanh tra Tổng cục dạy nghề"). Luật Thanh tra vừa được quốc hội thông qua tại kỳ họp thứ 8 Quốc hội khóa XII (sau đây gọi là Luật Thanh tra 2010) quy định: Cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành bao gồm tổng cục, cục thuộc bộ...không thành lập cơ quan thanh tra chuyên ngành độc lập. Hoạt động thanh tra chuyên ngành do người được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành thực hiện (Khoản 1 Điều 30). Theo nhận định chung thì khi Luật này có hiệu lực, việc triển khai thực hiện quy định trên đây sẽ gặp một số khó khăn nhất định về quản lý cũng như hoạt động trên thực tế.
Hai là, hạn chế trong quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực lao động
Nghị định số 47/2010/NĐ-CP ngày 06/5/2010 quy định xử phạt hành chính về hành vi vi phạm pháp luật lao động đã thay thế và khắc phục những quy định không còn phù hợp với thực tiễn của Nghị định số số 113/2004/NĐ- CP ngày l6/5/2004 quy định về xử phạt hành chính về hành vi vi phạm pháp luật lao động. Theo đó, mức phạt cao nhất trong Nghị định số 113 là 20.000.000 đồng nay được quy định là 30.000.000 đồng; một số hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực lao động chưa được quy định trong Nghị định số 113 nay được bổ sung trong Nghị định số 47/2010/NĐ-CP. Tuy nhiên, tại Điều 23 Nghị định này không quy định về thẩm quyền xử phạt của Chánh Thanh tra Tổng cục dạy nghề. Trong khi đó, tại Khoản 5 Điều 12 Nghị định số 31/2006/NĐ-CP lại quy định thẩm quyền này của Chánh Thanh tra Tổng cục dạy nghề là "xử phạt hành chính theo quy định của pháp luật". Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính cũng không có quy định này. Như vậy, vô hình dung, có khoảng trống trong việc dẫn chiếu pháp luật hoặc đó là sự không thống nhất trong quy định của pháp luật lao động về thanh tra và xử phạt vi phạm hành chính.
Ba là, về thẩm quyền ra kết luận thanh tra
Thanh tra lao động nói riêng và Thanh tra Lao động - Thương binh và Xã hội nói chung tuân thủ các quy định của pháp luật Thanh tra về thẩm quyền ra quyết định thanh tra. Theo quy định, Trưởng đoàn thanh tra không được quyền ra bản kết luận thanh tra, mà việc ra văn bản kết luận thanh tra thuộc phạm vi, nhiệm vụ, quyền hạn của người ra quyết định thanh tra là thủ trưởng cơ quan thanh tra (Điều 36, Điều 43 Luật Thanh tra). Quy định này không phù hợp trên thực tế. Vì, Trưởng đoàn thanh tra và Thanh tra viên trong đoàn là người trực tiếp tiến hành thanh tra, trực tiếp tiếp xúc và làm việc với đối tượng thanh tra, là người thu thập tài liệu, chứng cứ, lập hồ sơ thanh
tra, nắm rõ diễn biến vụ việc. Tuy nhiên, Trưởng Đoàn thanh tra không được ra kết luận thanh tra - một văn bản quan trọng phản ánh diễn biến, tình tiết của vụ việc, nó đề xuất biện pháp xử lý và đưa ra kiến nghị. Điều đó đồng nghĩa với việc Trưởng đoàn thanh tra không phải chịu trách nhiệm về kết luận thanh tra. Đây là nguyên nhân dẫn đến việc nảy sinh tình trạng xử lý nội bộ, kiểm điểm, phê bình từ phía lãnh đạo cơ quan thanh tra; dẫn đến tình trạng thanh tra hời hợt, thiếu trách nhiệm từ phía Trưởng đoàn thanh tra và Thanh tra viên. Tuy nhiên, Luật Thanh tra 2010 vẫn giữ nguyên quy định này, và bổ sung quy định về xử lý hành vi vi phạm của người ra quyết định thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra, Thanh tra viên...
Bốn là, về chế tài bảo đảm thực hiện kết luận, quyết định xử lý về thanh tra
Pháp luật Thanh tra quy định trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan trong việc thực hiện kết luận, quyết định xử lý về thanh tra trong việc áp dụng các biện pháp để thực hiện trách nhiệm của mình được xác định trong kết luận, quyết định xử lý về thanh tra, và trách nhiệm báo cáo kết quả thực hiện với cơ quan đã yêu cầu trong thời hạn 10 ngày (Điều 47 Nghị định số 41/2005/NĐ-CP ngày 25/3/2005 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thanh tra). Tuy nhiên, pháp luật về thanh tra lại chưa có các quy định xử lý vi phạm về thời hạn cũng như trách nhiệm áp dụng các biện pháp thực hiện kết luận thanh tra, trách nhiệm báo cáo kết quả thực hiện với cơ quan đã yêu cầu của đối tượng phải thực hiện kết luận, quyết định xử lý về thanh tra. Do đó, các cuộc thanh tra dù có chất lượng, đầu tư nhiều thời gian, công sức nhưng vẫn mang tính "nửa vời", không đạt được mục tiêu triệt để. Những hạn chế này đã được khắc phục trong Luật Thanh tra 2010 (Điều 41).
Năm là, một số quy định về thủ tục thanh tra còn bất cập, không phù hợp Trên thực tế, không phải cuộc thanh tra nào cũng tiến hành theo thủ tục chung quy định tại Quyết định 2151/2006/QĐ-TTCP ngày 10/11/2006 ban
hành quy chế hoạt động của Đoàn Thanh tra và Thông tư số 02/2010/TT-TTCP ngày 02/3/2010 quy định quy trình tiến hành một cuộc thanh tra. Tại điều 8 Thông tư 02 quy định thông báo về việc công bố quyết định thanh tra, Điều 9 quy định về công bố quyết định thanh tra. Tuy nhiên, Điều 187 Bộ luật Lao động 1994 quy định quyền thanh tra, điều tra những nơi thuộc đối tượng, phạm vi thanh tra bất cứ lúc nào mà không cần báo trước của Thanh tra viên lao động. Tại Điều 190 Bộ luật Dân sự 1994 quy định "Thanh tra viên lao động trực tiếp giao quyết định cho đương sự", "Quyết định của Thanh tra viên lao động có hiệu lực bắt buộc thi hành".
Như vậy, đã có sự không phù hợp giữa các quy định của pháp luật thanh tra và Thanh tra chuyên ngành. Nên chăng, pháp luật thanh tra chỉ quy định các thủ tục chung về thanh tra, còn nội dung cụ thể nên được quy định trong thanh tra chuyên ngành.
Sáu là, về thời hạn ban hành quyết định thanh tra (Khoản 1 Điều 43 Luật Thanh tra)
"Chậm nhất là 15 ngày kể từ ngày nhận được báo cáo kết quả thanh tra, người ra quyết định thanh tra phải ra văn bản kết luận thanh tra". Đối với các cuộc thanh tra chuyên ngành thì đây là quy định khó thực hiện, đặc biệt khi thanh tra ở nhiều địa phương xa về khoảng cách địa lý và đặc biệt trong trường hợp người ra quyết định thanh tra yêu cầu Trưởng Đoàn thanh tra, Thanh tra viên báo cáo; yêu cầu đối tượng thanh tra giải trình để làm rõ thêm những vấn đề cần thiết phục vụ cho việc ra kết luận thanh tra.
Ở nước ta, Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội là một trong các Bộ có phạm vi quản lý nhà nước về chuyên ngành và có đối tượng thanh tra rất rộng. Do đó, cần phải có một hệ thống văn bản pháp luật hoàn chỉnh, quy định toàn diện tổ chức và hoạt động của Thanh tra Lao động - Thương binh và Xã hội nhằm đảm bảo cho hoạt động thanh tra được tiến hành đúng pháp luật và có hiệu quả.