LTM 2005 quy định 6 chế tài cụ thể tại Điều 292, ngoài các chế tài như quy định tại LTM 1997 thì có hai chế tài mới được bổ sung: chế tài tạm ngừng thực hiện hợp đồng và chế tài đình chỉ thực hiện hợp đồng.
Việc áp dụng các chế tài phụ thuộc vào sự lựa chọn của bên bị vi phạm, tuy nhiên pháp luật cũng có quy định nhằm hạn chế quyền lựa chọn của các bên. Điều 293 LTM 2005 quy định trừ trường hợp có thỏa thuận khác, bên bị vi phạm không được áp dụng các chế tài tạm ngừng thực hiện hợp đồng, đình chỉ hợp đồng hoặc hủy bỏ hợp đồng đối với vi phạm không cơ bản.
Buộc thực hiện đúng hợp đồng là hình thức chế tài nhằm đảm bảo các bên thực hiện hợp đồng đã ký kết. Thời điểm ký kết hợp đồng, các bên đều xuất phát từ mục đích lợi nhuận chứ không xuất phát từ mục đích đạt lợi ích từ việc nộp phạt hay bồi thường thiệt hại của bên kia. Chế tài này có ý nghĩa hạn chế tối đa việc kéo dài thời hạn hợp đồng, đồng thời, giữ được thiện chí hợp tác giữa các bên tham gia giao kết hợp đồng.
Phạt vi phạm hợp đồng là chế tài tiền tệ, vừa phòng ngừa vi phạm hợp đồng, vừa trừng phạt hành vi vi phạm, giáo dục, nâng cao ý thức tuân thủ hợp đồng một cách nghiêm ngặt.
Bồi thường thiệt hại là hình thức chế tài bù đắp những thiệt hại vật chất, tinh thần cho bên bị vi phạm. Số tiền bồi thường được đưa ra để đảm bảo bồi hoàn, bù đắp và khôi phục lợi ích bị thiệt hại cho bên bị vi phạm.
Tạm ngừng, đình chỉ và hủy bỏ hợp đồng là các chế tài thể hiện thái độ trừng phạt nghiêm khắc của bên bị vi phạm với bên vi phạm trong thực hiện hợp đồng. Theo đó, bên bị vi phạm từ chối không thực hiện các nghĩa vụ đã cam kết và lợi ích từ việc thực hiện hợp đồng của các bên không đạt được.
Mặt khác, bên bị vi phạm có thể áp dụng đồng thời chế tài này và chế tài bồi thường thiệt hại theo quy định của pháp luật.
Ngoài những chế tài được đề cập trên đây, Điều 416 BLDS 2005 và Điều 149 và Điều 239 LTM 2005 đều đề cập đến quyền cầm giữ tài sản là việc bên có quyền đang chiếm giữ hợp pháp tài sản là đối tượng của hợp đồng được cầm giữ tài sản khi bên có nghĩa vụ không thực hiện nghĩa vụ hoặc thực hiện nghĩa vụ không đúng theo thỏa thuận trong hợp đồng song vụ và hợp đồng cụ thể. Đây chính là một loại trách nhiệm do vi phạm hợp đồng hoặc chế tài thương mại nhưng chưa được công nhận chính thức.