Hiệu quả SXKD là một khái niệm rất phức tạp và rất khó đánh giá chính xác. Từ các quan niệm trên ta có thể thấy rằng hiệu quả SXKD được xác định qua mối quan hệ giữa hai đại lượng là kết quả sản xuất đạt được từ hoạt động SXKD và chi phí bỏ ra để thực hiện các hoạt động nhằm thu được các kết quả của hai đại lượng này đều khó xác định được một cách chính xác.
Kết quả định lượng của một thời kỳ kinh doanh thường khó xác định một số chính xác cụ thể, bởi vì kết quả không chỉ là sản phẩm hoàn chỉnh mà có khi nó còn là sản phẩm dở dang hay bán thành phẩm…Hơn nữa quá trình sản xuất lại tách rời quá trinh tiêu thụ nên ngay cả khi một sản phẩm đã sản xuất xong thì ta cũng chưa thể nào khẳng định được là liệu rằng sản phẩm sẽ được đảm bảo tiêu thụ được không và bao giờ thì mới tiêu thụ được.
Việc xác định hao phí nguồn lực của một thời kỳ cũng là vấn đề không dễ dàng. Ngay ở nhận thức vấn đền này hao phí nguồn lực được đánh giá thông qua phạm trù chi phí là chi phí kế toán hay là chi phí kinh doanh? Trong các phạm trù trên thì chỉ có chi phí kinh doanh phản ánh tương đối chính xác hao phí nguồn lực thực tế. Mặt khác, việc có thể tính được chi phí kinh doanh trong từng nguồn lực kinh doanh hay không? Cũng như có thể tính được chi phí kinh doanh đến từng bộ phận doanh nghiệp hay không còn phụ thuộc vào trình độ phát triển của khoa học quản trị chi phí kinh doanh. Xét về phương diện giá trị, việc tính toán bằng tiền còn thiếu chính xác vì nó còn chứa đựng yếu tố chủ quan của con người. Hơn thế nữa không chỉ chi phí trực tiếp trong SXKD mà còn các chi phí cho các hoạt động xã hội như: giáo dục, y tế, bảo vệ môi trường,…