Phương pháp loại trừ được dùng để xác định mức đô ảnh hưởng của từng nhân tố độc lập tới hỉ tiêu nghiên cứu. Khi thực hiện phương pháp loại trừ ta chỉ nghiên cứu mức độ biến động của nhân tố đang xem xét, còn các nhân tố khác ta không tính đến ảnh hưởng của nó. Phương pháp loại trừ thường bao gồm hai dạng: phương pháp thay thế liên hoàn và phương pháp số chênh lệch.
Phương pháp thay thế liên hoàn được sử dụng chủ yếu trong trường hợp các nhân tố có quan hệ với chỉ tiêu phân tích được biểu diễn dưới dạng biểu thức đại số, do vậy khi xét ảnh hưởng của nhân tố này cần phải lần lượt thay thế các chỉ tiêu ở kì gốc bằng các chỉ tiêu ở kỳ phân tích theo một trình tự nhất định sắp xếp nhân tố, khi nhân tố chưa thay đổi thì trị số vẫn giữ nguyên ở kỳ gốc, khi nhân tố đã thay đổi thì trị số chuyển sanh kỳ phân tích.
Phương pháp số chênh lệch là trường hợp đặc biệt của phương pháp thay thế liên hoàn. Phương pháp này được sử dụng khi các nhân tố có quan hệ với chỉ tiêu phân tích được biểu diễn dưới dạng tích, các nhân tố được sắp xếp theo thứ tự nhân tố số lượng rồi đến nhân tố chất lượng. Khi thực hiện phương pháp này, muốn phân tích sự ảnh hưởng của một nhân tố ta lấy phần chênh lệch của nhân tố đó nhân với trị số các nhân tố khác, nhân tố chưa thay đổi trị số giữ nguyên ở kỳ gốc, nhân tố đã thay đổi trị số chuyển sang kỳ phân tích, như vậy cho đến khi hết.
Phương pháp loại trừ được sử dụng trong cả ba loại hình phân tích, phân tích trước, phân tích tác nghiệp và phân tích sau.