Trước năm 2011, Agribank được tổ chức và hoạt động theo mô hình Tổng công ty Nhà nước với cơ cấu tổ chức bao gồm: Hội đồng Quản trị; Tổng Giám đốc; bộ máy giúp việc bao gồm bộ máy kiểm soát nội bộ; các đơn vị thành viên bao gồm
các đơn vị hạch toán phụ thuộc, hạch toán độc lập, đơn vị sự nghiệp; phân biệt rõ chức năng quản lý và chức năng điều hành, Chủ tịch Hội đồng quản trị không kiêm Tổng Giám đốc.
Từ 30/1/2011, Theo Quyết định số 214/QĐ-NHNN của Thống đốc Ngân hàng Nhà nước, Agribank chuyển đổi thành Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước làm chủ sở hữu.
Mô hình 3.1: Bộ máy tổ chức của Agribank
Nguồn: Tổng quan Agribank năm 2011
Đứng đầu là Hội đồng thành viên, giúp việc cho Hội đồng thành viên là Ban Kiểm soát, Ủy ban Quản lý rủi ro và Ban Thư ký Hội đồng thành viên.
Tổng Giám đốc chịu trách nhiệm điều hành hoạt động của toàn hệ thống. Giúp việc cho Tổng Giám đốc là các Phó Tổng Giám đốc, Kế toán trưởng, Hệ thống kiểm tra kiểm soát nội bộ.
Bộ phận tham mưu chịu trách nhiệm tham mưu, giúp việc cho Hội đồng thành viên, Tổng Giám đốc theo từng lĩnh vực chuyên môn, nghiệp vụ đã được giao nhiệm vụ. Bộ phận tham mưu bao gồm:
- Hệ thống các Ban chuyên môn nghiệp vụ: 22 Ban, Trung tâm Thanh toán và Trung tâm Phòng ngừa và Xử lý rủi ro.
- 3 Đơn vị sự nghiệp: Trung tâm Thẻ, Trung tâm Công nghệ thông tin và Trường đào tạo Cán bộ Agribank.
- 2 Văn phòng đại diện: Văn phòng đại diện Khu vực Miền Trung và Văn phòng đại diện Khu vực Miền Nam.
Bộ phận kinh doanh trực tiếp gồm: Sở Giao dịch, chi nhánh Cấp I, cấp II, cấp III, Phòng giao dịch và các Công ty con của Agribank.