Xác định mục tiêu chính là một bƣớc cụ thể hơn để trả lời câu hỏi “Chúng ta muốn đi đến đâu?”. Thực chất, đây là việc xác định điểm mốc cần đạt đƣợc trong từng khoảng thời gian nhất định để từng bƣớc biến tầm nhìn thành hiện thực. So với tầm nhìn, mục tiêu sát với thực trạng hơn và trực tiếp nhằm giải quyết những vấn đề bức xúc nổi cộm trong một thời kỳ ngắn hơn. Đọc mục tiêu, ngƣời ta sẽ biết rõ trong những khoảng thời gian sắp tới (ngắn, trung và dài hạn), chúng ta muốn đạt đƣợc những thành quả cụ thể gì.
Trong quá trình xác định mục tiêu của bản hoạch định phát triển, cần phân biệt và phải thể hiện đƣợc bốn cấp mục tiêu cơ bản:
Một là, Mục tiêu cuối cùng (còn gọi là tác động) là mục tiêu cao nhất mà doanh nghiệp cần đạt đƣợc. Mục tiêu này có biết tác động dài hạn mà việc thực hiện thành công kế hoạch sẽ góp phần đạt đến. Vì thuế, thực hiện đƣợc mục tiêu cuối cùng còn đƣợc coi là hoạch định đã có dƣợc những tác động nhƣ mong muốn.
Hai là, Mục tiêu trung gian (còn gọi là kết quả) là cái đích mà các văn bản hoạch định trực tiếp vƣơn tới, và việc có đạt đƣợc mục đích hay không sẽ quyết định mức độ thành công của bản hoạch định phát triển. Đạt đƣợc mục tiêu trung gian thì bản hoạch định mới đƣợc coi là đã đạt đƣợc kết quả thực sự nhƣ mong muốn. Do đó, mục tiêu trung gian còn đƣợc gọi là kết quả của hoạch định phát triển.
Ba là, Mục tiêu đầu ra (hay còn gọi là sản phẩm) trực tiếp của thời kỳ hoạch định phát triển là những sản phẩm hữu hình cụ thể mà thời kỳ này tạo ra đƣợc nhằm góp phần trực tiếp đạt đƣợc mục tiêu trung gian.
Bốn là, Hoạt động là những công việc cụ thể mà giai đoạn hoạch định phải tiến hành để có đƣợc đầu ra dự kiến. Hoạt động chỉ diễn ra trong kỳ hoạch định. Khi thời kỳ này kết thúc thì các hoạt động trong kỳ đó cũng chấm dứt. Nhƣ vậy có thể coi hoạt động là kế hoạch hành động cụ thể đƣợc thiết kế để tạo ra đƣợc đầu ra dự kiến của hoạch định phát triển.
Giữa bốn cấp mục tiêu này có quan hệ mật thiết với nhau. Trong đó, mục tiêu cần đạt đƣợc trong thời kỳ hoạch định sẽ là mục tiêu cụ thể (trung gian). Để thực hiện đƣợc mục tiêu trung gian, trong kỳ hoạch định cần đảm bảo thực hiện đƣợc một số đầu ra nhất định. Việc thực hiện các mục tiêu cụ thể của bản hoạch định phát triển sẽ góp phần thực hiện mục tiêu tổng thể, dài hạn.