Sử dụng kỹ thuật phân tích đa hình protein
Trong những năm trƣớc kia, nghiên cứu về đa dạng di truyền ở các quần thể bò nuôi đƣợc thực hiện chủ yếu ở mức độ sinh hoá. Những nghiên cứu này đƣợc thực hiện bởi sự hợp tác của các nhà khoa học từ nhiều chuyên ngành khác nhau nhƣ động vật học, di truyền học, thú y và các nhà tạo giống. Các nghiên cứu về đa dạng di truyền ở quần thể bò nuôi đƣợc thực hiện ở phạm vi rộng từ các quần thể ở nhiều vùng địa lý khác nhau trên trái đất (Manwell và Baker,1980; Graml và cộng sự, 1986) [47], [87] cho đến các quần thể có quan hệ gần nhau và cùng phân bố ở một khu vực địa lý (Kidd và Pirchner, 1971; Kidd và cộng sự, 1980) [61], [62].
Ở bò có mƣời nhóm máu đã đƣợc nhận dạng (A, B, C, FV, J, M, S, Z, R và T) và chúng đã đƣợc sử dụng nhƣ các chỉ thị di truyền để xác định sự giống và khác nhau giữa các quần thể trong nhiều năm (Bell, 1983) [19]. Trong những năm 1970, rất nhiều nghiên cứu về đa dạng di truyền sử dụng hệ thống các nhóm máu và
allozyme đƣợc thực hiện ở bò. Hầu hết các kết quả của những nghiên cứu này đều giải thích rằng bò Bos taurus và Bos indicus có mối quan hệ với nhau về sự phân ly ở mức độ protein. Manwell và Baker là những ngƣời đầu tiên đƣa ra kết quả về sự phân ly nguồn gốc của hai loại bò Bos taurus và Bos indicus [87].
Sử dụng kỹ thuật phân tích trình tự ADN hệ gen ty thể
Nhiều báo cáo về nghiên cứu đa dạng di truyền ở bò dựa trên phân tử ADN đƣợc đăng tải vào những năm 1990 (Bhat và cộng sự, 1990; Bradley và cộng sự, 1994; 1996; Loftus và cộng sự; 1994a; 1994b; Machugh và cộng sự, 1994; Suzuki
và cộng sự, 1993) [22], [26], [27], [79], [80], [82], [123]. Trong số đó, Loftus và cộng sự đã chỉ ra rằng phân tích trình tự ADN ty thể có thể đƣa ra một sự ƣớc lƣợng chính xác thời gian phân ly giữa hai nhóm bò Bos taurus và Bos indicus và các tác giả đã chỉ ra rằng hai nhóm bò nói trên đƣợc thuần hoá một cách độc lập. Những nghiên cứu gần đây với một số lƣợng lớn các dữ liệu về trình tự ADN ty thể đƣa ra giả thiết rằng bò Bos taurus của Châu Âu và Bos taurus Châu Phi có thể đƣợc thuần hoá độc lập tại các địa điểm riêng biệt (Bradley và cộng sự, 1996) [27]. Trong một kết quả nghiên cứu khác của Bradley và cộng sự (1994) đã chứng minh rằng sự phân ly về kiểu hình giữa bò Bos taurus và bò mang nhiễm sắc thể Y của Bos indicus đƣợc phản ánh tại mức độ phân tử. Chính vì vậy, những nghiên cứu dựa trên phân tử ADN là những công cụ chính xác trong việc xác định mức độ lai tạp di truyền giữa hai loài phụ này. Nhiều nghiên cứu đa dạng di truyền ở mức độ phân tử ở bò của Châu Âu, Châu Á và Châu Phi cũng đã cho thấy một quá trình lai tạp di truyền đáng chú ý giữa bò Bos taurus và Bos indicus diễn ra ở Châu Phi. Các bằng chứng phân tử đã đƣa ra nhận định rằng, lịch sử lai tạp giữa bò Bos taurus và Bos indicus đƣợc bắt đầu giữa bò đực Bos indicus và bò cái Bos taurus. Không có một dấu tích nào về haplotype kiểu di truyền ty thể của bò cái Bos indicus đƣợc tìm thấy trong quần thể bò ở Châu Phi. Ngoài ra, một vài nghiên cứu khác đƣợc thực hiện trong những năm gần đây nhƣ:
Mannen và cộng sự (1998) khi phân tích đa hình vùng D-loop ADN ty thể của giống bò đen Nhật Bản và so sánh với một số giống bò từ Châu Âu, Châu Phi và Ấn Độ đã chỉ ra mối quan hệ nguồn gốc gần giữa giống bò đen Nhật Bản và giống bò từ Châu Âu [85].
Yu và cộng sự (1999), Troy và cộng sự (2001) khi tiến hành nghiên cứu sự sai khác di truyền trình tự D-loop ADN ty thể của các giống bò từ Châu Âu, Châu Phi và Cận Đông đã nhận thấy rằng tồn tại 4 dòng di truyền khác nhau (T1-T4), trong đó dòng T4 đƣợc tìm thấy ở các giống bò vùng Đông Bắc Á [142].
Cai Xin và cộng sự (2006) đã phân tích sự lai tạp giữa bò Bos indicus và Bos taurus ở 18 giống bò bản địa ở Trung Quốc cũng dựa trên phân tích trình tự ADN ty thể, kết quả cho thấy các giống bò phía Bắc Trung Quốc chủ yếu là bò Bos taurus
trong khi các giống ở phía Nam thì bò Bos indicus là chủ yếu [32]. Kết quả của Lei và cộng sự (2006) khi tiến hành nghiên cứu nguồn gốc và sự đa dạng di truyền của các giống bò Trung Quốc qua việc phân tích trình tự ADN vùng D-loop ty thể của 231 mẫu bò từ 18 tỉnh khác nhau cũng cho thấy các giống bò của Trung Quốc bao gồm cả Bos indicus và Bos tarus [73].
Sử dụng kỹ thuật microsatellite
Kỹ thuật microsatellite đã đƣợc sử dụng để nghiên cứu cấu trúc và đa dạng di truyền trên nhiều quần thể bò từ khắp các châu lục và với số lƣợng locút microsatellite sử dụng cũng rất khác nhau. Moazami-Goudazi và cộng sự (1997) sử dụng 17 locút microsatellite để nghiên cứu đa dạng di truyền và mối quan hệ di truyền của 10 giống bò ở Pháp [95]. Schmid và cộng sự (1999) sử dụng 30 locút microsatellite để nghiên cƣu đa dạng di truyền của một số giống bò của ở Thụy Sĩ [115]. MacHugh và cộng sự (1998) đã sử dụng 20 locút microsatellite để xác đinh cấu trúc di truyền của 7 giống bò của châu Âu [83]. Martin-Buriel và cộng sự (1999) sử dụng 30 locút microsatellite để nghiên cứu đa dạng di truyền của 6 giống bò bản địa Tây Ban Nha [88]. Loftus và cộng sự (1999) sử dụng 20 locút microsatellite để nghiên cứu mối quan hệ di truyền và tính đa dạng di truyền của một số giống bò gồm cả Bos taurus và Bos indicus ở vùng Cận Đông, Châu Âu và Tây Phi [81]. Canon và cộng sự (2001) đã sử dụng 16 chỉ thị microsatellite để xác định cấu trúc di truyền, mối quan hệ di truyền và tính đa dạng di truyền của 18 giống bò thịt bản địa của Tây Ban Nha, Bồ Đào Nha và Pháp nhằm cung cấp những thông tin về tính đa dạng di truyền và đặc điểm di truyền phân tử phục vụ cho mục đích bảo tồn [33]. Kim và cộng sự (2002) sử dụng 13 locút microsatellite để nghiên cứu sự sai khác di truyền và mối quan hệ di truyền của các giống bò ở Đông Bắc Á bao gồm Bắc Trung Quốc, Hàn Quốc và Nhật Bản, kết quả cho thấy tính đa dạng thể hiện cao nhất là giống bò của Trung Quốc sau đó là Hàn Quốc và Nhật Bản
[64]. Mukesh và cộng sự (2004) đã sử dụng 20 locút microsatellite để nghiên cứu tính đa dạng di truyền của một số giống bò bản địa của Ấn Độ [99]. Ibeagha- Awemu và cộng sự, (2005) đã sử dụng 16 locút microsatellite để nghiên cứu cấu trúc tính đa di truyền của 12 giống bò bản địa Châu Phi [54]. Brenneman và cộng sự (2007) sử dụng 26 locút microsatellite để nghiên cứu sự đa dạng di truyền của 4 giống bò nuôi tại Mỹ là Angus, American Brahman, Senepol và Romsinuano [29].
Gần đây là nghiên cứu của Zhang và cộng sự (2007) đã sử dụng 30 locút microsatellite để nghiên cứu sự đa dạng và cấu trúc di truyền của 27 giống bò vàng Trung Quốc trên tổng số 1638 mẫu. Kết quả đã cho thấy tính đa dạng di truyền của các giống bò vàng của Trung Quốc là rất cao so với kết quả phân tích trên 3 giống bò ngoại nhập hơn nữa khi phân tích cấu trúc di truyền kết quả cũng cho thấy các giống bò vàng tách biệt hẳn so với các giống ngoại nhập. Đây là một trong những nghiên cứu có ý nghĩa tham khảo rất tốt bởi vì các giống bò của Trung Quốc có mối liên hệ rất gần với các giống bò của Việt Nam [143].