Bên cạnh những ưu điểm nêu trên, mặc dù công tác kế toán TSCĐ hữu hình của Công ty luôn được củng cố và hoàn thiện song không phải như vậy là hết thiếu sót ở khâu này, khâu khác. Có thể nói công tác kế toán TSCĐ của Công ty vẫn còn tồn tại một số nhược điểm cần phải sớm khắc phục:
- Thứ nhất. Số lượng sổ sách phục vụ cho công tác quản lý hạch toán kế toán TSCĐ không phải là nhỏ nhưng chưa đầy đủ, chưa phản ánh đầy đủ mọi biến động liên quan tới TSCĐ, không phản ánh đầy đủ những thông tin cần thiết về TSCĐ một phần gây khó khăn cho quản lý nhất là đối với quy mô TSCĐ lớn. TSCĐ của Công ty chiếm tỷ trọng lớn mà yêu cầu đặt ra hiện nay đối với TSCĐ trong Công ty mới chỉ quản lý về tổng giá trị TSCĐ. Như vậy chưa tạo điều kiện thuận lợi cho công tác kiểm tra bảo quản TSCĐ cũng như chưa phục vụ tốt cho nhu cầu TSCĐ giảm.
- Thứ hai. Với phương pháp khấu hao đường thẳng, TSCĐ của Công ty có nhiều loại nhiều nhóm khác nhau, công dụng của TSCĐ cũng như cách thức phát huy tác dụng của tài sản trong quá trình hoạt động SXKD của Công ty cũng có sự khác nhau. Khấu hao TSCĐ phân bố có hệ thống các chi phí mà Công ty đã đầu tư để đưa vào chi phí SXKD trong quá trình sử dụng có ảnh hưởng như thế nào đến giá thành sản phẩm, lao vụ, dịch vụ. Phương pháp khấu hao bình quân này cố định mức khấu hao theo thời gian nên có tác dụng thúc đẩy doanh nghiệp nâng cao năng suất lao động trong sản xuất, tăng số lượng sản phẩm, lao vụ, dịch vụ làm ra để hạ giá thành, tăng lợi nhuận cho Công ty. Tuy nhiên việc thu hồi vốn chậm, không theo kịp mức hao mòn vô hình (hao mòn do sự tiến bộ của khoa học kỹ thuật) nên đã hạn chế việc đầu tư trang thiết bị TSCĐ mới của doanh nghiệp.