Trong những năm mới thành lập hệ thống khách hàng của công ty VSICO chủ yếu là các bạn hàng của Tập đoàn kinh tế Vinashin, chủ yếu là các đơn vị sản xuất và các đơn vị làm thương mại. Khi mới thành lập với danh nghĩa là công ty con của Vianshin, công ty đã thiết lập được mối quan hệ khách hàng lâu dài như các nhà máy sản xuất hàng hóa phục vụ xuất nhập khẩu tại Việt Nam, Thái Lan, Hồng Kông giúp công ty có nguồn hàng ổn định nhưng sản lượng và giá trị không nhiều. Những năm gần đây thì hoạt động giao nhận hàng hóa xuất nhập khẩu diễn ra sôi nổi vì vậy mà đối tượng khách hàng của công ty đã và đang chuyển dần sang các công ty giao nhận trong nước và quốc tế.
khách hàng đa dạng chủ yếu theo 3 phân khúc sau:
Thứ nhất, hệ thống khách hàng là các công ty giao nhận (Forwarder)
Tại mỗi nước đều có những đặc thù về nhu cầu thị trường riêng biệt, để thâm nhập trực tiếp đến các đối tượng là nhà sản xuất, các đầu mối hàng thương mại không phải là điểm mạnh của các hãng tầu (Line) nói chung và VSICO nói riêng. Với thuận lợi là thông thạo về thị trường, thủ tục hành chính nên việc khai thác các nguồn hàng trên là điểm mạnh và định hướng kinh doanh chính của các Forwarder quốc tế. Mạng lưới Forward sẽ đáp ứng được đầy đủ các công đoạn tác nghiệp của dịch vụ door to door, vận tải đa phương thức xuất nhập khẩu container.
Đây chính là hệ thống khách hàng quan trọng nhất của VSICO, chiếm 80% tổng doanh thu của hoạt động giao nhận. Trên cơ sở hợp tác, trao đổi thông tin thị trường và cùng phát triển, Công ty luôn ban hành những chính sách hợp lý đối với từng thời điểm dành cho các Forwarder nhằm tạo dựng một nguồn hàng ổn định do hệ thống khách hàng này đem lại tại mỗi đầu cảng xuất. Theo thống kê từ Phòng Chính sách/VSICO tính từ giữa năm 2010 đến nay, trung bình hàng năm doanh thu bán cước biển đơn thuần CY – CY do mảng Forwarder đem lại chiếm xấp xỉ 75% tổng doanh thu của toàn bộ Công ty.
Hiện nay, VSICO đang là đại lý giao nhận cho hơn 40 Công ty Forwarder quốc tế, cung cấp với các dịch vụ giao nhận hàng không, giao nhận đường biển, dịch vụ đóng gói, dịch vụ door to door, thanh lý hải quan, dịch vụ vận chuyển bằng xe tải, sà lan đến các nơi trên lãnh thổ Việt Nam. Các đại lý VSICO làm đại lý như: Navicon S.S Argentine, American Freight Lines Inc, Feida Shipping Service Co Ltd, Yamato Logistics Co Ltd, Otto Freight, S.A De C.v, Meitetsu World Transport, Denholm Shipping Service Ltd, TWT, UTI Worldwide, Cargo Team...
Thứ hai, hệ thống khách hàng là đơn vị sản xuất hàng hoá trực tiếp
Việc tạo lập nguồn hàng từ các đơn vị sản xuất trực tiếp là các tập đoàn quốc tế lớn có nhà máy sản xuất hàng hoá phục vụ xuất nhập khẩu tại Việt nam, Thái Lan, Hồng Kông đã giúp VSICO có những nguồn hàng và doanh thu ổn định. Để đảm bảo hoạt khai thác tốt hàng hoá từ các khách hàng trực tiếp này VSICO đã xây dựng hệ thống vận tải đa phương thức được đặt các tại chi nhánh trên mỗi nước. Tuy doanh thu hàng năm từ hệ thống khách hàng này chỉ chiếm 15% trên tổng doanh thu của Công ty nhưng ý nghĩa từ việc hợp tác với các tập đoàn quốc tế như DAEWOO, SAMSUNG,
LG (Hàn Quốc); TOSHIBA, PANASONIC, YAMAHA, HONDA, SUZUKI (Nhật Bản)...là thương hiệu kinh doanh của VSICO đã từng bước được thừa nhận tại khu vực Đông Nam Á, Đông Á. Do đặc điểm là các tập đoàn có nhiều nhà máy cũng như mạng lưới thị trường hàng hoá tại nhiều nước không chi khu vực VSICO đang khai thác, hệ thống khách này là các đối tác chiến lược không thể thiếu để Công ty phát triển khai thác các tuyến vận chuyển xuất nhập khẩu container bằng đường mới tại các khu vực khác trên thế giới, trong tương lai không xa.
Thứ ba, hệ thống khách hàng là các đơn vị làm thương mại
Nhóm này chiếm tỷ lệ thấp nhất trong hệ thống khách hàng của VSICO, tuy nhiên hiệu quả kinh doanh đem lại là cao nhất trong 3 nhóm khách hàng. Việc bán dịch vụ với nhóm khách hàng này cũng tương tự như nhóm khách hàng sản xuất hàng hoá trực tiếp là vận tải đa phương thức (door to door). Khách hàng thường uỷ thác toàn bộ trách nhiệm và rủi do về hàng hoá trên quãng đường vận chuyển từ đầu bán đến nơi tiêu thụ cho Công ty. Do vậy, công ty có vai trò tương đương là trung gian bán hàng, đại lý hoa hồng cho chủ hàng (shipper). Lợi nhuận đem lại hàng năm từ hệ thống khách hàng này chiếm 10%/năm, nhưng số chỗ trên tàu chỉ chiếm ~ 4% /năm.
Ngoài ra thì hệ thống các công ty đóng tàu biển, điển hình như Tổng công ty tàu biển Việt Nam cũng là đối tác số 1 mang lại nguồn thu ổn định cho công ty của Công ty về giao nhận các thiết bị, vật tư liên quan đến đóng tàu.