Mục tiêu của hoàn thiện tổ chức bộ máy quản lý thuế trên địa bàn gồm:
- Nâng cao hơn nữa quyền hạn và tính chủ động của bộ máy quản lý thuế từ Chi cục Thuế đến các Đội Thuế.
- Tổ chức bộ máy, nâng cao năng lực hiệu quả quản lý thuế.
Hoàn thiện bộ máy quản lý thuế dựa trên mô hình tổ chức quản lý thuế có 3 loại mô hình sau:
+ Tổ chức bộ máy theo sắc thuế
+ Tổ chức bộ máy quản lý theo chức năng
+ Tổ chức bộ máy theo nhóm đối tượng nộp thuế
Mỗi mô hình tổ chức bộ máy quản lý đều có những ưu điểm và nhược điểm nhất định. Hiện nay, về tổ chức quản lý thuế chủ yếu dựa trên mô hình quản lý theo chức năng. Mô hình này tăng hiệu quả làm việc của từng cán bộ thuế và giảm chi phí quản lý cho toàn bộ máy quản lý thuế thông qua việc xóa bổ các chức năng trùng lặp ở mỗi phòng. Mỗi cán bộ thuế chỉ cần chuyên sâu vào chuyên môn hóa chức năng quản lý thuế, nâng cao năng lực làm việc và tạo điều kiện cho cán bộ cải thiện chất lượng làm việc. Giảm khả năng thông đồng giữu đối tượng nộp thuế và cán bộ thuế góp phần củng cố sự trong sạch của đội ngũ cán bộ thuế.
Tuy nhiên, với cơ chế quản lý thuế theo phương thức người nộp thuế “tự khai- tự nộp” tự chịu trách nhiệm trước pháp, cơ quan thuế hướng dẫn và kiểm trạ Với tổ chức bộ máy hiện nay vẫn còn một số bất cập cần được bổ sung, đó là:
a) Ở cấp Cục thuế bộ máy Cục thuế cần được bổ sung thêm chức năng điều tra hành chính để tăng cường thẩm quyền cho cơ quan thuế trong việc thực thi nhiệm vụ, chống hành vi tội phạm về thuế. Bộ phận này được nằm trong phòng Thanh tra của Cục Thuế.
b) Điều chỉnh cơ cầu cán bộ, công chức của từng bộ phận quản lý thuế ở các chức năng cho phù hợp với nhiệm vụ quản lý thuế và thông lệ quốc tế: Tăng cường lực lượng cán bộ có đủ trình độ, năng lực và phẩm chất đạo đức cho những chức năng quản lý thuế chính, đặc biệt là chức năng thanh tra, kiểm tra thuế (bao gồm cả kiểm tra, thanh tra người nộp thuế và kiểm tra giám sát nội bộ) đảm bảo phục vụ tốt nhất công tác quản lý thuế theo chức năng, hạn chế những sai phạm xẩy ra trong công tác quản lý. Theo đó, cơ cấu cán bộ công chức ở các chức năng như sau: Thanh tra, kiểm tra khoảng 35-40% tổng số cán bộ, tuyên truyền- hỗ trợ NNT khoảng 15%, cưỡng chế thu nợ khoảng 10-15%, xử lý kê khai- kế toán thuế khoảng 15%.
c) Chi cục Thuế phải sắp xếp lại cán bộ trong các đội một cách tinh gọn, nhưng đủ năng lực để thực hiện các chức năng quản lý thuế và đảm bảo sử dụng nguồn lực hiệu quả; đồng thời đẩy mạnh công tác uỷ nhiệm thu cho các cơ quan quản lý, các tổ chức chi trả, phường xã trên địa bàn.
Xây dựng bộ máy gắn với quy trình quản lý thuế là một công việc khó khăn phức tạp, nhưng đây là vấn đề có tính cấp thiết và chiến lược để từng bước hiện đại hóa ngành thuế đáp ứng yêu cầu thời kỳ CNH, HĐH đất nước trong thời kỳ hội nhập.