Cơ cấu tổ chức của ngành thuế, mặc dù đã được tăng cường trong những năm gần đây, tiếp tục tồn tại yếu kém gây trở ngại đối với hoạt động của ngành. Việc áp
dụng cơ cấu tổ chức theo chức năng trong các cơ quan thuế - nơi cán bộ thuế được phân công vào bộ phận theo chức năng quản lý thuế là một bước tiến quan trọng trong sự chuyển đổi của ngành thuế. Tuy nhiên, năng lực của ngành thuế trong việc khai thác triệt để lợi ích của cơ cấu tổ chức mới bị hạn chế bởi nhiều yếu kém quan trọng trong đó bao gồm: tỷ lệ cán bộ được phân bổ vào các chức năng của công tác quản lý thuế chưa phù hợp (thiếu cho các chức năng mang lại giá trị cao như tuyên truyền hỗ trợ, thanh tra và cưỡng chế); các hoạt động nghiệp vụ hầu như hoàn toàn được xử lý phân tán trên toàn bộ mạng lưới cơ quan thuế cấp tỉnh và cấp huyện.
Năng lực yếu của cán bộ hạn chế khả năng cải thiện hiệu quả hoạt động của ngành thuế. Sự cạnh tranh gia tăng nguồn cán bộ có kỹ năng từ khu vực tư nhân mới nổi cộng với chính sách quản lý nhân lực hạn chế của khu vực công sẽ tiếp tục hạn chế khả năng nâng cao hiệu quả của ngành thuế. Hiện đại hoá quy trình nghiệp vụ sẽ dẫn đến nhu cầu cao hơn về trình độ cán bộ trong nhiều hoạt động nghiệp vụ và hỗ trợ.
- Những hạn chế của hoạt động kiểm soát tuân thủ người nộp thuế làm giảm hiệu quả quản lý thuế trong bối cảnh khu vực tư nhân phát triển nhanh và Việt Nam hội nhập kinh tế quốc tế sau hơn. Sau khi ban hành cơ chế tự khai tự nộp, ngành thuế đã tìm cách tập trung lại hoạt động thanh tra của mình thông qua việc áp dụng cách tiếp cận rủi ro đối với lựa chọn trường hợp thanh trạ Tuy nhiên, hiệu quả của hoạt động thanh tra vẫn chưa cao do việc nghiên cứu xây dựng phương pháp thanh tra theo rủi ro trên cơ sở phân tích thông tin về NNT còn chậm; chưa xây dựng được hệ thống chỉ tiêu kinh tế của một số ngành áp dụng trong công tác thanh tra thuế; các sổ tay nghiệp vụ thanh tra thuế còn chưa được hoàn thành…Hoạt động thanh tra bị giới hạn bởi thanh tra tại bàn hoặc các hoạt động mang tính thẩm tra (kiểm tra) và thanh tra toàn diện. Bên cạnh đó, hoạt động thanh tra thuế còn chịu sự điều chỉnh của các quy định trong Luật Thanh tra, do vậy bị hạn chế về tần suất, loại hình và thời gian thực hiện các hoạt động thanh tra và cũng khó có được sự linh hoạt trong việc thiết kế chương trình thanh tra với sự kết hợp phù hợp phạm vi thanh tra và mức độ điều trạ
- Việc áp dụng không nhất quán Luật thuế gây trở ngại cho việc tuân thủ và môi trường đầu tư ở Nghệ An. Để đối tượng nộp thuế tuân thủ Luật thuế, điều cần thiết trước tiên là họ phải hiểu được nghĩa vụ của mình. Cách hiểu và áp dụng không nhất quán luật thuế của cán bộ thuế có thể gây ra khó khăn cho đối tượng nộp thuế và dẫn
đến những chi phí tuân thủ không cần thiết - cả hai điều này đều không có lợi cho quản lý thuế và môi trường kinh doanh.