Mô hình tổ chức bộ máy ngành Thuế được tổ chức theo ngành dọc từ Tổng cục Thuế đến các Chi cục Thuế, tạo điều kiện thuận lợi trong việc tổ chức chỉ đạo thống nhất quản lý các loại thuế cũng như nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ; xây dựng được một lực lượng chuyên ngành có tính quyết định đến công tác quản lý và thu thuế. Đồng thời, ngành Thuế còn chịu sự chỉ đạo song trùng (ngành dọc và chính quyền địa phương) tạo điều kiện cho ngành Thuế thực hiện tốt chức năng của mình.
Chi Cục thuế huyện Thanh Chương tỉnh Nghệ An đã hoàn thành việc sắp xếp lại bộ máy theo Quyết định số 503/QĐ-TCT ngày 29 tháng 3 năm 2010 của Tổng cục Trưởng Tổng cục Thuế về việc quy định chức năng nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Chi cục Thuế trực thuộc Cục Thuế. Việc tổ chức lại hệ thống thuế đã góp phần tích cực vào việc tăng cường quản lý thu thuế, đảm bảo sự đoàn kết nhất trí trong ngành, không xảy ra khiếu kiện, chia rẽ.
Lãnh đạo Chi Cục Thuế Thanh Chương gồm Chi cục trưởng và 02 Phó chi cục trưởng. Chi cục trưởng chịu trách nhiệm trước Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Nghệ An, Phó chi cục trưởng chịu trách nhiệm trước Chi cục trưởng về nhiệm vụ được phân
công. Chi cục Thuế chịu sự chỉ đạo của Cục Thuế tỉnh và Uỷ ban nhân dân huyện và có có các Đội chức năng và Đội thuế liên phường xã.
Hệ thống tổ chức bộ máy quản lý thuế huyện Thanh Chương và các mối quan hệ giữa chúng như Sơ đồ 2.1
Sơ đồ 2.1: Hệ thống bộ máy quản lý thuế huyện Thanh Chương
Hiện nay, Chi cục Thuế Thanh Chương, Nghệ An có 45 nhân viên, trong đó số nhân viên có trình độ đại học là 39 người chiếm 86.67 %, cao đẳng và trung cấp 6 người chiếm 13.33% ,sơ cấp 0 chiếm 0 %. Ngoài việc nâng cao trình độ chuyên môn, Chi cục Thuế Thanh Chương luôn luôn chú trọng, tạo điều kiện cho cán bộ, viên chức, nhân viên của đơn vị nâng cao trình độ ngoại ngữ, tin học, quản lý nhà nước, kỹ năng lãnh đạo, lý luận chính trị,...