Các chương trình ban đầu của UNESCO về khoa học công nghệ nhằm hai mục tiêu gắn bó với nhau: phát triển khoa học vì lợi ích của các dân tộc; làm chủ khoa học vì sự phát triển nhịp nhàng của mọi xã hội. Khác với các cơ quan chuyên môn khác của Liên Hợp Quốc chỉ giải quyết từng mặt, UNESCO có chương trình khoa học kỹ thuật, khoa học cơ bản và khoa học ứng dụng trên nhiều lĩnh vực. Tùy theo từng giai đoạn mà UNESCO đặt ra những trọng tâm khác nhau. Trong giai đoạn hiện nay UNESCO tập trung vào 3 lĩnh vực: tin học; vi sinh học ứng dụng và kỹ nghệ sinh học; năng lượng mới và năng lượng tái sinh.
Ngoài các hoạt động về chính sách, nghiên cứu và đào tạo, UNESCO tổ chức việc thực hiện những chương trình hợp tác quốc tế lớn trên nhiều vấn đề khoa học – kỹ thuật quan trọng như Chương trình con người và sinh quyển (MAB); Chương trình thủy văn quốc tế (PHI); Chương trình quốc tế liên địa chất (PICG)…
Việt Nam tích cực hưởng ứng và tham gia tất cả các chương trình khoa học lớn của UNESCO. Việt Nam tranh thủ tối đa sự giúp đỡ nhiều
mặt như tài trợ tài chính, kỹ thuật, cung ứng thiết bị, học bổng nâng cao nguồn nhân lực. Bên cạnh đó Việt Nam cũng đã cử những chuyên gia đầu ngành của mình tham gia vào cơ cấu điều hành một số cơ quan, chương trình khoa học của UNESCO.
- Chương trình con người và sinh quyển. (MAB).
Chương trình này ra đời nhằm mục tiêu phục vụ sự phát triển bền vững thông qua mối quan hệ hài hòa giữa con người và thiên nhiên mà nội dung chính là sự cân bằng bền vững giữa yêu cầu bảo vệ tính đa dạng sinh học với phát triển kinh tế và giữ gìn các giá trị văn hóa. Từ năm 1974, MAB đã đề đề xuất việc lập các khu dự trữ sinh quyển nhằm giúp các nước bảo tồn sự đa dạng sinh học, kết hợp phát triển kinh tế và duy trì văn hóa trong các khu dự trữ ấy. Các khu này cũng là nơi để tiến hành các hoạt động nghiên cứu, quan trắc và giáo dục đào tạo…Đến tháng 6/2009 Việt Nam có 7 khu dự trữ sinh quyển (DTSQ), được UNESCO công nhận là khu DTSQ thế giới: Rừng ngập mặn Cần Giờ (2000), Cát Tiên (2001), Quần đảo Cát Bà và Vùng đất ngập nước Châu Thổ sông Hồng (2004), KDTSQ Kiên Giang (2006), Tây Nghệ An (9-2007). Gần đây nhất ngày 26-5-2009 Cù Lao Chàm (Quảng Nam) và Mũi Cà Mau được công nhận khu dự trữ sinh quyển thế giới.Việc thiết lập và công nhận các khu DTSQ nhằm bảo tồn các hệ sinh thái động thực vật có giá trị. Ngoài ra các khu DTSQ ở Việt Nam đang nhận được sự quan tâm của các tổ chức quốc tế, của các nhà lãnh đạo các cấp và nhân dân địa phương.
- Chương trình Hải dương học quốc tế (IOC).
Chương trình này nhằm: Xây dựng hệ thống quan sát đại dương trên toàn cầu phục vụ dự báo thời tiết, và đưa ra những cảnh báo về các biến đổi khí hậu toàn cầu. UNESCO đã thiết lập hệ thống quan sát Đại dương quốc tế (GOOS). Việt Nam tham gia Ban biên tập bản đồ độ sâu Tây Thái Bình Dương. Đây là vấn đề nhạy cảm nên tại các phiên họp của ban, chúng ta
luôn kiên quyết bảo vệ lập trường về chủ quyền lãnh hải. Năm 2005, Ủy ban IOC của Việt Nam đã đăng cai tổ chức Phiên họp thứ 6 Phân ban Tây Thái Bình Dương của Ủy ban liên chính phủ về Hải dương học. Ngoài ra chúng ta đang vận đông UNESCO giúp Việt Nam phục chế và bảo quản tài liệu cổ về Hải dương học.
- Chương trình Thủy văn Quốc tế (IHP).
Chương trình này ra đời nhằm: Bảo vệ, khôi phục nguồn nước gắn liền với chiến lược phát triển nhằm ngăn chặn xung đột về nước giữa các quốc gia. UNESCO đã thực hiện “Dự án Tầm nhìn Thế giới về nước năm 2015”. Việt Nam hiện được UNESCO hỗ trợ các dự án về quản lý bền vững các nguồn nước tại các bộ phận dân cư thiệt thòi vùng sâu vùng xa; tăng cường nguồn nước ngầm bằng phương pháp bơm nhân tạo cho những khu vực hạn hán ở 2 tỉnh Ninh Thuận và Phan Thiết; xử lý và tái sử dụng nguồn nước thải…….
- Chương trình khoa học địa chất Quốc tế (IGCP).
Chương trình này ra đời nhằm bảo vệ và sử dụng hữu hiệu nguồn khoáng sản và năng lượng nhằm giảm thiểu rủi ro, tai nạn thiên nhiên tại các nước đang phát triển. Đối với Việt Nam, các chuyên gia địa chất hàng đầu của Việt Nam cũng đã tham gia hoặc làm chủ các đề tài nghiên cứu địa chất do Hội đồng khoa học của IGCP xét duyệt như: Lập bản đồ địa hóa thế giới; Sự tiến hóa của bờ biển Đệ Tứ; Các đá cổ nhất trên trái đất, Các tầng chứa nước trong Karst và tài nguyên nước; Địa từ trường vùng xích đạo…
Tháng 9/2004 Viện nghiên cứu địa chất và khoáng sản Việt Nam đã đăng cai tổ chức Hội nghị quốc tế liên ngành về phát triển và bảo tồn vùng núi đá vôi. Những kinh nghiệm trong Hội nghị này đã giúp Việt Nam nâng cao nhận thức các nguy cơ ở vùng núi đá vôi, mối liên quan giữa điều kiện
tự nhiên và tập quán kinh tế qua đó có thể giảm nguy cơ và giải quyết mâu thuẫn giữa bảo tồn và phát triển bền vững.